调查对象包括全国 31 个省、自治区、直辖市的355 家已开展NIPT 项目的实验室，包括253家医疗单位和102家独立医学实验室。228 家（64.2%）实验室已开展 NIPT 检测 CNVs 项目，数目最多的10个地区分别为广东省32家、山东省19家、湖北省16家、浙江省13家、湖南省12家、江苏省12家、北京市11家、上海市11家、四川省11家、安徽省8家。 检测范围 228家实验室共检测116种CNVs，其中检测5p15缺失的实验室有221家（96.9%）、检测22q11.2缺失有220家（96.5%）、检测1p36 缺失有219家（96.1%），相应的发病率为1/20 000~50 000、1/4 000和1/5 000。此外，33家实验室检测超过90种CNVs，1家实验室检测全基因组范围内的CNVs。
研究结果 实验室对Cri du Chat综合征、22q11.2缺失综合征、1p36 缺失综合征和Angelman综合征检测的敏感度范围分别为50.0%~100%、60.0%~100%、50.0%~100%和33.3%~100%，PPV范围分别为9.0%~50.0%、18.0%~100%、20.0%~30.0%和20.0%，特异度和NPV均接近100%，其他大部分CNVs的临床性能数据尚不完善。 有33家实验室检测90种以上的CNVs，对于一些尚未在DECIPHER数据库收录、可能良性或临床意义不明的CNVs，会增加结果解读和遗传咨询的难度，依据指南不适宜采取NIPT。此外，调查发现1家实验室检测全基因组CNVs，而ACMG并不建议采用NIPT检测全基因组CNVs，若患者有相关要求，应取羊水或绒毛膜样本进行诊断性测试。 FF为5%时，3.5、10、15 M reads能分别检测出片段大小≥20 Mb、≥5 Mb和≥3 Mb的CNVs。 实验室常检测的CNVs相关疾病，其片段大小多<5 Mb（Cri du Chat综合征除外），发病率最高的22q11.2缺失综合征，15%的该CNVs患者的片段大小<3 Mb，因此试剂方法要达到5% FF的分析敏感度，通常至少需要10~15 M reads的数据量。 若标本中FF<5%，10 M reads的数据量检测大小为10 Mb的CNVs的敏感度不足10%，即使进一步增加测序数据量至25 M reads，NIPT检测的敏感度也仅为40%，达不到有效检出的要求。 若FF为10%，20 M reads检测大小低至 3~4 Mb的CNVs的临床敏感度可达92.7%。 总的来说，NIPT检测CNVs多需要10~15 M reads来实现对FF为5%~10%且片段大小≥3 Mb的CNVs的有效检出。 在本研究中，部分实验室宣称采用最低3~5 M reads的数据量，可以对片段≥3 Mb的CNVs达到FF为5%的分析敏感度，尽管采用富集策略可以一定程度上提高检出能力，但是在低数据量的情况下，LDTs试剂能否达到宣称的分析性能，实验室需要进行性能确认。同时，有必要开展CNVs的无创产前检测室间质量评价，以监测实验室检测结果的准确性。 本研究中31家实验室报告的PPV和NPV数据来源于文献报道的临床研究结果，ACMG指南认为实验室在结果报告时，应说明PPV和NPV是基于模型还是来自普通人群或高危人群的临床研究结果。因为NIPT检测CNVs在不同人群类型中的PPV并不相同，发病率高的人群PPV更高。 有研究显示，该检测对超声异常、血清学筛查高风险和胎儿颈项透明层增厚人群的PPV分别为100%、50.0%和41.7%，高于所有人群的PPV（29.0%）。 本研究中各试剂的FF检测下限不一，在3%~5%范围内，可检出的最小片段长度也不一致，为1~5 Mb，因此实验室在低FF情况下对片段较小CNVs的检出能力不同，进而导至PPV和NPV的差异。 仅使用文献来源的PPV和NPV数据可能并不能代表该实验室进行NIPT检测CNVs的实际数据，实验室应根据筛查应用的人群，建立特定的PPV和NPV结果，以便于临床进行遗传咨询。目前，CNVs筛查高风险后接受侵入性检查的比例较低，如国内机构报道侵入性检查率为70%~80%。 ACMG指南认为实验室应明确NIPT检测CNVs的检出率、特异性、PPV和NPV，否则不能进行该检测。本调查发现实验室对一些低发病率CNVs的NIPT检测临床性能尚不明确，94家实验室在完全不清楚临床性能的情况下，开展NIPT检测CNVs，给临床遗传咨询带来困难。 依据指南，医疗机构可以向患者提供NIPT检测CNVs的选择，但开展的检测范围应限于临床意义明确或已知严重表型的疾病，并且实验室应做好试剂的性能确认工作，掌握NIPT检测每种CNVs的临床性能，在后续的工作中逐步确定不同人群的PPV，以保证有效的结果解读和临床规范化应用。 胎儿分数 孕妇外周血血浆中存在胎儿游离 DNA（cell free fetal DNA, cffDNA），研究发现 cffDNA 主要来源于胎盘滋养层细胞，由胎盘细胞凋亡后释放到母体血浆中，最早在妊娠5- 6 周可以检测到，在妊娠 10 周至 21 周期间，随着孕周的增加，cfDNA 的浓度出现小幅度的增加，增加的总量大约为 1%，而到了妊娠 21 周后，cffDNA 浓度增加的幅度增大，可以达到每周增加 1%。cffDNA 的半衰期短，在分娩后 2 小时即从母体血浆游离 DNA（cell free DNA, cfDNA）中消失，一般不会影响下一胎的检测。 cffDNA 与母体外周血中cfDNA 总量的比例叫做胎儿分数（fetal fraction，FF），孕早期有3-10%，在孕晚期能达到20-30%。cfDNA 中母源的片段与胎儿的片段大小并不一致， 血浆中母源的 DNA 片段的长度集中在166 bp 左右，胎儿来源的 DNA 片段较短，长度多集中在143 bp。
血浆内主要的cfDNA长度为166bp，存在以10bp为单位的递减规律，并在143bp处也有明显存在（见上图）。
阳性预测值（Positive Predictive Value, PPV）=A/(A+B)，真阳性/检测阳性，这个值反映的是，当您拿到一个的阳性筛查/检测/诊断结果，是不是患病的百分比，即真正患病的比例。 阴性预测值（Negative Predictive Value，NPV）=D/(C+D)，真阴性/检测阴性，反映真正不患病的比例。PPV和NPV是用于评价筛查/检测的临床价值 敏感度也称真阳性率，在所有真阳性样本用该技术方法能筛查/检测出阳性样本的比例，反映该技术方法识别疾病的能力。 特异度也称为真阴性率，在所有真阴性样本用该技术方法能筛查/检测出阴性样本的比例，反映该技术方法识别没有疾病的能力。 敏感度和特异度用于评价筛查/检测技术方法的使用价值，有效性，能不能用，好不好用。 |
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