话十 | 一种scCAR-seq技术的开发

赛尔，你好。

这是生信家书的第十封。不知不觉，树上的知了开始从含蓄的若隐若现，到如今大摇大摆地聒噪起来。外面世界的喧嚣，正好映射平静人的内心，置身人流之中，成为茫茫人海的一滴水：在地铁口汇集，也在地铁口蒸发。

在这第十封家书里，我们来谈谈生信的圆满。做生信的结局是什么？或者生信做了三年五年或十年八年，我们会遇见怎样的自己？解决生物学问题，写软件，开发新的流程，开发新的实验方法。。。。。。

记得很久很久之前，在餐厅做传菜员，在暑假前夕，大一新生的包间里，问：“学长，你这个专业毕业之后可以做什么啊？”

我当时的回答是：挣钱，养家。

光荣。

学了生信之后，我们在看相关文章的时候，会产生不同的联想，想把文章里面描述的现象，纳入到自己熟悉的领域。比如，最近看到很多CAR-T细胞治疗的文章，有的是开发新的工程T细胞，有的是优化细胞治疗的流程，有的是增加CAR-T细胞的寿命，有的是刻画CAR-T细胞回输之后的细胞景观。

那么，我们能不能开发一个新的单细胞测序方法呢：

它的名字叫：scCAR-seq：single-cell CAR sequencing ，在单细胞水平上，靶向CAR-T细胞的CAR序列。这样在构建文库的时候，也可以构建一个单细胞转录组文库，以绘制完整的单细胞图谱，另一个是CAR文库，来定量CAR-T细胞不同CAR的表达。以此来追踪和评价CAR-T细胞的治疗效果与机制。如此一来，

• CAR-T可以根据CAR的表达分的更细致，有利于我们发现关键亚群
• CAR表达的信息我们可以映射在其回输后的分化轨迹上，有利于刻画其动态变化
• 结合单细胞转录组数据分析CAR表达对细胞通讯的影响
• 与其他单细胞多组学技术结合，如scATAC-seq，揭示CAR的表达调控
• 在单细胞水平上测到CAR并建立评价机制优化CAR结构

那么，我们可以如何做到呢？

其实很简单，只要我们能够获得目标CAR序列，并将其与一段PolyA结合就能实现，毕竟目前单细胞的方法用的捕获方法是PolyT。

这一个小小的设计，我们便可以获得一张全新的图谱，并可以把它应用在不同的CAR-T细胞治疗的血液样本中。

当然，不同靶点的CAR-T细胞的这段CAR是不一样的，这里的序列结构信息也值得关注，不同的CAR有没有一段保守的序列，可以一起来捕获？

也有文章通过信号域改组和单细胞测序加速CAR-T细胞工程，这方法是：speedingCARs: accelerating the engineering of CAR T cells by signaling domain shuffling and single-cell sequencing

怎么样，这个scCAR-seq的想法有没有让你也想开发新的方法，用于治病救人？

你的运来
20240718
于南京