生物信息学领域有哪些牛刊？

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有没有专门生物信息学领域的杂志？
还是一般该类文章都发表在生物类刊物上呀？
原文地址：https://www.zhihu.com/question/21660698

检验医师

凡人期：这是修仙的起点，指的是还未开始修炼或刚刚接触修炼之道的普通研究生。

BMC genomics，BMC bioinformatics，BMC medical genomics

练气期：这是修仙的基础阶段，研究生修行者开始吸收天地灵气，将其转化为体内的元力。

Briefings in bioinformatics，TCBB，JBHI

筑基期：这是研究生进入修仙的标志，修行者开始修炼内功，累积内力，打下坚实的基础。

BMC biology，PLoS computational biology，Bioinformatics，BMC medicine，Research

金丹期：修行者的内力能够凝聚成金丹，这个金丹象征着高级别的修为和力量。

PLoS genetics，Nucleic Acids Research，TKDE，eBiomedicine，PLoS Biology

元婴期：修行者的金丹形成元婴，元婴是修行者灵魂和修为的化身，跨入更高的境界。

Genome Research，Genome Biology，Genome Medicine，Molecular Systems Biology，Cell systems，Advanced Science

化神期：修行者的元婴进一步成长，开始向神灵的境界转变。

PNAS，Nature Communications，Science Advances，Cell Reports

合体期：修行者的身体和灵魂开始与周围的世界融合，接近于自然（Nature）的本源。

Nature Machine Intelligence，Nature Computational Sciences

大乘期：修行者几乎达到了仙道的巅峰，具备了创造或改变世界的能力。

Nature Methods，Nature Biotechnology，Nature Genetics，Nature Medicine，Cell Genomics

飞升期：修行者完成了修仙之路，失去凡体，飞升仙界，无相无形，成为自然（Nature）。

Nature，Science，Cell

队长是我

我自己是做genomics的，研究机器学习+非编码基因。

PhD刚答辩完，得闲可以做一下白日梦：假设我有一篇超级无敌的生物信息的稿子（现实中并没有Q_Q），我个人的投稿顺序是：
1 NS 正刊
2 Nature 知名的老牌子刊 Methods / Genetics / Biotechnology / Medicine
3 Nature 新的两个子刊 Machine Intelligence / Computational Sciences
4 Nature Communications / PNAS / Science Advances
5 Genome Research / Genome Biology / Genome Medicine
6 Nucleic Acids Research
7 Bioinformatics / PLoS computational biology / GigaScience / AJHG / Briefings in bioinformatics
8 BMC 系列 genomics / bioinformatics / biology
9 投不动了，放bioRxiv
如果项目做了2-3年，肯定希望试验结果能上1-5里面的某一本期刊。如果项目做了一年左右就快速搞定，其实能中BMC系列也是很开心的。毕竟文章质量和杂志IF只是弱相关，最终文章质量还是要靠时间来检验的。如果能早点发表，早点开始新项目，肯定比抱着编辑+审稿人死磕要好。

利益相关：我只中过3 / 4 / 7 / 8 这几个档次的稿子。这里我只枚举了几个我稍微熟悉，经常读到的期刊，非常主观。肯定漏掉了很多，求见谅！另外，像Cell系列或是elife这种纯生信文章占比不大的期刊，我不是很了解，就没有列举。也没有列举ISMB/RECOMB这样的生物信息会议，或是ICML / Neurips 这样的机器学习会议。

长长的路

我的博士也是做生信方面的（sequence alignment），偏方法和计算机，我来说说我们这行对生信期刊的看法。
拿生信文章的平均质量来说，第一档的期刊是nature biotech, nature method, (nature genetics)。 能发到这些期刊上的文章，都是在方法上有很大的创新，并且有很严格的验证。NBT 最难发，一般很少发纯生信的文章，常见的是开发了一个seq的方法，顺带做了一个配合的生信方法。Nature Method在我看来是生信的顶刊，最好的方法都会发去NM。Nature Genetics生信（sequencing相关）的文章其实不多，GWAS相关的东西多（我不太了解），不过看过几篇文章，质量都很好。这些期刊发文章审半年以上算是很常见的，审稿人也基本都是行业的牛人。文章质量都很好，如果文章和自己的领域相关，一定要读。
第二档的，Genome Research, Genome Biology, Nucleic Acids Research, Nature Communications. 能发到这些期刊上的文章，一般在方法上都有一些过人之处。例如说有一些创新/比其他的方法准确率更高/比其他方法运行快很多/有一些原创的功能，并且也需要一定的验证，不过不一定需要自己generate data。现成的data做验证即可。Genome Research是老牌生信期刊了，每年发文章的数量很小，不过质量一直都很好。Genome Biology也非常被业内认可，有很多很好方法的文章在上面发表。NAR，数据库会多一些，不过总体质量挺高。 Nature Communications的争议会大一些，不过上面的方法文章我觉得都还挺好的，创新性比较高。这些期刊的生信文章，质量都是有一定保证的，拿来看一看试一试不吃亏。
第三档的，Bioinformatics，PLOS Computational Biology。其实这些期刊上也有不少非常好的文章（例如说李恒就特别喜欢Bioinformatics），只是发文量很高，把平均质量拉了下来。我个人非常喜欢Bioinformatics，上面有很多很多好文章，只是挑选太累了。
还有一些期刊比较新，或者我接触的少，不过据说生信的文章都还是不错的： PNAS，Nature Machine Intelligence.

