猛博士刚刚接触基因组的时候,还是采用的平板电泳测序仪。每次测序要清洗平板、灌胶就忙得不亦乐乎。后来有了毛细管测序仪。设备的易用性就好了很多。那个时候,96根毛细管,几百个碱基的读长的测序仪就已进被称为高通量测序仪。现在想想,高低是相对的。那个时候的高,在今天看来实在算不得高。 进入21世纪,新一代的测序纷纷登场,开启了测序仪的战国时代! 大概2005年,454焦磷酸测序仪GS 20上市,是最早推出的二代测序仪,也是读长最长的二代测序仪,开启了新一代测序的先河。后来罗氏公司收购了454公司。后来,采用焦磷酸测序测定了诺贝尔奖得主DNA双螺旋结构的发明者之一James Watson的个人全基因组,费用约为100万美元。这相当于此前人类基因组计划的投入,已经是一个巨大的飞跃。但454的测序通量提升不及其他仪器快,测序成本降低速度就不够快。逐步退出了市场竞争。 后来,在中科院北京基因组研究所时,还在我的导师于军研究员的带领下,参与过测序仪的研发,就是仿照这个技术路线。当时也做到了工程样机的阶段,最后由于种种问题,大概还是机缘未到,没有最后变成产品。国产测序仪的推出还要再等些时日。 Complete Genomics的测序仪差不多也是2005年推出,后来这家公司在2013年被华大基因收购,对测序仪的国产化有重要的贡献。 Solex的Genome Analyzer在2006年推出,后来被Illumina收购,不断发展,逐步展现出竞争的优势。 2007年ABI的SOLiD测序仪上市,这个系列的仪器虽然在当时有最高的准确率,但也没笑到最后。AB与Invitrogen合并后,收购了Ion Torrent,称为Life Technologies主要推广的测序仪。 2008年,Helicos公司的HeliScope上市。这是一款单分子测序仪,虽然读长短,但属于三代测序仪。Helicos后来破产,但这一技术被国内企业License过来,现在真迈生物推出的三代测序仪最初始的专利就是这个来源。 你放唱吧我登场,到今天,Illumina测序仪是测序仪市场的领导者,最高峰曾占有将近80%的市场份额。华大智造的测序仪虽然在国际国内对Illumina造成了一定的影响,还没能撼动其领导者地位。两者间的专利纠纷随尘埃落定,似乎为华大智造在欧美推广扫清了障碍,但不久前美国的《生物安全法》又为华大测序仪在国际上的推广蒙上了一层阴影。 从资本市场来看,华大智造的市值大概是150亿人民币,而Illumina是170亿美元,还是有巨大的区别。华大智造也不仅跌破了发行价,与巅峰时的股价相比不仅仅是腰斩了! 通量的提升、测序成本的降低,现在Illumina、BGI的最高通量的机器让猛博士觉得似乎其他二代测序仪不会再有空间了。事实证明还是猛博士没头发见识短。 Elements的 AVITI以及PacBio的Onso测序仪具有Q40的高质量测序数据让人眼前一亮。Q40意味着碱基识别的错误率是万分之一。更高的数据质量,意味着用更低的测序通量就可以达到原来更高数据容量能实现的结果。 此外,有技术服务公司的朋友表示他们希望选择Elements公司的产品,主要是因为现有的测序服务公司测序仪通量太高,意味着需要等更多的样本一起上机。他们希望交付更快捷和灵活,Elements公司恰好有产品可以满足需求。看来对客户需求和市场还是要深入了解,不能想当然啊! |