本期文章引用格式:姜惠琴,郭玮. 肿瘤易感基因检测策略的思考[J]. 中华检验医学杂志,2024,47(11):1237-1241. 本文由《中华检验医学杂志》和检验医学新媒体共同发布。 肿瘤易感基因的变异指的是可增加肿瘤发生风险的胚系变异,由胚系肿瘤易感基因变异导至的肿瘤称为遗传性肿瘤。 随着人们对肿瘤易感基因的认识逐渐深入,其检测价值也得到了进一步拓展,包括明确肿瘤病因、筛选肿瘤高危人群及指导抗肿瘤治疗。 1.检测人群的选择 目前评估是否需进行肿瘤易感基因检测的主要依据是个人史及家族史。 当肿瘤患者存在以下2种情况时,需考虑进行肿瘤易感基因检测。一是对肿瘤组织进行体细胞基因检测时,意外发现可能的胚系变异。二是为了评估患者的靶向用药指征。 基于个人史及家族史的临床评估标准,虽在一定程度上可筛选出潜在遗传性肿瘤患者,但其敏感度仍有待提高。由于表型异质性、外显率差异以及性别相关肿瘤等因素的影响,仅依据临床标准可能会遗漏许多遗传性肿瘤易感基因的携带者。此外,我国多数家庭成员较少,这使得肿瘤家族史的特征无法充分体现。 由于按照临床标准筛选肿瘤易感基因检测人群时存在较高漏检率,许多学者开始探讨扩大检测人群的价值。 2.检测基因和组合的选择 肿瘤易感基因变异导至的临床表型复杂且存在异质性,不同易感基因可导至同一肿瘤,而同一易感基因也会引起不同肿瘤。 目前,根据检测基因和组合类型的不同,通常将其分为4类 : 一是综合征特异性检测,通常只检测与特定综合征相关的基因(例如针对黑斑息肉综合征的STK11基因); 二是肿瘤特异性基因组检测,包括与特定肿瘤类型相关的多种综合征相关基因(例如针对遗传性肠癌需包括林奇和胃肠道息肉病等多种综合征的相关基因); 三是综合肿瘤多基因组检测,其检测范围更广,通常涵盖多种常见肿瘤综合征的数十个基因; 四是全外显子组测序(WES)和全基因组测序(WGS),目前主要用于科学研究,尚未正式用于检测临床遗传性肿瘤。 具体应纳入哪些基因组合进行检测,目前尚未达成共识。 在选择肿瘤易感基因检测的基因和组合时,通常会根据患者的临床特征,确定最可疑的遗传性肿瘤,从而选择相应的检测基因和组合。 在选择肿瘤易感基因检测时,需综合考虑临床指征及受检者意愿。通过采集详细的临床特征和家族史,评估可对患者及其家属的健康管理产生影响的基因,并与其充分沟通检测方案,最终由受检者决定检测方案。 3.检测方法的选择 Sanger测序是检测基因变异的经典传统技术,但由于检测通量低、敏感度较差,目前主要用于已知变异检测及位点验证。 相比传统Sanger测序,二代测序(NGS)检测范围更广、通量更高,检测成本更低。然而,NGS技术也存在局限性,其无法保证高GC含量区域、高度同源区域及复杂结构变异检测的准确性。在肿瘤易感基因检测应用中,NGS检测单核苷酸变异及小片段插入或缺失的准确度较高;但在大片段重排的检出上存在一定局限性,需采用多重连接探针扩增技术进行确认。 因此,不断提高NGS检测复杂基因区域的准确度,改进NGS生信算法是未来的主要研究方向。 1.结果解读的复杂性 根据肿瘤易感基因的外显度差异,可将其分为高外显率基因和中外显率基因。基因的外显率与肿瘤发生风险密切相关,携带高外显率基因变异人群罹患肿瘤的风险是普通人群的4倍以上,而中外显率基因变异携带者的肿瘤风险为2~4倍。 此外,不同基因或同一基因的不同变异位点具有不同的临床意义,对肿瘤发生风险和临床治疗具有不同影响。 2.遗传咨询人员的稀缺性 随着肿瘤基因检测的需求不断增加,遗传咨询师不足的问题日益凸显。 目前,临床医生承担了大部分检测后咨询工作。然而,大多数临床医生表示无法完全胜任胚系基因检测结果的解释以及后续方案的制定。 有数据表明,医疗服务提供者和患者常因误解基因检测结果的临床意义,而导至不必要的检测、治疗或手术。在基因组学时代,从事肿瘤诊疗的临床医生需具备肿瘤遗传学相关知识,这需进一步推动医疗人员的跨学科教育。 3.大众认知度的缺乏 近年来,尽管人们对肿瘤预防的重视度有所提高,但对肿瘤易感基因检测的认知度及接受度仍不足。 另一个值得关注是,已明确携带致病变异的患者家族中,家系级联检测的比例仍较低。多项研究发现,尽管免费提供家系级联检测,但仍只有16.0%~21.6%的患者家属接受检测。 对肿瘤易感基因检测认知度的不足,可能是导至检测率较低的重要原因之一。未来,仍需进一步推行科普及教育工作,提高肿瘤易感基因检测的认知度。 4.管理层面的挑战 目前,国内基于NGS技术的肿瘤易感基因检测项目大多以实验室自建项目的形式开展,不同检测项目组合纳入的基因类型、检测范围、生物信息算法等存在较大差异,难以形成规范统一的标准。 国内专家学者针对NGS技术在临床中的规范开展陆续提出了相应的专家共识,但仍缺乏针对肿瘤易感基因检测的规范化指导文件。肿瘤易感基因检测的实施仍面临诸多管理层面的挑战。 首先,为确保检测结果的准确性和有效性,除制定规范化标准、开展质量评价活动外,还需重视检测基因的临床价值。对多基因检测组合中纳入的临床价值尚不明确的基因,需开展大规模的临床研究来验证基因与疾病的相关性(例如基因变异与肿瘤发生风险的相关性)以及给受检者带来的获益(例如检出基因变异后,是否可通过临床干预来降低相关肿瘤的发病率与死亡率)。 其次,目前基因解读主要依赖国外数据库,国内仍缺乏大型的公用数据库,这可能造成中国人群基因解读的误差,也不利于发现中国人群特有的致病基因。考虑到人类遗传数据安全性及患者隐私,不同检测中心的数据难以实现共享,不利于建立国人数据库,因此,仍需建立更完善的管理机制,实现数据安全、隐私保护及开放数据合规共享。 此外,随着人工智能与大数据分析的飞速发展,需依据政策支持,充分整合NGS数字化平台与医院信息系统、电子健康记录数据,综合分析基因检测结果、临床表型、实验室检测、病理、影像以及随访数据,从而为肿瘤患者提供更全面的个体化诊疗策略。 |