有哪些好的科研工具软件？

乔帮主

楼主是一名小硕，科研的过程中遇到不少问题，希望各路大牛能将你们常用的科研软件分享下。比如noteexpress文献管理软件，Xmind思维导图软件。只要是对科研有帮助的都可以。
原文地址：https://www.zhihu.com/question/27349043

大力水手

为了跟踪我的科研（摸鱼）活跃度，

我在科研用的电脑上装了一个whatPulse，这个软件统计所有输入，比如在什么软件里输入了哪些键盘按键和鼠标点击。

在生产力电脑上的输入活跃度的软件排序可以体现平时科研（摸鱼）最常用的一些软件。

如下图：



不出所料，使用最多的软件是浏览器hhhhh，在浏览器里面，用的比较多的是

gmail：日均半小时处理邮件
notion：记笔记做todolist，记录突然闪过的想法
Overleaf：线上latex，写文章用的
jupyterlab：但凡用Python的人都知道这个多方便，这个其实是可以在vscode里整ssh-remote，但是合作方有个节点用了jump-node，没办法配置跳转（或者是太麻烦），只能在网页里。


第二多的软件是 vscode，众所周知vscode的无敌来源于插件，比如说：

remote-ssh:  真是让服务器有本地一般丝滑的体验（网络通畅的前提下），连上之后左侧文件夹里的代码文件点开直接就能编辑又有高亮和代码补全，jupyter-notebook文件点开自动起一个session在服务器运行 (需要jupyter插件)，远程的图片视频点开就能看，以及基本的terminal。
git: 简化版本控制操作，可以快速提交新鲜的bug
co-pilot：我氪了金，不过是真的强，提一句注释能帮你写一段代码
latex workshop: 跟线上的Overleaf互补，进度可以用git同步


然后是正经摸鱼的：slack和微信，日常聊上个一小时

接下来几个使用频率就不是很高了，windows terminal和办公套件，偶尔打开再关了。

队长是我

子都曰了，工欲善其事，必先利其器。科研江湖凶险，不备几手常用兵器并日日习练，怎能与擅长套路的老油子们一争高下？
科研这一行的兵器多如牛毛，岂能样样精通？今天我精选几款科研神兵器，馈送亲们，还贴心的附上使用攻略。
今天先放出前10个阅读写作类和分子生物学方面的软件。
阅读写作类
1. Mendeley：文献大管家


Win7以上 / Mac / Linux / IOS / Android
Mendeley是一款功能强大的参考文献管理软件。它可通过实时网页抓取文献元数据，来创建个人参考文献库，对文献进行分类整理，还可在每条文献下加上相关附件、做阅读笔记，能与Word 完美无缝链接，方便地插入引文并按照格式进行编排。最惊艳的是，它会跟据你文献库中的内容，给你推荐相关领域的文献，扩展阅读。
使用攻略（点击链接可查看）：Mendeley，一个高效管理已读文献资料的神器
2. Endnote：经典文献管理工具


Windows/ IOS / Android
Endnote是一款文献管理和编辑软件，帮助你在论文中管理你想要插入的参考文献，统一更改文献的格式。对于想要针对性的投稿某家杂志的文章，还可以下载该杂志的参考文献引用格式
3. StyleWriter：伪装英文土著的好手


我们是英语的歪果仁，写文章时语法还是很要命的，总在装逼与幼稚之间游走不定。StyleWriter不仅能纠正语法错误，还能根据不同文章体例的特点，提供语言风格上的建议。它可以作为插件嵌入到Word中，写完直接在Word中检测，十分方便。
分子生物学分析类
4. DNAman：生信数据的挖掘机


Windows
DNAman是美国LynnonBiosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件。几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包括多重序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。
使用攻略：要套近乎？先用DNAMAN证明我祖宗就是你祖宗！
5. DNASTAR：分子、结构、基因组的万花筒


Windows / Mac
DNASTARLasergene是一款综合性序列工具软件，用作DNA和蛋白质序列分析、重叠群拼接和基因工程管理。包括EditSeq、MapDraw、SeqMan、GeneQuest、PrimerSelect、Megalign、Protean应用程序，具有序列的编辑、转换、开放阅读框的查找、引物设计、酶切作图、序列比对等功能。
6. Primer Premier：最强大的引物搜索工具


Windows / Mac
Primer Premier是一款专业的引物设计软件，具有PCR或测序引物以及杂交探针设计功能。它的算法可以给定条件，搜索到最合适的引物，并筛检二级结构、二聚体、发夹结构等，以排序方式呈现在报告中。
使用攻略：Premier5携手oligo，共同设计PCR引物
7. Oligo：强大的引物设计先锋


