有哪些查询蛋白质信息的网站？

Rose

比较详细的那种

原文地址：https://www.zhihu.com/question/265076423

检验医师

如何使用Uniprot查询蛋白信息？
进入Uniprot主页（http://www.uniprot.org），在搜素框输入要查询的蛋白名称，比如CD4，所有CD4相关的蛋白都会出现在搜索结果里。最上面信息包含蛋白的全称，基因名称，机体来源，氨基酸数量。蛋白功能简介，蛋白的别名，蛋白表达的亚细胞定位，蛋白的相互作用，结构和结构域等信息，分子量和序列，包括异构体。Biorbyt产品详情里有Uniprot链接，大家可以进入到链接里面查看蛋白的详细信息。

卡卡

没有人说pdb吗......
protein data bank
百度就可以 完全免费

长长的路

ensembl，前面已经说过了，信息非常丰富，序列，假基因，snp，utr，要啥有啥。
http://www.expasy.org不大好打开，里面工具很多，我们平常最常用的是http://web.expasy.org/protparam可以估计蛋白的pi和疏水性，做纯化用

感恩由您

很多网站，各有特色，多个网站结合使用效果更好，具体取决于你需要什么信息。我比较喜欢用的有几个。
[1]. 个人觉得相对综合强大的是Uniport https://www.uniprot.org/。
上面有各种物种（包括植物）的蛋白详细信息，包括序列，结构，功能介绍，详细的annotation和分类，甚至列了很多相关publication参考文献（当然很多时候不全，需要另外查询，但可以参考，有一些列出来的文献自己找还未必能找到），最后还有一个protein interaction network，这个很强大，它是通过text mining的方式查找（有些基于实验结果）和预测可能有相互作用的蛋白，虽然不一定实用，但是可以给出很多hints, 而且可以挖出一些很偏的文献。
[2]. NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/不用说了，有很多功能，blast找蛋白或同源蛋白，蛋白序列，保守domain。查看保守domain是我个人比较常用的功能。其他还的很多功能可以多了解一下，比如蛋白上与疾病相关的variation等，在dbVar子目录下。
[3]. Ensembl http://asia.ensembl.org/index.html。和NCBI类似，可以查序列，看同源蛋白。如果你有一个蛋白基因，在这个网站上找到信息后，有直接可以查看同源蛋白（ortholog和paralog）的地方，不需要blast。常见物种全部列出来。Ensembl还有几个子库：Ensembl Plants, Ensembl Bacteria，Ensembl Fungi，Ensembl Protists，Ensembl Metazoa。
[4]. SMART http://smart.embl-heidelberg.de/。分析蛋白domain和motif，有时分析结果和NCBI会有差异，可以互补印证。还有更详细的一些分析功能。另外有许多特定的网站可以分析蛋白质的具体motif比如coiled-coil, signal peptide等。可参考些下面这个网站http://bioinformatics.ysu.edu/tools/subcell.html
[5]. RCSB PDB https://www.rcsb.org/ 查询蛋白三维结构，结构生物学必备网站，我比较喜欢找一些和自己研究相关的蛋白结构，了解蛋白的一些细节，比如关键氨基酸的作用位点。基本发表结构的文章都会把结构数据放上去，有一些没发表的结构也在上面，所以如果没看到相关文章，也可以试试在PDB搜索，可能有一些结构初步结果其实已经放上去了。查看结构文件，可以用UCSF的Chimera软件，很好很强大。
[6]. 最后就是物种自己的database了，比如线虫有wormbase，果蝇有flybase，酵母有yeast base，拟南芥有TAIR https://www.arabidopsis.org/，植物还有一个比较综合的database Phytozome https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html，里面包括了绝大部分植物的基因组和蛋白信息。其他物种也有可能有自己的database可以自行查询和参考。

继续前进

个人比较喜欢ncbi rcsb