蛋白质理化性质和一，二级结构分析

wolf

蛋白质理化性质和一级结构分析

使用expasy protparam（http://web.expasy.org/protparam/）进行在线预测。
或者直接打开，搜索ProtParam。就能看到


粘贴你的蛋白序列


点击compute parameters



就能得到以下界面与数据：
Number of amino acids (氨基酸数量): XXXXX

Molecular weight 分子量: XXXXX

Theoretical pI 理论等电点: XXXXX

Amino acid composition:
Ala (A)  67         18.6%
Arg (R)  29          8.0%
Asn (N)   5          1.4%
Asp (D)  23          6.4%
Cys (C)   5          1.4%
Gln (Q)  21          5.8%
Glu (E)  13          3.6%
Gly (G)  24          6.6%
His (H)  12          3.3%
Ile (I)   3          0.8%
Leu (L)  24          6.6%
Lys (K)  13          3.6%
Met (M)   8          2.2%
Phe (F)   5          1.4%
Pro (P)  22          6.1%
Ser (S)  47         13.0%
Thr (T)  13          3.6%
Trp (W)   6          1.7%
Tyr (Y)   3          0.8%
Val (V)  18          5.0%
Pyl (O)   0          0.0%
Sec (U)   0          0.0%

(B)   0          0.0%
(Z)   0          0.0%
(X)   0          0.0%


Total number of negatively charged residues 带负电的残基总数 (Asp + Glu):xx
Total number of positively charged residues 带正电的残基总数 (Arg + Lys):xx

Atomic composition:

Carbon      C              XXXX
Hydrogen    H              XXXX
Nitrogen    N               5XXX
Oxygen      O               XX
Sulfur      S                1X

Formula: XXXXXX
Total number of atoms: XXXXX
Extinction coefficients 消光系数:

Extinction coefficients are in units of  M-1 cm-1, at 280 nm measured in water.
在水中测量的280 nm处的消光系数以M-1 cm-1为单位。

Ext. coefficient    XXXX
Abs 0.1% (=1 g/l)   XXXXXX, assuming all pairs of Cys residues form cystines假设所有对Cys残基都形成胱氨酸时消光系数


Ext. coefficient   XXXX
Abs 0.1% (=1 g/l)   XXXX, assuming all Cys residues are reduced假设所有Cys残基都减少时消光系数

Estimated half-life 半衰期:

The N-terminal of the sequence considered is M (Met).

The estimated half-life is: XXhours (mammalian reticulocytes, in vitro).
                            >XX hours (yeast, in vivo).
                            >1XX hours (Escherichia coli, in vivo).
Instability index 不稳定性指数:

The instability index (II) is computed to be 不稳定性指数（II）计算为 XXX
一般这个指数小于40，则说明稳定；大于40不稳定该蛋白质归类为不稳定蛋白质。

Aliphatic index 脂溶指数: XXXX
小于100比较亲水
Grand average of hydropathicity 亲水性平均值 (GRAVY): XXXX
定义为序列中所有氨基酸亲水值的总和与氨基酸数量的比值，负值越大表示亲水性越好好，正值越大表示疏水性越强。
蛋白质二级结构分析

TMHMM 法分析蛋白质的跨膜区：TMHMM 2.0 - DTU Health Tech - Bioinformatic Services





我这个就是个胞外蛋白。
SOPMA--蛋白二级结构预测

NPS@ : SOPMA secondary structure prediction (ibcp.fr)


粘贴序列，点击submit，就会跳到这个界面


等待加载后，就会出现一些这样的东西。

蓝色：α-螺旋（Alpha helix）
绿色： β-折叠（Beta turn ）
黄色: 无规则卷曲（Random coil）
红色: 延伸链（Extended strand）

Pfam预测蛋白质功能

选择SEQUENCE SEARCH，粘贴你自己的蛋白质序列


点go，就会跳转到这个界面，


点search




经过漫长的等待后，就能看到结果啦。



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