【AI蛋白质设计方向】国内课题组汇总

007

海外课题组请参考：钟二的伪电气白兰：【AI蛋白质设计方向】海外课题组汇总
全球产业界请参考：钟二的伪电气白兰：【AI蛋白质设计方向】全球产业界汇总
知名论文请参考：钟二的伪电气白兰：【AI蛋白质设计方向】知名论文统计
<hr/>本文整理了国内AI蛋白质设计方向的课题组，方便大家快速了解。

AI蛋白质设计是利用人工智能技术来预测和优化蛋白质的结构和功能，以满足特定的生物学或医学需求的过程 from GPT4o

以下排列不分先后，以所在单位地区排列。统计范围限定于国内，不包括港澳台
【本文内容正在扩充调整中】

如有补充和指正（老师名称，所属单位，研究方向，代表作等），请私信我或者在文后留言。
本列表的老师一般有独立课题组，且有至少一篇相关方向的高水平论文，请注意补充时附上对应方向的论文。
本文的初衷并非裁定对应的老师是否属于该方向，而是提供更多更全面的信息，所以请多补充，多讨论，少批评，少排除，谢谢大家。
<hr/>#北京

北京大学

来鲁华
北京大学化学与分子工程学院讲座教授，北京大学化学与分子工程学院副院长，北京大学定量生物学中心副主任，北京分子动态与稳态国家重点实验室主任
研究方向：药物发现，分子动力学模拟，蛋白质结构和功能设计
来鲁华课题组主页：http://mdl.ipc.pku.edu.cn
相关论文：

• [Angew 2024] GeoSeqBuilder: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.202411461
  

高毅勤
化学与分子工程学院 教授，深圳湾实验室资深研究员
研究方向：理论与计算化学和生物物理学
高毅勤实验室主页：The Gao Group - CCME, PKU
相关论文：待补充

王初
化学与分子工程学院化学生物系长聘正教授，博士生导师
研究方向：蛋白质组学，生物化学，计算生物学
王初课题组主页：The Wang Lab
相关论文：待补充

张文涛
国际机器学习研究中心 助理教授 研究员 博士生导师
研究方向：机器学习，图机器学习，机器学习系统，AI4Science
张文涛个人主页：https://zwt233.github.io/
相关论文：

• [ACL 2024] ProtLLM: ProtLLM: An Interleaved Protein-Language LLM with Protein-as-Word Pre-Training
  

张文彬
化学与化工学院 教授，博士生导师
研究方向：蛋白质拓扑工程及其生物医学应用
张文彬课题组主页：北京大学张文彬课题组
相关论文：

• 待补充
  

清华大学

龚海鹏
清华大学生命学院 副教授
研究方向：蛋白质结构预测，分子动力学模拟算法开发
龚海鹏课题组主页：Gong Lab
相关论文：

• [NatComm 2024] SPIRED: https://www.nature.com/articles/s41467-024-51776-x
  

徐纯福
清华大学生物医学交叉研究院助理教授，北京生命科学研究所研究员
研究方向：基于深度学习算法的新的蛋白设计方法，设计可用于基础研究和疾病诊疗的蛋白质器件，设计新型蛋白质酶以应对环境与能源危机
徐纯福个人主页：徐纯福博士-清华大学生物医学交叉研究院
相关论文：

• [Nature 2020] Transmembrane pore design: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2646-5
  

马剑竹
清华大学智能产业研究院副研究员/副教授
研究方向：人工智能、系统生物学、生物制药、智慧医疗
马剑竹个人/实验室主页：https://majianzhu.com/
相关论文：

• [NeurlPS 2022] DiffAb: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.10.499510.abstract
  

刘洋
清华大学万国数据教授，智能产业研究院执行院长，计算机科学与技术系副系主任，人工智能研究院副院长
研究方向：AI for Science
个人主页：Yang Liu&#39;s Homepage at Tsinghua University
相关论文：

