为什么感觉三代测序并不火？

balabala

三代测序问世时间也不短了，为什么感觉并不像二代那么火

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检验医师

三代测序（Third-generation sequencing）技术在基因组学和生物学领域中确实具有许多潜力，但尚未像二代测序技术那样普及和广泛采用。有几个原因可以解释为什么三代测序技术在一些方面没有像二代测序技术那样迅速流行：一是三代测序技术通常更昂贵和复杂，相对于二代测序，需要更多的设备和资源。这对于许多实验室和研究项目来说可能不太可行，尤其是对于小型实验室或预算有限的研究者。一般三代测序现在在两个公司做一个是Nanopore，一个是PacBio。二是处理长读段数据和识别基因组中的复杂结构（如重复区域）等生物信息学挑战增加了使用三代测序技术的难度。这需要更多的方法学和算法开发来充分利用三代测序数据。三是成本和市场成熟度，二代测序技术在市场上已经存在了相当长的时间，并且经历了多次技术改进和成本下降。这使得二代测序技术更容易获得，并且在广泛的研究领域内得到了广泛应用。相比之下，三代测序技术相对较新，市场尚未完全成熟。
如果以上问题解决了，三代测序推广也是迟早的事儿，目前至少在实验室，三代测序已经有很多实验室在用了。因为三代测序在很多方便也有其相比二代测序无法拒绝的优势，比如能够获得所有的全长RNA包括spliced和unspliced RNA以及non-coding RNA，其次在参考基因组组装和基因组注释优化方面相比较二代测序有非常好的应用。

大力水手

• 成本和通量还不如二代有优势。2. 准备性还不如二代，在突变位点检测还有待提高。3.实验环节提速高质量的长片段DNA也很有技术含量。
  

大力水手

如果"火"的定义是市场占有率的话，那确实跟二代有一定差距，因为任何一个技术的推广都是有周期的，下一代技术从最初成熟到大规模占领市场花了至少10年的时间，这个市场要想被抢占是需要时间的；另外长读长测序技术一直价格高、质量差，是阻碍他们发展的重要原因。不过Nanopore和PacBio这两年在学术界不要太火，顶刊发了一堆了。特别是T2T的应用以及对应图基因组算法的成熟，未来可期。最近李恒跟Richard Durbin写了一篇关于长读长测序算法的review，感觉正在吹响三代推广的号角
伴随着测序价格的进一步下降（特别是国产替代的推进），未来将会是三代测序（和图基因组）的未来

长长的路

感觉可以换个角度回答这个问题。
三代测序下游的数据分析与储存成本相较于二代来说不是一般的高。
新鲜出炉的图，做分析某中间步骤的输出文件，已经把内存整没了，任务运行四天了。


TB级别 vs GB级别，二代测序的门槛还是低很多的。

长长的路

二代测序和一代测序相比，解决了一代测序的诸多痛点，比如成本高、通量低、耗时长，因此很大地拓展了测序实验的应用范围，比如定量分析。相应的，二代测序也有缺点，比如读长短，但也有相应的计算方法来解决这些问题。正因为应用范围广了，能用来探索的生物问题也多，所以二代测序会这么火。
而三代测序相比二代测序，最大的优点就是测到的读长更长了，在对读长有要求的领域（比如基因组或者转录组的组装）里才会充分发挥它的长处。比如大家应该都或多或少听说过的去年初发表于Science的人类完整基因组[1]，它所用到的数据就用上了三代测序。然而三代测序的这个优点对于一部分生物问题的探索并没有太大的帮助，比如对于基因表达的研究就不怎么依赖读长，现有的比对算法已经能很好地处理二代测序数据了。并且，目前的三代测序的错误率还是比二代测序高出不少的，有些对测序准确度要求高的领域就暂时不适合用三代测序。而且目前三代测序价格还是略微高于二代测序，如果用不上它的优点，就不会有人乐意为此掏腰包。
其实你要说三代测序不火，倒也不至于不火，年初还刚被Nature Methods选为年度方法呢[2]。只不过和爆火的二代测序相比风头没那么大罢了。
参考文献
[1] Nurk, Sergey, et al. "The complete sequence of a human genome."Science376.6588 (2022): 44-53.
[2] Marx, Vivien. "Method of the year: long-read sequencing."Nature Methods20.1 (2023): 6-11.