罗氏即将推出全自动的全基因组分析系统！

罗氏公司正准备推出其基于组织的全面基因组分析（CGP）测序套件的全自动化版本，该公司声称这将使转化肿瘤学研究人员能够在大约24小时内完成文库制备和目标富集，仅需3.5小时的手动操作时间。

即将推出的Avenio肿瘤组织CGP自动化套件还将包含一个新的泛癌同源重组缺陷（HRD）签名得分，称为HRDsig。该得分基于罗氏子公司Foundation Medicine的泛癌基因组数据库进行训练，涵盖了100多个独特的基因组特征。

罗氏和早期用户Circulogene的研究人员在上周于不列颠哥伦比亚省温哥华举行的分子病理学年会上，在公司赞助的研讨会和几个海报上展示了计划产品的早期数据。

在研讨会上，罗氏诊断的国际业务领导Austen Cohen表示，自动化测定将于2025年2月上市。

该套件将紧随Avenio肿瘤组织CGP套件V2之后推出，后者在今年7月低调推出，作为2021年推出的第一代套件的更新。

该更新已经包含了HRDsig得分，其解释得到了罗氏Navify突变分析软件的支持。

HRD作为一种生物标志物在几种癌症类型中变得越来越重要，因为缺陷影响了细胞修复DNA双链断裂以确保稳定性和活力的能力。特别是，使用HRD得分可能有助于确定患有乳腺癌或卵巢癌的患者是否适合接受PARP抑制剂治疗。

罗氏全球医学事务和战略领导Muriel De Vos在研讨会上指出，HRDsig是一个全面的基于疤痕的签名，提供了功能性的泛癌HRD读数（HRD“疤痕”通常指的是癌细胞基因组中表明HRD的一系列遗传改变或模式）。重要的是，De Vos指出：HRDsig旨在提供“独立于遗传改变的预测，从而能够检测非基因组机制的HRD。”因此，该签名捕获了大部分双等位基因BRCA病例以及其他同源重组修复（HRR）基因突变和HRR野生型病例，这些病例可能具有真正的HRD。

除了HRDsig之外，当前的Avenio CGP V2和即将推出的自动化套件还调查肿瘤组织样本中的单核苷酸变异、插入和缺失、拷贝数变化和选择性基因重排，涉及355个基因，并提供其他基因组签名，如微卫星不稳定性、肿瘤突变负担和基因组杂合性丧失。

自动化CGP工作流程包括Avenio套件、罗氏Avenio Edge液体处理系统、Illumina NovaSeq 6000测序以及FoundationOne数据分析软件，所有这些都通过Avenio Connect软件协调。

Cohen指出，Avenio Edge仪器是一个开放平台，可以与任何NGS工作流程配合使用，但“针对这个新工作流程优化得非常好”。套件试剂预装在墨盒中，用户只需要移除包装并将其放在仪器上，这使得它“与市场上任何CGP工作流程都不同”，他说。

罗氏指出，这种工作流程提高了实验室效率，最小化了人为错误，同时减少了总周转时间，完整的报告可在不到五天内获得。

这似乎与其他目前可用的商业CGP套件或服务相似或更好。例如，Illumina在其网站上指出，其TruSight Oncology Comprehensive套件在当地实验室运行，如罗氏套件，样本到报告的周转时间为四到五天。

与此同时，由PGDx Elio测定支持的Labcorp Tissue Complete服务广告称周转时间为六到十三天，而Guardant Health Guardant360 TissueNext服务则指出从样本接收到结果的周转时间不到两周。

在HRD方面的主要竞争测定是Myriad Genetics的MyChoice HRD测试，这是美国食品药品监督管理局批准的服务，有助于识别HRD患者，并可能有助于确定患有乳腺癌或卵巢癌的患者是否适合接受PARP抑制剂治疗。Myriad广告称，在收到肿瘤标本后“14天或更短时间内”可以返回结果。

此外，就在上周，Myriad宣布Illumina正在将其基因组不稳定性得分（GIS）添加到正在开发的Illumina TruSight Oncology 500 v2测定中，该测定将于2025年中期全球发布。更新后的测定将比早期版本具有更快的周转时间和减少的手动操作时间，以及敏感的变异呼叫和Myriad的GIS用于确定HRD状态，两家公司指出。

