如何利用NCBI和uniprot数据库查找蛋白信息

营养师

今天跟大家介绍两个数据库：NCBI和uniprot。一般在想要了解某个蛋白信息的时候都是从这两个数据库开始查找。NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）不用多说，光名字就如雷灌耳了，这里面既有数据库又提供各种检索的工具。里面的信息覆盖面广各种资源工具都很丰富，要真研究透得花很长时间，今天主要介绍如何通过这个数据库找到目的基因的。
1.首先打开官网，在搜索框前的单选框选择“Gene”然后在后面的搜索框输入“CD47”点击search


2.在跳出的新页面中就能看到搜索的结果了。这边我们可以看到各个物种的相关基因的链接，这边我们选择点击CD47 molecule [Homo sapiens(human)]；




4.一直往下拉可以看到其他的信息如：基因信息、在染色体上的位置、表达分布、相互作用以及蛋白和mRNA的序列等。



样品表达分布情况



在PubMed中的文献以及蛋白功能相关的文献



mRNA以及蛋白序列

5.接下来咱们看看它的mRNA序列。我们可以看到序列编号、长度、相关文献等：


6.继续往下拉可以看到mRNA上每个区域的划分，外显子、编码区、氨基酸序列等：


7.我们点击前面的“CDS”在最后的序列中就能看到编码目的蛋白的核酸序列。点击fasta就能把序列下载下来。


下面介绍uniprot这个名字是Universal Protein 的英文缩写，是一个信息丰富的蛋白质数据库。
1.同样咱们还是搜索“CD47”这个蛋白。


2.下面是这个网页跳出的结果。
中间的表格里面包括蛋白的标号、蛋白和基因名称、是否人工注解(黄色的标签)，种属等


3.这边我们选择第三个“CD47_HUMAN”在跳出来的网页的正上方是蛋白名基因名和种属。
页面的左边是整个网页的目录，里面包含了这个蛋白所有的信息如功能、细胞定位、PTM、相互作用、高级结构、序列以及其他数据库关于这个蛋白的链接其中就包括刚提到的NCBI。





蛋白的细胞定位以及序列的domain



蛋白的结构信息

上面是蛋白的结构信息，点击后面的链接就能到RCSB数据库中查看详细信息。
下面是序列信息，包含4个可变剪接体。


下面是其他相关数据库关于这个蛋白的信息


  好了以上就是今天的分享。周边很多人主要就是没有听过或者找蛋白信息的时候没有想到要去里面看蛋白的信息，如果能在看文献前在这些数据库中搜一下先对蛋白的信息有个大概的了解，那么在看文献的时候就能做到心中有数了。
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