卡卡

说一下科研中经常遇到的生物信息学相关期刊。
1，生物信息学严格来说是数理统计计算机等领域的方法学。所以CNS正刊几乎不接受，毕竟这些是需要宝贵的生物数据维持影响因子的， 所以基本没有生信文章，但也会经常看最近的生化技术和能用的数据。
2.1, 与生物信息相关的亲儿子刊，包括Nature Genetics, Nature biotech， Nature  Methods，Nat Machine Intelligence，Nature Computational Science。其中NG主要被统计学相关的序列分析找SNP啥的文章霸占；NBT主要是各种突破性的稍微低于主刊的硬核生化方法，生信方法学很少；NM与此类似，但定位稍微低一些，有一些生信文章。总的来说，这三个子刊都特别注重解决生物学问题，方法本身的数理计算机水平不高也问题不大，editor也都是生化背景。Nat Machine Intelligence，感觉主要是跟ai相关的各种应用场景，有些看起来蛮奇怪，并且之前有机器学习的人抵制，暂不评价了。Nature Computational Science属于新的子刊，看过一些paper，感觉editor品味还可以，后面应该会吸引不少以计算为主的好paper~
2.2, Nature Commu, PNAS, Genome Research, Genome biology. 亲儿子子刊里面没有专门的信息类子刊，所以个人认为这几个期刊上面的生信文章与子刊没有差距，只是侧重点不同，这几个相当部分的文章更加注重计算方法学本身，与生物故事离得比较远【现在出了Nature Computational Science，不知道这个论断再过几年还是否成立】。Nat Commu的话，其中的信息类文章水平比较高，也比较偏重生物学本身，但其中的生物学文章比子刊差一个档次。PNAS就非常有意思了，里面有较多的数理统计计算机机器学习等硬核文章，当然也有不少contribute的paper。
Molecular systems biology 水平也很高，就是一年paper数目太少了。Cell systems 似乎比这几个低半个档次。
~~~~~~~~~~~~~~以上算是大牛刊。计算类的发一两篇就可以找到非常不错的教职。
3, NAR， Plos CB， Bioinformatics，BiB（？）。这属于生物信息学的中坚期刊，算是登堂入室水平，一般发一篇表明已经受到主流学术圈的认可，之后博士毕业就比较稳了。NAR影响因子虽高，但据说是因为是数据库的原因。就我个人来看，其中的生信文章跟bioinformatics基本一个档次，可能稍微偏一些生物问题。BiB影响因子也比较高，但跟NAR差不多的原因，靠review带起来的。
4, 接下来就是BMC Bioinformatics， BMC Genomics 这种了，属于多发几篇也可以博士毕业的水平。
5 Plos one， scientific reports这种基本没有错误就可以发表，属于靠后一些的选择。但确实也有一些有意思的paper。

大力水手

谢邀。第一次知乎回答。
现在这个各科学领域大发展的时代，专门杂志是一定有的。

• Bioinformatics是作为生物信息学最重要的专门期刊了。2012年度IF=5.468
  
• 另外还有Briefings in Bioinformatics，这个杂志每年的发稿量少，最近几年IF波动很大，第一年24+，后来到9+，2012年度IF=5.202。
  
• 稍次一点的杂志，如BMC Bioinformatics，也是生物信息学的专刊。2012年度IF=3.447
  
• 对于计算向的生物信息学，PLOS Computational Biology是一个很好的期刊。2012年度IF=5.215
  
• 除此之外，Nature Method，也会有生物信息学相关的方法发表。2012年度IF=19.276
  

正如
@宋诗娅 所说，生物信息学相关的文章不一定要发到专门的生物信息学杂志，因为生物信息学作为一个工具，已经融入到很多生物问题的研究中，而不仅仅是一门孤立的学科了。
除了
@宋诗娅 列出的，PLOS Biology也是很好的杂志，2012年度IF=11.452。PLOS One也会经常有生物信息学文章，但被批灌水太多，算不得牛刊，2012年度IF=4.092。
以上，欢迎补充。