超实用！用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化（中）: 蛋白结构美化篇

二维码

上期我们简单介绍了ChimeraX软件和AlphaFold预测结果的导入（点击此处阅读），本期我们将介绍如何使用ChimeraX美化蛋白结构。

01：更改背景颜色

如下图所示在ChimeraX中打开PDB文件默认背景颜色是黑色,蛋白序列是茶色。而一般需要的背景颜色是无色（白色），有三种方法可以更改背景颜色，这里我们介绍两种方法，第三种在下一小节中讲解。



1、直接在软件上方Home子窗口的Background中改为White（白色）。



2、在软件窗口点击favorites下的settings（①），弹出窗口后点击Background color后面的颜色（②），就可以选择想要的任何背景颜色（③）。


02：选中和更改蛋白结构颜色

如果想要选中整条蛋白链，可以用Ctrl+鼠标左键，或者点击Select后在Chains选项中选择想要的蛋白链。



如果想选中蛋白链中的某一结构区域或者某些位点，可以用Ctrl+Shift+鼠标左键，或在软件窗口中点击Molecule Display后在Analysis中选择Sequence，即可在右下角看到我们蛋白的序列信息，在这里面直接用鼠标选择要选择的结构域。


想要做一张漂亮的蛋白结构图，需要对蛋白颜色进行更改。当选中想要更改颜色的蛋白链或某一结构域后，再点击软件窗口中的Actions选择Color就可以选择软件推荐的常用颜色。


如果想要选用更多颜色，可以在选择颜色时继续点击All Options，会弹出颜色操作窗口。再点击Show all colors就会有更多的颜色供我们选择，如果有特定的色号还可以在这个界面继续选择From Editor，输入需要的颜色色号。在这个窗口中可以对蛋白的主链、侧链、表面等颜色进行修改，只用在Coloring applies to选项中选择要改的类型。在这里同时可以对背景颜色进行更改。


03：常用技法介绍

经过上面两步就可以得到一张好看的蛋白结构图（图①）。下面介绍一些常用的技法：


1、展示蛋白表面结构（图②）。可以在Molecule Display中的Surfaces中选择Show或在软件窗口上点击Actions，在Surface中选择，还可以选择不同蛋白表面模式。



2、展示蛋白侧链结构（图③）。可以在Molecule Display中的Atoms中选择Show或在软件窗口上点击Actions，在Atoms/Bonds中选择，还可以在这里选择不同侧链样式。



3、同时展示蛋白整体表面和侧链结构（图④）。这样的效果只需要在展示侧链和蛋白表面的的基础上更改蛋白表面的透明度。先展示蛋白侧链和表面结构，再点击Actions，在Surface中选择Transparency选择个人喜欢的透明度即可。



本期的介绍就到这里，喜欢的朋友请多多点赞、收藏加转发，下一期为大家带来如何利用 ChimeraX分析、标注蛋白互作位点，以及保存分析结果。

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