SBS合成测序的读长记录？

合成测序SBS被广义地认定为短读长测序，这区别于对天然DNA分子不间断读取所获取的长读长。

SBS，特别是以可逆终止子为核心的测序手段，成为Illumina或者说高通量测序（也就是所谓的二代测序）的代名词。可逆终止子带有聚合的阻断基团和可断裂荧光基团标记，通过掺入这样的可逆终止子来提示被测序的碱基信息，通过去除阻断基团来进行循环。

Element和PacBio Onso的创新将可逆终止与通过荧光探测碱基信息的步骤分开，部分消除了簇内分子反应不同步所带来的读取错误率。

可逆终止的SBS反应由于受到聚合酶效率的影响，因而更多产生150bp左右的读长。因此在Illumina主导NGS的这么多年中，受其读取准确率和读长的限制，我们习惯了30x人类基因组的标准（人类基因组的大小大约为3.2亿碱基对/3.2 Gb）。

当然Illumina在这么多年的发展过程中，也在不断提升读长（可接受的准确率前提下），比如在MiSeq上使用的PE300，在HiSeq/NovaSeq上使用的PE250试剂盒等。

但如果不对反应的生化体系进行优化和改进，读长再往上走就很困难，会带来准确率的极速下降。

后进入者多数构建并进化了自己的聚合酶，并大大优化了反应条件，使得现在很多公司都可以提供PE300或者SE400的测序试剂盒。

另一方面，采用不同的SBS测序路径，如上面说到的Element和PacBio Onso，不管称之为亲和力测序还是结合测序，由于掺入的修饰核苷酸只带有阻断基团，不会因荧光基团切割而产生“疤痕”，因此理论上可以实现更长的读长。

同样，MGI也开发了CoolMPS测序生化体系，与Element和Onso类似，将阻断核苷酸的掺入与碱基的探测分开，使用了抗体亲和的方式来识别掺入的修饰核苷酸，也具备高准确率和长读长的优势。

我们体内的DNA聚合酶可以完美的复制一个3.2 Gb的基因组（当然这个过程中有大量的相互作用的其他蛋白用于检查并矫正错误），具有良好processivity。因此，越是接近天然过程的DNA合成/测序，应该具有越好的效果和表现。

如果放弃PE150这个被时代桎梏的惯性，我们在合成测序上到底能实现多长的读长？

Sanger测序，虽然被称为一代测序，但突出优势则是长读长及高准确性，能够实现800bp-1kb的读取。

‌‌基于‌焦磷酸测序技术的罗氏454测序仪，虽然已经被淘汰，也能实现较长的读取，平度读长可以达到400bp。

依靠电化学测序的Ion Torrent由于更接近天然的核苷酸掺入过程，因此能够常规实现SE600的读取。

SE600似乎是一个现实的可参考的目标。

最近在ASHG上，MGI/Complete Genomics推出了DNBSEQ-G800测序仪，使用CoolMPS化学品实现了SE600，同时保持了相当的准确率（具体Q值比例没看到）。

这有什么用呢？与PE150相比，SE600在串联重复区域的覆盖率显著提高，对其他有挑战性的基因组区域的解析都很有帮助。

同样在今年的ASHG上，Illumina展示了在研的PE500读取，相比之前在MiSeq上运行的PE300来说，显著提高了读取质量。

时代变了…

PE150、Q30、30x基因组这些传统的思考方式正在被打破，而提供高质量、更长读取的高通量测序正在被提上日程。

如果以80%以上读取Q30为准，合成测序的读长记录谁先来亮一个？