聚焦｜肿瘤NGS大panel检测的标准化及研究进展

2016年，JCO报道的研究显示，肿瘤NGS大panel检测相较于单基因热点检测以及NGS小panel检测来说，更加全面，能够准确的将患者分层至最佳治疗路径。反观单基因热点检测和NGS小panel检测，则可能因漏检导至患者错失最佳的治疗方案。¹

TMB作为近几年免疫治疗疗效敏感性评估的关键生物标志物，已成为临床基因检测的标配，但其检测评估必须使用NGS大panel（>300基因或>1.0Mb），小panel到大panel是精准医疗发展的必然趋势。²

▲ TMB的发展历程

2017年，FDA相继于11月认证（FDA-cleared（510K），二类）和12月批准（FDA-approved，三类）了MSK-IMPACT（468基因）和F1CDx（324基因）两款NGS大panel产品；2019年11月，FDA认证 Omics Core NGS大panel产品（19,396基因）；2020年4月，FDA认证PGDx Elio Tissue Complete NGS大panel产品（507基因）；2020年8月，FDA批准了F1LCDx首个液体活检NGS大panel产品（324基因，报告311基因）；以上所有FDA认证/批准的NGS大panel产品均可检测TMB或bTMB，并且F1CDx已于2020年6月正式获FDA批准成为免疫治疗药物K药的泛实体瘤伴随诊断。

在美国，基于肿瘤组织或血液的NGS大panel检测标准已非常成熟。此外，美国通过FoCR的TMB评估计划（商业细胞系）建立了为临床研究输出TMB评估推荐的标准规范。

在中国，目前还没有基于肿瘤组织或血液的NGS大panel产品获批，虽有多家肿瘤基因检测公司正在积极注册申报NGS大panel，但仍缺乏相应的标准化，尤其是TMB的检测评估标准化。

中国肿瘤NGS大panel检测的标准化亟待解决，下面跟大家分享中检院 曲守方 研究员带来的“肿瘤大panel检测的标准化及研究进展”。（PPT内容来源于CSCO 2020线上卫星会，供大家参考）³

肿瘤免疫治疗相关生物标志物是非常复杂的，有敏感的标志物：PD-L1高表达，MSI-H，TMB-H，TNB-H等；有耐药的标志物：HLA等位基因杂合性缺失，B2M突变等；有超进展的标志物：MDM2扩增，MDM4扩增，DNMT3A突变等。

TMB与新抗原呈正相关，其与肿瘤微环境和周围的抗癌T细胞增加密切相关，因此可作为免疫检查点抑制剂生物标志物。

TMB的曲折之路：2018年TMB写入肺癌NCCN指南；2019年WCLC和ESMO相继报道 KN189，KN021，KN010 研究，认为免疫联合化疗与TMB无关，同时，ESMO也报道了 KN158和KN042研究，认为免疫单药获益与TMB相关。在TMB备受争议之时，中检院发布了TMB国家参考品，承受了不小的压力。

2020年，FDA批准了TMB作为泛实体瘤免疫单药（K药）治疗的伴随诊断。

TMB的检测金标准是WES，但临床检测更倾向于使用NGS大panel（目标基因大panel），所以各个厂家分别开发了自己的NGS大panel产品，然后与WES做个拟合分析，就推出了TMB检测产品。

虽然NGS大panel可以有效进行TMB的计算，但是panel需要大到一定的数目，才可有效检测TMB。此外，TMB的检测应保证检测的准确度和可重复性。

开发肿瘤NGS大panel检测产品，除了可检测TMB以外，还有哪些预期用途呢？可作为靶向用药热点突变的伴随诊断，也可作为免疫MSI的伴随诊断，此外，也包含免疫耐药和超进展相关的基因。

TMB检测过程中的影响因素，包括生物学特性（样本类型，肿瘤类型等），分析前因素（样本类型，样本质量/数量等），测序因素（DNA捕获区域，panel大小，富集方法，测序深度，测序平台），生信分析（突变类型，胚系过来吧，过滤cut-off值等）及阈值设定（样本/肿瘤类型，使用方法，患者人群，治疗方案