如何学好生物信息学?

二维码

在校五年制本科生，专业生物技术，所修大致课程与生物信息相差不大。现正上大四，跟导师做课题，但似乎导师比较热衷发文章，所以在做课题当面花费精力较多，但有些知识只能略知皮毛，个人认为文章数量多并不代表在这一领域有较为深刻的见解。所以想请教各位大牛本科阶段学好生物信息除了做课题，还该侧重哪方面？
原文地址：https://www.zhihu.com/question/25956834

感恩由您

必学：1、计算机基础（linux+perl+R 或者 python+matlab）
      2、生信基础知识（测序+数据库+数据格式）
  3、生信研究领域（全基因组，全转录组，全外显子组，捕获目标区域测序）
  4、生信应用领域（肿瘤筛查，产前诊断，流行病学，个性化医疗）
分而治之：
一、计算机基础，需要看三本书，一步步的学会学通，不需要刻意去找哪个书，一般linux是鸟哥私房菜，perl是小骆驼咯，R是R in action，但是看一本书只能入门，真正想成为菜鸟，必须每个要看五本书以上！我云盘里面有这基本上的高清打印版，大家可以去淘宝打印一下才几十块钱还包邮，对书比较讲究的也可以买正版，也不过是一百多块钱而已！
二、生信基础知识，测序方面，在百度文库找十几篇一代二代三代测序仪资料仔细研读，然后去优酷下载各大主流测序仪的动画讲解，再看看陈巍学基因的讲解；数据库先看看三大主流数据库——NCBI,ENSEMBL,UCSC，还有一些也可以了解一些（uniprot,IMGT,KEGG，OMIN，TIGR，GO）同样也是百度文库自己搜索资料，但是这次需要自己去官网一个个页面点击看，一个个翻译成中文理解吃透；数据格式讲起了就多了，这个主要是在项目流程中慢慢学，或者你有机会去上课，不然你看来也是立马忘记的，主要有sam,vcf,fasta,fastq,bed,gtf,gff,genbank,ensembl,psl等等
三、生信研究领域，各个领域主要是软件繁多，合起来常用的估计有上百个软件了，一般只有从业五六年以上的人才有可能把它们全部用过一遍，而且这也完全需要项目来训练，而不能仅仅是看看软件手册，但是研究领域最重要的是背后的原理，需要看各大牛的综述。
a) 生信基础软件(blast++套件，fastqc，flash，blast，solexaQA，NGS-QC-toolkit，SRA-toolkit，fastx-toolkit)
b) snp-calling相关软件（bwa，bowtie，samtools，GATK，VarScan.jar，annovar）
c) 基因组相关软件（velvet，SOAPdenovo2，repeatmasker,repeatscount,piler，orthMCL，inparanoid,clustw,muscle，MAFFT，quickparanoid，blast2go，RAxML，phyML）
d) 转录组相关软件（trinity，tophat，cufflinks，RseQC，RNAseq，GOseq，MISO，RSEM，khmer，screed，trimmomatic，transDecoder，vast-tools，picard-tools，htseq，cuffdiff，edgeR，DEseq，funnet，davidgo，wego，kobas，KEGG，Amigo，go）
四、生信应用领域，讲这一块其实已经脱离了生信菜鸟的解释范围了，主要是想说社会上为什么需要搞生信的人才，全是因为在肿瘤筛查，产前诊断，流行病学，个性化医疗等领域有所应用，可以造福人类！！！这方面政策不确定，产业不定型，所以也这绝对是蓝海，但是也绝对不会有现成的资料直接培训人才，我们必须关注各种微信公众号，逛各种测序，医学相关论坛，紧跟业界精英的脚本，同时追着大牛的文献阅读，如此这般才能保住菜鸟的身份！

大力水手

我在大三的时候开始在组里跟老师做课题，毕业的时候有一篇 SCI。主要是做生物进化。依我看题主恐怕没什么计算机和数理统计方面的背景，而生物信息要求计算机，数理统计和生物三方向都要有背景。所以我想你得从计算机和数理统计方面先下手。然后具体到不同的科研方向就各有各的要求，在从计算机，数理统计和生物方向选一个专精。
不过说实话，生物背景转生物信息，想做偏计算机和数理统计的生物信息领域，起始很艰难，题主最好有一切从头开始的决心。你可能比相关专业转行的差四年本科到数十年研究经验不等。