• [ICLR 2023] Antibody design: https://arxiv.org/abs/2208.06073
  

兰艳艳
智能产业研究院 研究员
研究方向：智慧医疗
个人主页：Yanyan Lan
相关论文：待补充

周浩
智能产业研究院 副研究员 副教授
研究方向：文本生成，AI辅助药物设计
个人主页：https://zhouh.github.io/
相关论文：

• [ICML 2024] ESM-AA: https://arxiv.org/abs/2403.12995
  

中国科学院计算技术研究所

卜东波
中科院计算所研究员
研究方向：算法设计与分析，，生物信息学
卜东波个人主页：卜东波-中国科学院大学-UCAS
相关论文：

• [Nature Machine Intelligence 2024] CarbonDesign: https://www.nature.com/articles/s42256-024-00838-2
  

张海仓
中科院计算所副研究员
研究方向：蛋白质设计
张海仓个人主页：张海仓-中国科学院大学-UCAS
相关论文：

• [Nature Machine Intelligence 2024] CarbonDesign: https://www.nature.com/articles/s42256-024-00838-2
  

中国科学院生物物理研究所

张先恩
研究员 博士生导师
研究方向：生物传感，合成生物学
张先恩个人主页：张先恩--中国科学院生物物理研究所
相关论文：

• [Advanced Science 2024] ProT-Diff: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202406305
  

王殿冰
副研究员
研究方向：生物传感，病原微生物分析
王殿冰个人主页：暂无
相关论文：

• [Advanced Science 2024] ProT-Diff: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202406305
  

中国科学院微生物研究所

吴边
计算机蛋白质设计与微生物催化研究组 研究员
研究方向：元件挖掘，机理解析，酶工程改造
吴边课题组主页：计算机蛋白质设计与微生物催化研究组----中国科学院微生物研究所
相关论文：

• 待补充
  

中国人民大学

黄文炳
高瓴人工智能学院准聘副教授
研究方向：几何深度学习
黄文炳个人主页：黄文炳-教师系统
相关论文：

• [ICML 2023] Antibody design: https://arxiv.org/abs/2302.00203
  

#上海

上海交通大学

洪亮
物理与天文学院&自然科学研究院 特聘教授，博士生导师
研究方向：蛋白质大模型开发与应用，蛋白质设计，AI辅助定向进化
洪亮课题组主页：洪亮课题组
相关论文：

• [Cell Discovery 2024] CPDiffusion: https://www.nature.com/articles/s41421-024-00728-2
  
• [arXiv] CPDiffusion-SS: https://arxiv.org/abs/2407.07443
  

陈海峰
生命科学技术学院 生物信息学与生物统计学系 教授
研究方向：无规蛋白精准力场开发，蛋白质设计
陈海峰课题组主页：精准分子力场与生物信息学课题组
相关论文：

• [bib 2024] GPD: Graphormer supervised de novo protein design method and function validation
  

郑双佳
溥渊未来技术学院 长聘教轨助理教授
研究方向：智能药物设计，智能合成生物学，多模态医药知识图谱，深度表征学习及生成模型
郑双佳个人主页：Shuangjia Zheng
相关论文：待补充

杨旸
计算机科学与工程系 教授
研究方向：生物医学图像处理，生物序列的语言学建模，机器学习算法
杨旸实验室主页：SJTU Yang Yang&#39;s Group
相关论文：待补充

沈红斌
教授
研究方向：机器学习算法与应用，生物信息学，蛋白质工程
沈红斌实验室主页：上海交通大学-沈红斌-模式识别与生物信息学研究组
相关论文：待补充

庆睿
生命科学技术学院 长聘教轨副教授
研究方向：膜蛋白水溶化设计
庆睿个人主页：首页 -上海交通大学生命科学技术学院
相关论文：

• [NatComm 2024] QTY code: https://www.nature.com/articles/s41467-024-48513-9
  
• [Chem Rev 2023] Review: https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.chemrev.1c00757
  