Window / Mac
Oligo是目前最好、最专业的引物设计软件，功能很强，主要功能包括普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等。尤其可与Primer Premier配合使用，前者搜索引物，Oligo进行评价分析。
使用攻略：Oligo设计引物，就是这么简单
8. Vector NTI Advance11：分子生物学的日常


Windows
Vector NTI Advance是目前整合度最高的多功能序列分析软件包，包含了一整套数据分析和管理的工具，可以进行蛋白核酸序列分析、引物设计、多序列比对、序列装配、质粒图谱查看与编辑等。
9. ClustalX：多重序列比对专家


Windows / Linux / Mac
功能简介：ClustalX是一款免费蛋白质多序列比对程序，主要功能是多重序列的比对，也可以进行轮廓和结构比对，即利用已经存在的比对结果进行比对。同时，还允许通过剪切和粘贴的方法改变比对中序列的顺序。
10. FlowJo：流式细胞的行业标杆


Windows / Mac
FlowJo是一款优秀的流式细胞分析专业软件，可以兼容几乎所有流式仪器采集的数据。它简单易用，功能强大，是流式领域最受推荐的一款专业分析软件，也是各高影响力科学期刊使用最多的软件，已经成了行业的一个标准。
<hr/>知乎专属福利；助大家一臂之力、我为大家准备了一份基础实验protocol,细胞侵袭、细胞凋亡、细胞黏着、细胞周期等，不仅有细胞培养相关实验，还有包括不同研究水平实验技术Protocol，不同实验方法全流程，WB实验流程、注意事项、数据处理及写作、IHC实验流程、操作技巧、注意事项、图像分析等相关实验的详细步骤，全都是经过前辈们无数次验证过的，希望对大家的实验有帮助。
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同花顺

一说到科研人员，肯定是离不开撰写发表论文的。
在这里的话，老刘要说一款科研人员专用的参考文献查询神器：掌桥科研【一站式科研服务平台】


让我们看看他的简介：
掌桥科研涵盖了理、工、医、农、社科、军事、法律、经济、哲学等诸多学科和行业的中外文献资源。基于与中外科技信息资源方建立的广泛合作关系，通过不断改进和迭代，大规模汇集和整合科技信息资源，致力于建立海量中外科技信息资源的一站式发现与获取平台，持续提升科研人员获取科技信息资源的效率。在此基础上，建立掌桥科研增值服务平台，为所有科研人提供科研资源和科技创新基础条件，不断提升服务效率、降低服务成本，助力国家科技创新和产业升级。

而老刘推荐的理由无他——便宜。
对比知网按照页数计费的计费模式，基本上一篇起价就要2元了，更有页数较多的博硕士论文价格直飙2位数甚至3位数，这让我们这些穷做教研的直呼“伤不起”。
而掌桥科研的计费模式则是按篇，0.2元/篇的起价相当于打了个1折，按照我每天都要看一篇保持学习状态的习惯，连续看上一个月也才0.2*30=6元，现在一瓶饮料都不是这个价了。
发现这个网站之后我把他推荐给了我的同事们，大家都被如此低廉的价格震惊了，不仅价格低，想要找的文献在上面也基本都有，更新即时，超千万文献储备量的数据库让撰写科研期刊文献不再惧怕资料查找。

而且我们也不用担心它收录的内容不全这个问题：
·中文期刊收录
掌桥科研共收录21000+种中文学术期刊，7100万+篇论文，涵盖了工业技术、基础科学、自然科学、工程技术、医药卫生、农业科学、哲学政法、社会科学、科教文艺等领域，囊括了基础研究、工程技术、行业指导、党政工作、文化生活、科学普及等各种层次的期刊。其中，中国科技核心期刊收录率100%，读者可以直接浏览期刊基本信息，按期查找期刊文章。该类资源每月更新。

·外文期刊文献收录
掌桥科研包含来自Springer、Elsevier、Wiley、Taylor&Francis、IEEE、SPIE、AIAA、ASME等国外知名数据库的外文文献资源，以及来自美国政府机构的外文科技报告等特色外文文献资源。本平台展示的所有外文文献都可以在掌桥平台直接获取，一键触达，省去科研人员跨库繁琐查找和多途径获取文献的烦恼。

另外，对于需要查看外文期刊文献，而英语水平又不太好的科研人员来说，掌桥科研还提供在保留原有文档格式基础上进行翻译的服务。看一下翻译对比，确实清晰明了，对于需要查看大量外文文献的科研人员来说，可以说是提高效率的神兵利器了。



