5个已获批NGS大Panel解析

最近研究了一下已获批的5个大Panel产品，自2017年MSK-Impact和FoundationOne CDX先后获老美FDA批准，6年之后的2023年，NMPA终于批准了国内第一个大Panel-世和基因的世和1号。

5个大Panel相关的产品信息汇总如下：

汇总的几个要点如下：

除了FoundationOne Liquid CDX是基于血浆cfDNA样本的大Panel，其余都是基于组织样本的产品，国内还未有基于cfDNA样本的NGS产品获批。

除了MSI-Impact需要配对的正常组织或白细胞样本，其余都是Tumor-Only。

基于组织的大Panel建库投入量都需在50ng以上，根据MSK-Impact展示的数据，DNA投入量越高，测序成功率越高。   

FoundationOne Liquid CDX是在FoundationOne CDX的基础上开发的Panel，基因个数也是324个，但是Panel并不完全一致，比如：

相比FoundationOne CDX，对下面粗体标记的75个基因（明显都是一些重要的热点基因如EGFR，KRAS，ALK等）区域的探针进行了加密，所谓加密就是多加探针，能对目标区域捕获更好，得到的深度更高；

另外两者的CDS区有所差异（0.75M VS 0.8M）。   

所有大Panel基因个数都在300+，Panel大小都在1M以上；

基于组织的几个大Panel测序深度阈值之间有所差异，但目标测序深度应该都在500x以上。   

FoundationOne liquid CDX的测序深度：看了一堆资料，硬是没有找到；不过国内相关的cfDNA大Panel测序深度普遍在5000x以上，参考其文章中给出的突变LOD在0.003左右，如果按照30ng投入量进行估算，5000x完全可以达到此LOD。

产品的测序平台都是基于Illumina平台的；

最有意思的是已获批的用途：

只有FoundationOne CDX，FoundationOne Liquid CDX，世和1号三个产品是严格意义上的伴随诊断产品，能获批伴随诊断的用途，说明产品在注册时不仅进行了相关指标的检测，还对指标相关的药物进行了临床实验，效果能达到预期。   

比如世和1号的审评报告中：

虽然FoundationOne CDX已获批基于组织样本的TMB，MSI检测，但FoundationOne Liquid CDX只是获批了常规突变和融合的伴随诊断用途，基于cfDNA的bTMB以及MSI还未获批。

另外世和基因的大Panel只是获批了EGFR阴性和ALK阴性的非鳞状非小细胞肺癌的TMB，限定条件太多了。

限定条件即使如此之多，还花费了如此多时间和精力，注册绝非一朝一夕之事，必须经过严格的临床实验，脚踏实地的一步一步验证才可。

随便多加一个靶向药或者多加一个目标癌种，都需要多收集几十上百的样本，暂不说样本的收集难度，大Panel测序成本摆在那里，而且不仅测序还得花钱买药。。所以突变/融合指导的靶向药的注册大都转向了少于10个基因的小Panel，这个后边可以单独研究一下。

下面附几张产品参数图表：

MSK-Impact的突变过滤参数：

• 去除Germline位点：Tumor中突变频率是配对Normal中的5倍以上；

• 热点突变：深度 ≥ 20, 支持reads ≥ 8, 突变频率 ≥ 2%；

• 非热点突变：深度 ≥ 20，支持 reads数 ≥ 10，突变频率 ≥ 5%。 

    

PGDx elio tissue complete的过滤参数：和MSK-Impact类似也是不同的突变设置不同的过滤标准：

有临床意义的突变/热点突变和Indel/非热点SNV/非热点Indel等分别设置不同的过滤标准（Mutant reads相当于上图中的AD，即发生突变的reads；MAF相当于上图中VF，即突变频率）:

越是重要的突变过滤标准越低，不过这些位点最后还需要人工IGV审核之后才能报出。

感慨一下：老美真…有钱，产品只要FDA批准不管多贵就能进医保，怪不得FoundationOne和Signatera这么能卖，大Panel上万人民币，WES+定制Panel，两万左右，在美国肯定更贵，全都能报销。。。只看性能，不管价格。

国内不到1千的单癌甲基化早筛试剂盒进医保都费劲，不仅看性能，价格也同样重要，既要又要，哪这么容易。

这会不会引起一个现象：市场上充斥着一堆没经过严格验证的“低价”产品，劣币阻挡了良币的发展？