王宇光
自然科学研究院 副教授
研究方向：几何深度学习，图神经网络等方法在生物医学和蛋白质设计中的应用
王宇光个人主页：https://yuguangwang.github.io/
相关论文：

• [NeurIPS 2023] GraDe-IF: https://arxiv.org/abs/2306.16819
  

复旦大学

孙思琦
智能复杂体系基础理论与关键技术实验室 青年研究员
研究方向：深度学习，自然语言处理，计算生物学
孙思琦个人主页：Siqi Sun @ Fudan University
相关论文：待补充

马剑鹏
复杂体系多尺度研究院 院长
研究方向：计算生物学、结构生物学
马剑鹏个人主页：马剑鹏 院长-复旦大学复杂体系多尺度研究院
相关论文：

• [bioRxiv 2024] https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.20.608889v1.full
  

上海科技大学

豆佳宜
助理教授 研究员 博士生导师
研究方向：蛋白质从头设计在神经科学技术中的应用
豆佳宜个人主页：中文信息
相关论文：

• [Nature 2018] β-barrel design: https://www.nature.com/articles/s41586-018-0509-0
  

白芳
特聘教授 研究员 免疫化学所
研究方向：药物发现与设计，理论生物物理
白芳个人主页：中文信息
相关论文：待补充

许文青
生命科学与技术学院 教授 研究员 博士生导师
研究方向：Wnt信号转导通路；肿瘤细胞信号转导机制；蛋白质从头设计
许文青个人主页：中文信息
相关论文：待补充

中国科学院上海药物研究所

郑明月
博导
研究方向：药物设计
郑明月个人主页：郑明月-中国科学院大学-UCAS
相关论文：待补充

中国科学院分子细胞科学卓越创新中心

张少庆
研究员，研究组长，博士生导师
研究方向：蛋白质设计，生物医学技术开发
张少庆课题组主页：张少庆实验室-首页
相关论文：

• [JACS 2018] 设计含有金属离子簇的蛋白：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.7b08261
  

#杭州

浙江大学

侯廷军
药学院 求是特聘教授 博士生导师
研究方向：基于人工智能的药物设计方法
侯廷军个人主页：首页-侯廷军教授课题组
相关论文：待补充

朱峰
药学院 教授
研究方向：药物化学、药物设计、新药靶发现、人工智能、生物信息学 和 药物信息学
朱峰个人主页：朱峰--浙江大学个人主页
相关论文：待补充

西湖大学

原发杰
工学院 特聘研究员
研究方向：AI大模型与计算生物学
原发杰个人主页：Fajie Yuan&#39;s Homepage
相关论文：

• [ICLR 2024] SaProt: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.01.560349.abstract
  

曹龙兴
生命科学学院 研究员、助理教授
研究方向：蛋白质设计方法的开发与应用
曹龙兴个人主页：曹龙兴博士
相关论文：

• [Nature 2022] RifGen/RifDock: https://www.nature.com/articles/s41586-022-04654-9
  
• [Science 2020] SARS-CoV-2 minibinder design: https://www.science.org/doi/full/10.1126/science.abd9909
  

陈子博
生物编程实验室
研究方向：使用蛋白质进行分子计算，蛋白质的可编程自组装
陈子博课题组主页：Chen Lab
相关论文：

• [Science 2020] Logic gate design: https://www.science.org/doi/full/10.1126/science.aay2790
  
• [Nature 2019] Orthogonal protein heterodimers design: https://www.nature.com/articles/s41586-018-0802-y
  

卢培龙
生命科学学院 特聘研究员
研究方向：功能性膜蛋白质设计，重大疾病相关膜蛋白质的拮抗蛋白质设计
卢培龙课题组主页：卢培龙实验室 - 蛋白质设计 | 西湖大学
相关论文：

• [Science 2018] Transmembrane protein design: https://www.science.org/doi/full/10.1126/science.aaq1739
  
