《直说宏基因组》全新上线！第一期：mNGS应用之行，始于样本——从样本角度观宏基因组 ...

2021-7-27 10:05| 编辑: 归去来兮| 查看: 3271| 评论: 0|来源: 小桔灯网

摘要: mNGS应用之行，始于样本——从样本角度观宏基因组应用1、宏基因组二代测序应用简述2014年加州大学旧金山分校的医学实验室报告首例宏基因组二代测序（metagenomic next generation sequencing，mNGS）检出钩端螺旋体 ...

mNGS应用之行，始于样本

——从样本角度观宏基因组应用

1、宏基因组二代测序应用简述

2014年加州大学旧金山分校的医学实验室报告首例宏基因组二代测序（metagenomic next generation sequencing，mNGS）检出钩端螺旋体以确诊脑膜炎病例后，mNGS作为一项新型的分子诊断技术逐渐走进临床视野。由于mNGS具有无需培养、检测速度快、无偏向性等技术优势，得到了越来越多病原学专家的认可与推荐。

mNGS检测，始于样本，样本类型与质量好坏对于后续结果的影响不言而喻。

图1 mNGS检测的流程图

2021年《宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识》提到样本采集的重要性，应尽可能地避免污染或尽量减少污染。2020年《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识》提到采集的样本应尽量选取感染部位的体液或组织，从而提高检测结果的可信度。

本文从样本开始，总结mNGS的应用价值以及样本优选等问题，供大家参考。

2、呼吸系统感染篇

2.1 肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid,BALF）凸显mNGS多种临床价值

广泛病原体检测

mNGS的应用价值也在大量的BALF应用中得到了验证。解立新教授等（Xie et al., 2021）发现mNGS的阳性率远高于传统技术，且与血液样本相比，BALF 通常更有可能提供更好的病原体检测，而根据mNGS结果调整患者的临床管理，患者病情得到明显地缓解。

Li等（Li et al., 2020）的研究表明，与培养法相比，mNGS的诊断灵敏度为88.89%，特异性为74.07%，两种方法的一致性为77.78%。与涂片法和PCR相比，mNGS的诊断灵敏度为77.78%，特异性为70.00%。相比于传统方法，显著提高了病原体检测的灵敏度。

特殊病原体方面

Shi 等人（Shi et al., 2020）的研究结果显示mNGS诊断肺结核的灵敏度与传统方法没有显著差异，但是对非结核分支杆菌和其他病原体的灵敏度显著高于传统微生物检测。

2.2 不同的呼吸道样本类型，mNGS检测性能差异较大

BALF vs 血液

2020年，Chen等人在肺部感染患者中比较了39例患者的BALF与血液样本mNGS检测结果，其中BALF mNGS敏感性为81.3%(13/16)，而血样本mNGS敏感性为25.0% (4/16)，二者检测敏感性具有显著差异（p=0.003），但二者在检测特异性无显著差异（76.9% vs84.6%，p=0.317）。BALF mNGS 在检测细菌和真菌方面比血液 mNGS 更敏感，这也提示了从诊断性能上说，血液可能不是呼吸道感染的最佳样本。

血液和BALF mNGS用于细菌和真菌的病原鉴定

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