质谱数据分析不求人MaxQuant详细使用教程

John

是基于质谱的蛋白质组学数据分析最常用的，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据。
拥有自己的肽段搜索引擎。对于碰撞诱导离解、高能碰撞离解HCD和电子转移离解ETD所产生的串联光谱可以很容易地用MaxQuant进行分析。针对每种方法，采用自定义的多级评分方案，对每种特定的碎片化技术的多肽鉴定进行优化。MaxQuant使用target-decoy搜索策略以估计和控制假阳性。
软件的下载需要用邮箱注册，并填写注册码。依赖基于net框架编写，有些没安装的电脑需要安和MSFileReader识别质谱raw文件解压后无需安装，点击MaxQuant.exe即可使用。
双击“MaxQuant.exe”打开MaxQuant应用程序,初始界面如图所示，软件使用(示例软件版本）在“原始数据”界面单击“Load”选择待分析的原始数据，原始数据load完后界面：设置原始数据分组信息，对于labelfree相对定量实验，要单击，experiment”对每个文件进行设置，使软件能够正确分辨不同实验组和组内技术重复。
为2组样品，其中A组、B组各有3个技术重复。最后搜索结果只会得到的信息为A组、B组技术重复合并后的结果。即，只有A、B两组的峰面积。如果没有做技术重复，也没有做分组分。把每个样品都是单独搜索，最终每个样品都能导出对应的峰面积用于下一步的统计分析。
如果是做ITRAQ或者TMT检测分析，把标记后的样品混合后，做了分组分处理，可以在“Fraction”设置，告诉软件。

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