NGS报告中的几个关键质控指标

之前我们讲过，对于检测公司而言，销售收样、实验室干湿实验互相配合，最终给临床呈现的就是一份带有检测结果的检测报告；因此检测报告是临床、患者等获取检测结果以期进行后续治疗的重要窗口，因此检测报告的呈现则成为了检测公司工作中的重中之重。

而在一份检测报告中，除了检测结果以外，还有一块能直接或间接影响检测结果的板块-质控指标板块，质控指标可以整体上评估本次送检样本是否合格、湿实验是否合格、干实验是否合格等等，进而确保检测结果的准确性。

尤其是在全阴性的检测报告中，可以通过对各项质控指标的阐述表明本次阴性结果的可靠性，减少许多不必要的误解（如：本次送检样本肿瘤比例为20%，DNA提取总量为100ng，平均测序深度为2000X，质控指标合格，检测结果为阴性大概率是样本本身没有突变导至的等等）。

01 几个关键指标

肿瘤细胞占比：在基因检测的过程中，组织样本送到实验室第一步就是要对肿瘤细胞比例进行评估。《二代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》指出：适合于NGS检测的组织标本中肿瘤细胞比例含量应达到20%以上。目前，对于大多数公司而言，肿瘤细胞比例的阈值线一般为10%。肿瘤细胞比例是决定整个实验最关键的一个质控指标，影响着后续提取、建库、上机等的工作安排。

肿瘤细胞比例不合格会进而增加检测结果的假阴性风险，其解决方案我们之前讲过，这里就不再细讲（戳：唉，肿瘤细胞比例又不合格～）。

核酸总量：肿瘤细胞比例评估完，就到了核酸提取环节（有的公司为了节省时间可能会病理评估提取同一天进行）。之前我们讲过，核酸提取总量决定了原始分子模板总量，其投入量与核酸转化效率及检测灵敏度有关（戳：你家panel核酸要求量和别家公司为什么不一样？），因此核酸总量是NGS检测过程中第二个不可或缺的质控指标。

样本过小、血浆过少等都可能是核酸总量不合格的原因，核酸提取不合格可能导至后续建库失败或下机数据不合格，进而导至报告无法出具。在面临核酸提取不合格时可以使用补送样本、转核酸需求量较少的panel、组织转血液等方案减少不必要的退单。

配对样本SNP一致性：如果说肿瘤细胞比例和核酸总量是不可控的两个关键指标，那配对样本SNP一致性则是人为可控的关键质控指标。

在大panel或全外显子检测过程中，由于其panel较大无临床意义胚系突变过多导至生信分析及报告出具难度增大（部分胚系突变因为没有对照样本只能报体系突变）；公司一般会引入对照血液进行检测，即同时对组织样本及血液白细胞样本进行建库、上机、生信分析等，通过白细胞对照样本的结果，过滤掉无临床意义的胚系突变，进而减少生信分析和报告出具的难度。

因此组织样本和白细胞SNP是否一致决定了本次送检的组织、血液样本是否来源同一个人，当配对样本SNP不一致时，则意味着本次送检测组织和血液样本不是来源于同一个人，也就是说，本次送检的组织或者血液搞错了，是基因检测过程中最大的失控之一。搞错的原因可能有几个：

因此，相较于肿瘤细胞比例不合格和核酸提取不合格而言，配对样本SNP不一致需要花费较大的人力和工夫去排查。首先要实验室内部排查，排查各个实验步骤是否有把样本弄混的情况，包括样本接受、核酸提取、建库转管等等步骤。实验确认没有问题时再进行销售核查，确认当天是否送检多个样本，样本是否有贴错的可能性等等。如公司内部查询无误，则需要与临床确认是否能够重新切样本抽血进行送检。

在成对样本检测中，建议销售同事取到样本后第一时间贴上标签并拍照留存；此外，建议实验室相关实验区域安装相应的高清摄像头，进而保证出现问题时能够追根溯源。

平均测序深度：测序深度是影响灵敏度的重要因素，因此，平均测序深度是NGS报告中另外一个不可或缺的质控指标。

《二代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》指出，临床肿瘤NGS组织样本的有效测序深度应达到500X以上，cfDNA有效测序深度应达到1000X以上。（在讲平均测序深度的时候一定要确认是去重前测序深度还是去重后测序深度（戳：拒绝内卷，聊聊肿瘤NGS的几个低效内卷））

当测序深度不合格时，需要就下机数据进行评估；如测序深度稍差但检测到明确用药/耐药突变（非小细胞肺癌检测到EGFR L858R突变）时，可以与临床老师进行沟通出具报告尽快指导患者后续治疗；如未检测到明确突变时则需要重新建库上机或者重新送样等。

02 结语

以上就是NGS报告中的几个关键质控指标，在没有配对样本检测的情况下，肿瘤细胞比例（血液不适用）、核酸总量、平均测序深度是三个关键质控指标。在有配对样本检测情况下，配对样本SNP一致性则成为了另外一个不可或缺的质控指标。

而至于DNA 片段降解程度、预文库总量、文库多样性、插入片段长度、深度＞0.2X测序深度占比、序列回贴比率、Q30等其他质控指标则通过直接或间接影响平均测序深度来间接影响检测结果的准确性，本次就不做详细赘述。

最后，质控指标合格与否直接或间接决定着检测结果的准确性，因此，在报告出具的过程中应严把质控关，确保每一份报告都满足质控指标要求，为患者的后续治疗做到最初的保障！