什么是分子标记？

临床医师

我对这一块完全不理解，查了很多资料还是看不懂，希望有大佬用通俗的语言帮我解答下，我想知道常见分子标记(举三个例子即可)的原理、步骤以及用来干什么？希望大佬能多详细就多详细，包括每一个细节，每一个知识点

原文地址：https://www.zhihu.com/question/390509935

清风寡欲

与分子标记相关的一系列概念如下：
• SSR(simple sequence repeat,筒单序列重复)：即微卫星DNA(STR),重复单元2-6bp,属于第二代分子标记简单序列长度多态性（SSLP），能够建立非常密集及高分子标记的连锁图谱。
• FISH（荧光原位杂交）属于物理做图，精度不高
• STS(sequence tagged site,序列标志位点)：一般用于物理作图
• SNP(single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性)：多态性很高，属于第三代分子标记，1bp,高分辨率
• DNA指纹图谱(DNA fingerprints):DNA指纹指具有完全个体特异的DNA多态性。具体又存在多种类型，可使用限制性带型(restriction patterns)指纹，也可使用重复顺序DNA指纹(repetitive DNA fingerprints).
        ◦ 限制酶切片段长度多态性(RFLP)的DNA指纹是将经过限制酶内切处理过的不同DNA样品电泳分离后转移到尼龙膜上，然后用散布于整个基因组的、和多态位点互补的核酸探针进行杂交反应(Southern杂交带谱)。由于不同个体基因组限制酶切位点所在的位置不同，含有与探针互补的片段的长度就不同，是第一代分子标记，但是它只有能够被限制酶切开和不能被限制酶切开两种形态，所以其在人类因组中的应用被大大限制，连锁图密度也不能保证。
        ◦ 而重复顺序DNA指纹可利用可变数目串联重复(variable number tandem repeat,VNTP),或称小卫星DNA,与SSR同属于第二代分子标记的SSLP。同样需使用Southern杂交带谱，将分离的人源小卫星DNA用作基因探针，同人体核DNA的酶切片段杂交，获得由多个位点上的等位基因组成的长度不等的杂交带图纹。
        ◦ 指纹作图一般也是物理作图，分辨率较高。但受电泳条件限制，其分辨率很难再提高，特别是较小的DNA片段(<2kb)很难以分开。
• 作基因组的连锁图需要利用杂交得到的重组值来确定染色体上连锁基因或者遗传标记之间的相对位置和距离的线性图。使用的遗传标记越多、越密集，所得到的遗传连锁图的分辨率就越高。标记可以是体质性状，也可以是可检出的DNA序列，例如基因、限制片段长度多态性(RFLP)和特定的单一序列（如SSR)等，因此SSR与SNP均是可用于制作基因组的高密度连锁图的分子标记；而FISH,STS以及DNA指纹图谱均属于物理图谱。

清风寡欲

分子标记就是分子层面的标记。
之前做遗传图谱用的是遗传标记，通常分为性状标记和生化标记，前者可以看到（如花的颜色等），后者看不到但是通过生化检测可以检测出来（如血型等）。通过杂交产生后代，看后代中性状的连锁程度来判断性状背后的基因之间的相对位置（前提假设是：在染色体上距离较近的两个基因发生交换的频率更低，或者说连锁程度更大）。但是由于可观测或检测的性状数量比较少，做出来的图谱精确度自然不高，随着PCR和测序等的技术的发展，就发现了分子标记。
<hr/>插一句，为什么要图谱？因为DNA测序不能把一整条染色体一次性测完，只能一小段一小段的测，因此测完之后需要拼接，但是这些小片段之间的位置关系由于分段测，就不是所有的都能准确定位了，因此要有一个图谱来辅助。
<hr/>分子标记有很多类型，但是通俗讲，就是DNA序列上一些比较特殊的序列，比如重复序列和酶切位点。酶切位点比较经典，可以用酶切之后跑胶，看条带的位置，就能判断出酶切位点的位置，重复序列有其他的方法检测。这样做出的图谱会精确很多。
相关内容太多，也没有哪一种就十分完美，大多是要互相配合，你先看看这些，不懂或还想知道什么可以查一查别人的答案或者追问。