生信工具|推荐一个蛋白结构域鉴定分析工具

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|本文作者：莫北
<hr/>今天为大家介绍一个预测蛋白结构域的数据库：SMART (Simple Modular Architecture Research Tool)，它是一个用于蛋白质结构域鉴定、注释的在线分析工具。
它的数据与UniProt、Ensembl和STRING数据库同步，且人工注释的蛋白结构域超过1300个。自从1997年发布的第一版以来，如今已过去20多年了，它仍然受欢迎。

工具网址：http://smart.embl-heidelberg.de/

SMART 有两种模式： normal和genomic。二者主要的区别是底层使用的数据库的不同，前者是冗余的，而后者只使用完成基因组测序的蛋白组数据。


两种模式的颜色不同，而界面相似，通过单击相应模式可进行切换，比如进入genomic模式是这样的：


可以通过输入Uniprot/Ensembl蛋白序列的ID（或ACC）或者蛋白序列查找蛋白的结构域。


点Sequence SMART按钮即可提交任务，数10秒后即可得到下图的预测结果，网页的结构图是交互式的，还可保存为svg格式的矢量图便于文章使用。



下面是预测到的结构域列表，包括上图中展示的和未展示的。


如果你有很多序列需要预测也可以进入SMART的批处理页面（如下图，点Sequence analysis板块的问号按钮会有链接），网址：
http://smart.embl-heidelberg.de/smart/batch.pl
按照页面的要求准备Uniprot/Ensembl蛋白序列的ID（或ACC）或者蛋白序列（fasta格式）即可，最多可提交10000条。


这里仅简单介绍，感兴趣的话就赶紧去尝试其他功能吧~
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参考文献
Letunic, Ivica, and Peer Bork. &#34;20years of the SMART protein domain annotation resource.&#34; Nucleic acidsresearch 46.D1 (2017): D493-D496.

原文地址：https://zhuanlan.zhihu.com/p/366414077