• [Nature Communications 2024] Mini-protein binder design for TcdB: https://www.nature.com/articles/s41467-024-52582-1
  
• [Cell Research 2024] de novo heterochiral PPI: https://www.nature.com/articles/s41422-024-01014-2
  

曾坚阳
生命科学学院 正教授
研究方向：计算生物学，机器学习，大数据分析
曾坚阳课题组主页：ZengLab
相关论文：待补充

李子青 Stan Z. Li
西湖大学人工智能讲席教授
研究方向：AI基础研究，AI for Science研究
李子青个人主页：李子青博士
相关论文：

• [ICLR 2023] PiFold: https://arxiv.org/abs/2209.12643
  

浙江工业大学

张贵军
教授
研究方向：蛋白质结构预测，基于机器学习的蛋白质结构精修和设计
张贵军实验室主页：张贵军的主页 Guijun Zhang’s Homepage
相关论文：待补充
#广州

中山大学

杨跃东
教授
研究方向：AI for Science，生物信息计算，智能药物设计，生物医药大数据，高性能计算
杨跃东个人主页：https://cse.sysu.edu.cn/content/2951
相关论文：待补充

#深圳

深圳先进技术研究院

罗小舟
博导
研究方向：酶的定向化、蛋白质工程、高通量筛选以及天然及非天然化合物的生物全合成
罗小舟个人主页：罗小舟-中国科学院大学-UCAS
相关论文：待补充

清华大学深圳国际研究生院

李斐然
助理教授，博士生导师
研究方向：代谢模型或调控模型，新酶挖掘，合成途径设计，理解蛋白序列-功能-参数关系
李斐然个人主页：清华大学深圳国际研究生院
相关论文：

• [Nat Catalysis] DLKcat: https://www.nature.com/articles/s41929-022-00798-z
  

南方科技大学

李喆
副教授
研究方向：蛋白质设计，DNA纳米技术，生物纳米材料，自组装
李喆个人主页：李喆 - 师资概况 - 南方科技大学
相关论文：

• [Nat Materials] 蛋白质晶体设计：https://www.nature.com/articles/s41563-023-01683-1
  

#合肥

中国科学技术大学

刘海燕
生命科学学院 讲席教授
研究方向：蛋白质设计和基于计算的蛋白质结构功能研究
刘海燕实验室主页：Haiyan Liu|Computational Biology Laboratory
相关论文：

• [Nature Computational Science 2024] ABACUS-R: https://www.nature.com/articles/s43588-022-00273-6
  
• [Nature 2022] SCUBA: https://www.nature.com/articles/s41586-021-04383-5
  

刘淇
人工智能与数据科学学院 教授，博士生导师
研究方向：数据挖掘，知识发现，机器学习方法及其应用
刘淇个人主页：Liu qi&#39;s HomePage
相关论文：

• [NeurIPS 2023] FAIR: https://arxiv.org/abs/2310.02553
  

#厦门

厦门大学

闵小平
厦门大学计算机系 副教授
研究方向：生物医学大数据挖掘
闵小平个人主页：闵小平-厦门大学信息学院
相关论文：

• [Structure 2024]: https://doi.org/10.1016/j.str.2024.07.016
  

#济南

山东大学

杨建益
教授
研究方向：蛋白质与RNA结构预测，蛋白质-小分子复合物结构预测
课题组主页：Yang Lab
相关论文：待补充

#天津

中国科学院天津工业生物技术研究所

江会锋
研究员
研究方向：代谢合成生物学
个人主页：研究员----中国科学院天津工业生物技术研究所
相关论文：

• [BioDesign Research 2024] DeepEvo: https://spj.science.org/doi/full/10.34133/bdr.0031
  
• [Research 2024] P450Diffusion: https://spj.science.org/doi/10.34133/research.0413
  

原文地址：https://zhuanlan.zhihu.com/p/710553716