※最近在IVD领域比较火热的蛋白从头测序技术是怎么一回事？ ※蛋白测序技术是怎么发展起来的？未来会向哪里发展？ ※蛋白为什么难测？怎样增加测序难度？ ※这个技术会对IVD和原料行业造成哪些改变、作为从业者如何适应技术革命带来的挑战？ “ 作为全球蛋白测序技术真正的先驱和绝对的领跑者，Rapid Novor(快序生物)的公众号会陆续通过一系列短文带大家了解一下这一系列的问题。 ” 重组蛋白表达和蛋白从头测序在过去几年里都开始变得越来越便宜，越来越多的抗体厂家开始担心自己的创新抗体被反向工程。这一篇短文总结一下可能造成蛋白从头测序困难的一些情形，当这些情形中的多种同时存在时，就会大大降低测序成功率。相应的，如果能够主动创造这样一些情形，就会增加反向工程的成本。而一旦反向工程成本超过了开发新抗体的成本，那么反向工程的动机就减弱了。 顺便提一句，Rapid Novor公司多年来一直在不断提高的动物血清多抗测序技术，其目标就是为了让新抗体发现变得又好又容易。现在Rapid Novor已经开始基于其多抗从头测序技术提供抗体发现服务，并且已经利用这个技术为客户发现了很多高价值的抗体。Rapid Novor的中国公司上海快序生物在今年的Diagmand体外诊断创新开发及上游解决方案大会(IVD上游产业链展览会）上有一个展台（C25）。如果你刚好参加的话，欢迎前往展台（C25），跟我们一起探讨测序和反测序。 如果你读过这个前世今生系列的前面两篇（链接在文末），就知道目前市场上采用的蛋白从头测序的基本原理分两步：一、产生质谱数据：把蛋白用消化酶切成肽段，对每个肽段进行质谱分析；二、数据分析：对每张质谱进行解谱得到肽段序列，然后把肽段序列拼成一个长的蛋白序列。影响到这两步中的任何一步，都会增加测序难度。 根据我们的经验，如以下一些情形可以不同程度的增加测序的难度： 1. 低样本量和低浓度。一般来言，质谱的灵敏度是低于免疫法检测的灵敏度的。对于一些高亲和力的抗体，即便抗体浓度很低也够在免疫检测中使用，但是这个浓度却可能低到不能直接上质谱。 2. 样本中有高峰度杂质蛋白。譬如BSA经常被用作抗体的稳定剂。当这些杂质蛋白的种类多，浓度大的时候，质谱测量就会被这些假目标吸引，而在目标蛋白上产生的数据就减少。 3. 抗体是偶联到微球上或者试剂条上的。相比于溶液中的蛋白，固化后的蛋白的质谱前处理更加困难。 4. 抗体是寡克隆的。寡克隆指的是两个或者几个单克隆抗体的混合。这样质谱数据测出的肽段很难判断是从哪一个克隆来的。这种情况下即便每个肽段都测出来，也很难保证全序列的拼接是正确的；而即便全序列拼对了，也还要做轻重链配对。打个比方：这就好比将两幅相似但又不同的拼图的小块儿混到一起，会大大增加拼图的难度。 5. 存在背景多抗。这种情况往往会在不经意间产生，譬如小鼠腹水抗体就是目标单抗和小鼠多抗的混合。另外一种情况就是细胞培养的时候使用了低级别的牛血清，其中有大量的牛多抗存在。这跟寡克隆抗体类似，很难区分一个肽段是从目标抗体来的还是背景多抗来的。 前面的这些情形，每种对测序难度增加的程度又有所不同，而有些情形的搭配会起到难度倍增的效果。所以说，根据抗体产品的应用场景，在不影响到抗体产品的性能的前提下，是有可能通过技术手段，造就前面几种情形的组合，让测序变得极其困难的。 “ Rapid Novor的中国公司上海快序生物在今年的Diagmand体外诊断创新开发及上游解决方案大会(IVD上游产业链展览会）上有一个展台（C25）。如果你刚好参加的话，欢迎前往展台（C25），跟我们一起探讨测序和反测序。
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上海快序生物科技有限公司是加拿大Rapid Novor在中国区测序业务的独家授权代理商和服务提供商。Rapid Novor专注于下一代蛋白从头测序技术的研发，拥有全球最大的蛋白测序质谱平台，是蛋白从头测序技术的领跑者和全球最大的服务供应商。其成熟的蛋白测序技术已被应用于多发性骨髓瘤MRD监测，直接对人血清高浓度单抗进行测序，并获得美国CLIA临床认证。Rapid Novor是目前世界上唯一实现动物血清多抗直接测序的公司。快序生物使用Rapid Novor相同的从头测序技术，目前在中国区提供的服务包括：单抗测序，寡抗测序，多抗测序，肿瘤新抗原鉴定服务。 |
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