如何根据已知的细菌种自主设计荧光原位杂交探针，来检测该细菌在昆虫组织内的定位?

莺歌燕舞

我测定了昆虫体内的共生菌，已经获得了碱基序列并知道该细菌种，那该如何设计FISH探针来在昆虫组织内对该共生菌进行定位?

原文地址：https://www.zhihu.com/question/297247124

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摘要


荧光原位杂交（FISH）作为分子细胞遗传学关键技术，历经多阶段革新。本研究回溯其发展脉络，从探针设计到高分辨成像，详述各阶段突破。聚焦植物基因组应用，展示核型分析、基因定位等成果，剖析多色 FISH 及超分辨 FISH 潜能，为植物学前沿研究筑牢基础。
引言


在分子生物学与细胞遗传学的交汇地带，荧光原位杂交技术宛如一座灯塔，照亮了基因组微观结构与功能研究的漫漫长路。自其萌芽，FISH 便肩负起连接 DNA 序列抽象信息与染色体具象实体的使命，在植物基因组这片复杂且广袤的 “版图” 探索中，不断拓展边界，从基础基因定位到复杂基因组进化解析，步步深入，为植物遗传多样性、物种演化及作物改良等核心议题持续输送关键线索。
一、荧光原位杂交技术的发展沿革

• 技术雏形期
  早期 FISH 构建于核酸杂交原理之上，开创性地将放射性探针替换为荧光标记探针，实现染色体 DNA 特定序列可视化。最初，探针制备繁杂，依赖放射性标记的部分流程限制精度与效率，样本处理易损，成像分辨率低，仅能勾勒染色体粗略轮廓，像是透过浓雾窥视基因组，虽初见端倪却难辨细节。
  
• 发展突破阶段
  伴随分子生物技术井喷，探针合成走向精准化，PCR 技术助力短片段、特异性探针高效量产，降低非特异性杂交噪音。荧光染料家族扩充，从基础的 FITC、罗丹明到量子点荧光材料，多色标记成为常态，可在同一细胞内追踪多条基因轨迹，染色体显带技术与 FISH 融合，宛如给染色体装上精细坐标，基因定位误差缩至亚染色体区段，成像分辨率进阶至可辨析基因簇层级。
  

二、FISH 在植物基因组研究中的实验流程关键节点

• 探针设计与制备
  于植物研究，针对目标基因或重复序列，依基因组数据库设计寡核苷酸探针，长度、GC 含量精心调校，确保特异性结合。运用威尼德生物先进合成仪，化学合成后经高效液相色谱纯化，标记物（如生物素、地高辛或荧光素）共价偶联，荧光信号强度、稳定性达实验严苛要求，保障后续杂交精准度。
  
• 样本前处理
  植物组织需温和解离细胞壁（纤维素酶、果胶酶组合处理），释放原生质体，继而低渗处理使染色体适度分散，再经多聚甲醛等固定，维持染色体天然形态，避免后续操作变形，这一系列操作恰似为染色体搭建稳固 “展示台”，供探针精准 “着陆”。
  
• 杂交反应优化
  严谨控温控时，设置梯度摸索最佳条件。缓冲液体系添甲酰胺调节 DNA 双链解链与复性，保障探针顺畅侵入靶序列，封闭试剂屏蔽非靶位点，抑制非特异性吸附，宛如为探针与目标基因牵线搭桥时排除 “干扰杂音”，提升杂交信噪。
  

三、FISH 在植物基因组多领域应用实例

• 核型分析与染色体进化
  在多倍体植物繁杂核型梳理中，FISH 凭独特染色体标记揭示同源染色体配对、重组奥秘，比对不同种属植物染色体涂染模式，追溯染色体片段易位、倒位演化路径，明晰物种形成关键节点，像拼图般重组植物进化染色体 “碎片”，洞察亲缘关系亲疏远近。
  
• 基因定位与遗传图谱构建
  定位抗病、高产等农艺性状基因时，FISH 锚定其染色体座位，关联表型与基因型，整合连锁分析数据，充实遗传图谱 “坐标”，以玉米为例，精准定位淀粉合成基因簇，为分子标记辅助育种直抵基因靶标，加速优良品种选育进程，夯实粮食增产根基。
  
• 重复序列分布与基因组结构解析
  剖析植物庞大基因组内重复序列（如转座子、卫星 DNA）分布格局，FISH 直观呈现其染色体着丝粒、端粒及异染色质区富集态势，揭示重复序列对染色体稳定性、基因表达调控 “幕后” 影响，在小麦大基因组解析里，揭开重复序列 “暗物质” 面纱，重塑基因组三维架构认知。
  

四、前沿展望：FISH 技术进阶挑战与植物基因组新征程


当下，单细胞 FISH、超分辨光学成像 FISH 崭露头角。单细胞 FISH 解锁植物个体细胞间基因表达异质性，于植物发育早期细胞命运抉择研究意义非凡；超分辨 FISH 借突破光学衍射极限，窥探基因精细互作、染色质高级结构动态，然技术成本高、样本制备严苛，成像分析算法复杂。未来，威尼德生物等前沿力量应聚焦多模态数据整合，融合 FISH 与基因组测序、蛋白质组学，构筑植物 “组学” 全景图，在作物抗逆基因挖掘、野生种基因资源驯化导入等应用场景发力，续写植物遗传改良辉煌篇章，持续深耕植物生命密码微观宇宙。

在植物基因组研究的壮阔征程中，荧光原位杂交技术从萌芽到茁壮，不断雕琢细节、拓展疆域，在技术迭代与植物学难题破解间螺旋上升，虽前路漫漫，挑战重重，但每一次分辨率提升、每一回多组学融合尝试，都让植物基因组的神秘面纱更趋近完全揭开，其未来无限可能，正待科研人携手威尼德生物等各界力量匠心雕琢。
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