在AMP研讨会上，液体活检开发商和早期用户Circulogene的转化研究副总裁Eric Thompson指出，CGP是一个“非常复杂的工作流程”，既耗时又劳动密集，涉及大型基因面板，并且不断变化。他说，他的公司主要使用CGP是因为它比单基因测试提供了更大的洞察力。

在对Avenio自动化CGP测定的可重复性进行评估时，Circulogene研究人员发现他们的数据与罗氏产生的高度一致，特别是对于基因组签名得分。他还报告说，加载测定运行的时间平均不到一个小时，甚至比罗氏广告的还要少。

“它在我们手中工作——完全——具有非常高的一致性和非常稳健的结果，”他说。“只是在与我的团队讨论……将这个测定引入我们的实验室时，第一：它有效。这是关键。我们不能在测试来自受试者的样本时妥协质量。自动化套件确实是可以放手的。”

Thompson指出，该系统的缺点之一是失败的运行会使平台上待命的试剂无效，条形码墨盒阻止了未来的使用。此外，他指出，如果存在错误，加载检查错误需要很长时间才能清除。

在一封电子邮件中，罗氏的高级产品经理Sunandini Chopra表示，这是“一个有意的功能，以确保观察到的任何错误都已得到纠正，然后要求用户从一开始就重新运行加载检查程序，确保所有错误都已清除。以这种方式设计系统有助于确保后续过程中的失败可以避免，运行可以按预期进行。”

Chopra说，其他早期用户包括比利时和爱尔兰的实验室，尽管罗氏目前不便透露它们的身份。她还指出，自动化套件的其他特点包括从FFPE组织DNA提取到测序结果的整体通过率为99.3%，与小尺寸活检样本兼容，非常低的污染率为0.11%，以及在检测小变异时具有高分析灵敏度，检测限为1%至3.1%——所有这些数据公司都在其AMP海报中提供。

罗氏强调，Avenio CGP V2套件和自动化套件仅用于研究。

“短期内，提供内部CGP测定、软件和系统作为研究使用，使我们能够不断改进和创新我们的测定，并帮助我们的客户站在科学进步的前沿，”Chopra说。

“罗氏的意图是与我们解决方案感兴趣的市场的所有监管机构保持一致，”她补充说。“随着实验室开发测试的法规和不同国家的实施仍然是一个不断发展的环境，我们正在仔细评估何时以及如何为我们的每个解决方案进行IVD，并欢迎合作伙伴关系。”

总结

罗氏公司的Avenio Tumor Tissue CGP Automated Kit自动化测序套件具有以下优点：

1. 快速的文库制备和目标富集：该套件能够在大约24小时内完成文库制备和目标富集，且仅需3.5小时的手动操作时间，这大大提高了研究效率。

2. 全面基因组分析：套件能够检测肿瘤组织样本中的单核苷酸变异、插入和缺失、拷贝数变化和选择性基因重排，涉及355个基因，并提供其他基因组签名，如微卫星不稳定性、肿瘤突变负担和基因组杂合性丧失。

3. 新的HRD签名得分：包含一个新的泛癌同源重组缺陷签名得分HRDsig，这有助于在多种癌症类型中确定HRD状态，尤其是在乳腺癌或卵巢癌患者中，可能有助于确定是否适合接受PARP抑制剂治疗。

4. 高一致性和稳健的结果：Circulogene研究人员在评估中发现，该自动化套件与罗氏的数据高度一致，尤其是在基因组签名得分方面。

5. 减少人为错误和提高实验室效率：自动化工作流程减少了人为错误的可能性，并提高了实验室的工作效率。

6. 快速的报告生成：完整的报告可在不到五天内获得，这与市场上其他商业CGP套件或服务相比具有竞争力。

7. 开放平台：Avenio Edge仪器是一个开放平台，可以与任何NGS工作流程配合使用，且针对这个新工作流程优化得非常好。

8. 预加载的试剂：套件试剂预装在墨盒中，用户只需要移除包装并将其放在仪器上，简化了操作流程。

9. 高兼容性和灵敏度：套件兼容小尺寸活检样本，具有非常低的污染率和高分析灵敏度，能够检测小变异。

10. 研究用途：目前，Avenio CGP V2套件和自动化套件仅用于研究，这为罗氏提供了持续改进和创新其测定的机会。

这些优点表明，罗氏的自动化测序套件旨在提高转化肿瘤学研究的效率和准确性，同时减少实验室工作流程中的时间和资源消耗。