全基因组测序用于临床仍存在技术挑战

千姿百态

据3月12日发表在《美国医学会杂志》上的一则研究报告披露，在一项有12名成年人参与的探索性研究中，应用全基因组测序（WGS）与不完整的遗传性疾病基因的覆盖、检测具有最高潜在临床影响的基因变异的低复验性，以及临床报告发现的不确定性有关，尽管在某些案例中，WGS会发现基因变异株从而引入早期的医疗干预措施。

随着进行人类DNA测序的技术性障碍的减少及其成本降至接近1000美元，全基因组测序（WGS）正日益被用于临床医学。测序可成功地协助临床诊断并揭示罕见的家族性疾病的遗传基础。不管是何背景，即使是在看来健康的个体中，WGS预计也会揭示具有潜在临床重要性的遗传学发现。然而，根据文章的背景资讯，针对具有临床意义的发现却很少有综合性的临床解读及报告。应用测序及与发现并报告这些及其它临床发现有关的临床机会和成本的技术灵敏度及临床遗传学发现的复验性仍然还未被定义。

加州斯坦福的斯坦福遗传性心血管疾病中心的Frederick E. Dewey, M.D.及其同事招募了12名成年志愿参与者，他们在2011年11月至2012年3月间进行了WGS。一个多学科的团队审查了所有潜在可报告的基因发现。五位医师基于这些基因发现提出了最初的临床追踪。

研究人员发现，WGS的使用与不完整的遗传性疾病基因的覆盖有关；对发现具有最高潜在临床影响的基因变异有着低复验性；以及对临床报告的WGS发现存在着不确定性。在每位参与者中发现了2-6个个人疾病风险的结果。医师对测序结果的审查提示应考虑对每位参与者进行中位数（中点）为1-3个的初步诊断测试及转诊。

文章的作者写道，他们对这一技术的临床经验说明了在临床上采用WGS的数个挑战，其中包括尽管WGS的分析有效性正在得到改善，但对个体基因变异的敏感及准确评估的技术性挑战仍然存在。此外，对WGS数据进行全面临床解读的人类资源需求仍然是相当巨大的，且对可能引起疾病的基因变异株进行分类还存在着很大的不确定性。

“在临床医学上确定WGS的作用时应该要考虑到这些问题。”

JAMA：Clinical Interpretation and Implications of Whole-Genome Sequencing