上篇文章我们聊了关于NGS准入过程中准入价格的各项问题,包括终端收费、进院价格等内容。待上述价格谈妥后,就需要对所要准入的产品安排预实验工作;所谓预实验,就是在产品准入前进行的实验,旨在检测准入产品的性能与质量。因此预实验是准入过程中关键的一步,而在预实验过程中,有诸多需要注意的地方今天,我们就聊一下有关预实验的一些问题,希望可以帮助有需要的朋友。以下内容均为个人观点,如有疑问,欢迎文末添加微信交流。 01 预实验前准备 在沟通预实验之前,需要对产品信息、实验室仪器确认、预实验时间与地点等内容提前做好准备工作;防止在预实验过程中出现不必要的误会进而快速推进预实验的进程。产品介绍:首先,在做预实验前,我们需要介绍本次准入的产品,包括但不限于产品的适应症、样本类型、质控标准、贮藏条件等基础信息;尤其是要强调本次准入产品的检测范围(基因list)以及灵敏度等产品性能信息,确保后续挑选样本时能够符合产品需求。举个例子,如果该产品只检测EGFR、ALK、ROS1等基因的相关突变(不检测TP53基因),检测灵敏度为1%;因此在后续挑选样本做预实验时就应该避免挑选到TP53基因突变和突变频率低于1%的样本。 医院实验室试剂耗材及仪器确认:讲解完入院产品后,就需要根据产品的实验要求确认医院有没有相关的试剂仪器;如核酸提取相关试剂盒,枪头,及超微量分光光度计、离心机、PCR仪、高通量测序仪等实验需要用到的试剂耗材及仪器;同时需要确认耗材与此次预实验产品是否匹配。如果医院有相适应的试剂耗材及仪器,则可以正常开展后续预实验;如果医院没有相应的试剂耗材及仪器,则需要厂家自带(如提取试剂盒)或者医院购买(如高通量测序仪)。有时候厂家也可以考虑投放或租赁的形式推进入院速度。再次强调的是,在预实验前一定要确认医院实验室的试剂耗材及仪器。防止公司技术人员出差过去了才发现没有仪器,耽误预实验进展,浪费人力物力,同时给临床老师留下不好的印象。
预实验方案:试剂耗材及仪器确认满足预实验要求后,就要与医院老师确认下预实验方案,一般情况下预实验方案包括检测方案与样本方案两个模块: 检测方案:通常情况下,检测方案主要检测产品的准确性、灵敏度及重复性。最常见的检测方案是检测产品的准确性:医院挑选几例(或厂家提供部分样本)既往检测过的样本使用本次入院的产品进行检测,查看检测结果的一致性;部分医院还会对产品的灵敏度及重复性进行确认:将样本稀释几个浓度后分别检测查看产品的灵敏度、重复三天(不同实验人员、不同时间等)查看产品的重复性。不同的检测方案直接影响预实验的实验时间及所需的试剂盒(配套试剂耗材)的用量。
样本方案:除了检测方案需要确认外,部分医院由于刚开展院内检测工作样本较少或样本丰富度不够(如NTRK融合等样本)等原因可能需要厂家提供一定数量的样本来进行预实验;因此,在预实验工作安排之前,需要和医院老师沟通样本的来源,确认是否需要公司提供预实验样本。如需要公司提供样本,则需要和技术人员提前沟通并讲清楚临床需求。 再次明确,在挑选样本时,一定要和老师明确本次产品的检测范围及灵敏度情况;防止挑选的样本与预实验产品不匹配。 时间与地点:预实验方案确认之后,就需要与医院老师确认预实验的时间及地点;确定好预实验时间和地点后,公司技术人员就要根据预实验时间安排出差行程,同时根据预实验方案邮寄相关的试剂耗材到预实验指定的地点(提醒老师按照试剂盒储存条件储存)。通常情况下,预实验时间一般预留一周左右供技术人员提前准备。由于医院实验室每天也在开展正常的实验,因此,在确定预实验时间时需要与医院老师提前沟通医院正常实验的时间安排,确认仪器空闲时间,进而保证公司技术人员在医院仪器空闲时间时合理的安排预实验工作。预实验:预实验前准备工作全部安排妥当后,就由厂家技术人员入场;根据预实验方案,跟医院老师进行样本及样本基本信息(如肿瘤细胞比例、核酸提取浓度等)的交接、具体实验时间的确认以及实验过程中的协调人员等。一切就绪后,就可以按照产品的操作说明书进行预实验工作了。预实验完成后,需要就检测结果进行汇总同时向医院相关进行汇报,如有异常结果时还需要就检测异常的结果进行结果分析及处理。结果汇报:将本次预实验的结果按照预实验检测方案(如准确性、灵敏度、重复性等)进行整理,生成性能评估报告并交由医院老师,根据性能评估报告向医院老师汇报此次预实验的目的、流程及检测结果等内容。异常结果处理:然而预实验并不是一帆风顺的,有些样本的检测结果可能与原来的检测结果并不一致;因此,需要公司技术人员就这些异常结果进行异常原因的分析及处理,向医院老师解释异常结果出现的原因及后续的处理方案。通常情况下会有以下几种原因:样本突变位点不在本次试剂盒检测范围内、突变位点突变频率低于试剂盒下限、仪器长期未使用缺乏校准、气溶胶污染等。因此,在处理异常结果时,就要根据具体的原因进行相应的解释:如样本突变位点不在本次试剂盒检测范围内时需要沟通在样本选择时的疏忽;如突变位点突变频率低于试剂盒下限时除了沟通样本选择时的疏忽外还可以尝试选择更高灵敏度的方法(ddPCR)进行验证;仪器长期未使用缺乏校准或气溶胶污染时应协助医院完成医院实验室的优化升级。 以上就是整个预实验的过程,然而,在预实验操作及结果汇报时,可能只有技术人员一个人在现场,因此只有对产品各个方面都比较熟悉的技术人员才能够快速响应来自医院老师的各种问题,同时能够异常结果的原因进行快速的梳理并给出具体的解决方案。所以,一个对产品的实验操作十分熟悉且对产品有一定的了解如产品基本信息(指控标准、覆盖范围、灵敏度等)、与竞品区隔(主要是产品优势)等的技术人员也是预实验过程中不可或缺的一部分。最后,祝愿各位朋友在预实验过程中都能取得较好的成绩,进而快速推动后续的准入工作! |