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生信小课堂•用云平台绘制KEGG/GO网络图
工具简介
KEGG/GO网络图,是KEGG/GO富集分析结果的可视化方式之一,以网络形式直观展现KEGG pathway或GO term与基因之间的关联。不仅使得每个KEGG pathway或GO term所包含的基因一目了然,更有助于筛选涉及多个通路或行使多种功能的“关键基因”。
图1 文献中的KEGG/GO网络图
康测科技KEGG/GO网络图云工具
1.页面模块化,功能划分简洁
从左往右依次为导航栏、使用指南、数据预览、参数设置和问题解答。
图2 工具初始界面
2. 零代码操作,参数自由设置
1)自由选择terms数目
可以根据需要自由选择展示1-10个terms。
图3 选择terms数目
2)支持环形展示和非环形展示
可根据需要选择是否环形展示。
图4 选择是否环形展示
3)支持展示标签以及调整标签大小
可根据terms、基因数量以及展示方式等,选择是否展示标签。如果选择展示标签,可在标签大小栏调整标签大小,标签大小调整范围为0-1。
图5 选择是否展示标签及调整标签大小
4)自由调整图片大小
可根据terms、基因数量以及展示方式等,自由调整图片大小。当展示terms较多时可以调大图片,使图片更加清晰。
图6 调整图片大小
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参考文献
- Sang-Yun Han , So Young Park , Kang-Hee Won , Sung-il Park , Jae-Hyeong Park , Donghwan Shim , Inhwan Hwang , Dong-Hoon Jeong, Hyeran Kim, et al. Elucidating the callus-to-shoot-forming mechanism in Capsicum annuum ‘Dempsey’ through comparative transcriptome analyses[J]. BMC Plant Biology ,2024
- Janine Wörthmüller , Simona Disler , Sylvain Pradervand , François Richard , Lisa Haerri , Gustavo A. Ruiz Buendía , Nadine Fournier , Christine Desmedt , Curzio Rüegg, et al. MAGI1 Prevents Senescence and Promotes the DNA Damage Response in ER+ Breast Cancer . Cells , 2023
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