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Illumina牌探针,又要革谁的命?

2024-7-15 17:33| 编辑: 归去来兮| 查看: 477| 评论: 0|来源: 循因缉药

摘要: 他的作用是把基因组中你想要的部分“钓”出来,丢弃不需要的部分。


各位股东,大家早上好中午好晚上好。

2024年6月26日,作为Illumina的忠实粉丝收到了新产品的通知。

只是,这个新产品不是测序仪而是相对小众的捕获探针。

所谓捕获探针是用在NGS测序中的细分市场-靶向捕获(Target Capture)或者是靶向富集(Target Enrichment)中的一款产品。

他的作用是把基因组中你想要的部分“钓”出来,丢弃不需要的部分。

好处是,研究者可以用更少的数据量获得目的区域“更深”的结果,比如检测到更低频的突变。

这里用IDT一张图作为说明(不收广告费,如果不愿意的话我换其他家),箭头所指位置就是捕获/富集探针。

如果再早两年,还能看到NimbleGen为代表的芯片固相富集产品,现在基本都是液相富集产品了。

记得NimbleGen的朋友请在留言区留言“时代的眼泪啊...”,么么哒。

呃,铺垫挺多了,咱们聊聊这个产品。



蚊子再小也是肉


本次推出的产品是Illumina的定制化捕获探针产品,Illumina称之为Custom Enrichment Panel v2。

没错,已经是第二代的产品了。

第一代产品是80-mer的ssDNA探针,说人话就是80个碱基长度的单链DNA探针。

经常玩捕获测序的朋友都知道,捕获探针分为RNA探针和DNA探针。

代表公司就不说了,毕竟都没交广告费。

这第二代产品则是120bp的dsDNA探针,也就是120个碱基长度的双链DNA探针。

靶向捕获试剂这个市场吧,并不大。

我们以靶向捕获测序试剂标杆之一Twist Biosciences为参照,2023财年其NGS业务收入1.24亿美元,连Illumina的零头都不够。

这真是蚊子再小也是肉啊...

那么,作为NGS业界大鳄,Illumina杀入液相探针捕获市场是要干什么呢?

其他做靶向捕获试剂的厂商该颤抖么?这是要革他们的命吗?大家想知道这探针是哪来的吗?



加分项


早在2022年,Illumina就开始销售由Twist Biosciences生产的外显子捕获产品Illumina Exome 2.0 Plus。

这是一款基于人外显子区域设计的靶向捕获产品,基本上只关心人的基因组中的编码区,内含子区域将被舍弃,可以用于遗传疾病研究、肿瘤研究等。

如今,这款产品来到了2.5版。

结合Twist Biosciences的探针正好也是120bp的dsDNA探针,我们有理由相信Illumina的这个定制探针就是Twist的套壳。

那这不是抢Twist生意吗?

害,反正肉烂在自己锅里,短时间问题不大。

另外一点,Illumina推出这项产品很有可能是为了补充其外显子捕获产品的应用范围。

我们说过,这玩意基本上是照着外显子区域设计的,可是呢,又不是所有的疾病都只跟外显子相关。

所以就得叠buff,行内人叫“add-on”或“spike-in”。

最低100条探针起订,算是个加分项。

搞复杂的,Illumina目前的平台还真不一定hold住。

至于为什么,往后看。



试水



Illumina目前的设计平台是DesignStudio,根据其显示的信息将在2024年7月11日起支持其定制服务2.0版。

现在也不是不能用,就是有亿点点难用。

比如,物种只有人的,参考基因组也只有hg19,略显单薄。

又比如,我随便加个EGFR,转了半天才出结果。

(懒得截图了,真的设计出来了,用了个把小时吧)。

目前版本下,全定制设计的时候,其起订量是2000条探针起,最低96个反应。

价格我就不放上来了,反正还得升级嘛,到时候咱们再来看看。



最后



一圈看下来,这应该不会革了靶向捕获试剂厂商的命。

总结一下:

第一,Illumina靶向捕获定制产品极大可能是基于Twist Biosciences的平台。

第二,这块本身市场不大,更像是Illumina补足自己产品的一个试水。

第三,设计平台还没就位,还有细节待厘清。


相关资料:1https://www.illumina.com/products/by-type/sequencing-kits/library-prep-kits/custom-enrichment-panels.html?langsel=/us/#tabs-fd58618f63-item-726bf61f44-figures

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