不要过度追求所谓的知名网站，偶尔尝试一下生活中新奇的小发现，说不定会对你的生活带来很大的提升和改变。

同花顺

荀子在《劝学篇》中讲到，”君子性非异也，善假于物也“。在生活中，善用各种工具能够极大的提高我们的效率，在科研工作中亦是如此。今天给大家介绍在科学研究和论文写作自己常用到的“七种武器”，有了它们，可以让你的科研工作事半功倍~
1、google scholar

做文献调研是一件相当痛苦的事情，因为既要做到“准”，同时又要做到“全”。在常用的文献数据库中逐个去进行检索显然是一件费力不讨好的事情。google scholar 搜索完美的解决了这个问题。

• Google scholar除了收录所有的文献数据库外，还收录了最新的会议论文和预印文本，这对像AI这样发展迅猛的领域而言尤为重要，因为绝大多数的最新成果都不会发表在期刊上。你可以在google上搜索“summay”或者“review”之类的关键字眼，来对某个领域进行最全最新的调研。
  
• google scholar 记录了某篇的文献的引用，这极大地方便了我们对一些思路进行追根溯源。
  
• 可以运用邮件的方式跟踪某个关键词的搜索结果，保证随时跟踪某仿麦呢的最新成果。
  
• google scholar还支持endnote等文献管理软件格式的导出。
  

2、文献管理类工具

要想写出好论文，首先得有好的idea。好的idea在很大程度上取决于你阅读量多少高质量的论文。这时如何管理这些数量庞大的文献就成了一个棘手的问题。在这里我给大家推荐endnote文献管理软件。它支持文献的批量导入、分组、星标、笔记、pdf预览等功能。我自己的应用场景是这样的：

• 在计算机科学领域，最新最好的论文一般出现在最新的会议上面，对于这些论文，自己一般会做到全部阅读。从网上下载好论文集之后，导入endnote软件，然后简单的浏览标题，并按照重要性进行星标，在所有的论文都浏览完之后，对重要性进行排序，然后有重点的阅读这些文献，在阅读的过程中可以做笔记然后进行分类。
  
• 在google上做文献调研的时候，会批量的以endnote格式下载很多论文，然后按照上面的方式进行整理。
  
• 在期刊上看到比较好的文章，直接利用endnote的全文检索功能进行下载
  
• endnote很好的支持同步和分享功能。
  
• 此外，如果是在world中写论文，会利用endnote的来插入参考文献。
  有了以上的一些使用，只要坚持下去，就可以把endnote打造成了一个庞大的论文库，以后想看什么论文，或者是论文写作时，直接在这里进行查阅，或者分享给他人，非常的方便。
  

3、笔记类工具

“好记性不如烂笔头”，在阅读大量文献的过程中，你需要做一些笔记，包括自己的看法、疑惑和灵感。最好的办法当然是把这些东西记录在电子类笔记上，这里我推荐为知笔记，自己也是该产品的深度用户。为知笔记像大多数其他笔记类工具，如印象笔记和有道云笔记一样，支持多终端同步、mardown笔记、笔记分类与标签等主要功能。自己的使用场景如下：

• 把精读过的文章分门别类的放在自己创建的目录下面，对于每篇文献，会用markdown做一些简单的记录，文献的pdf文件会以附件的形式存放在笔记里面，最后还会给笔记添加一些标签，包括这篇文章创新点、解决的问题和值得借鉴的地方等。
  
• 平时如果你有什么好的灵感，会在手机进端进行记录。
  和endnote一样，久而久之，我们会把为知笔记打造成一个论文的灵感库。以后可以随时随地方便地查看，如果有某个想法不记得，还可以运用搜索功能进行搜索。
  

4、思维导图

说起思维导图，很多人不以为意，其实这是一款被很多人远远低估的工具。大部人拿思维导图来做笔记，而且花费大量的时间来使脑图做的更加漂亮，这有些本末倒置。本质上，思维导图是一个帮助我们思考的工具。我们的大脑就像一台电脑，内存有限，不可能同时容纳很多问题并进行思考，这是就需要一块"外接内存"——思维导图，来帮助我们进行思考。在这里推荐两款思维导图的工具

• 白纸+铅笔
  我喜欢用铅笔在一张白纸上来画思维导图。先头脑风暴写下所有的想法，然后认真思考这些想法的关系，对想法进行合并或者删除，最后剩下的一些东西，便是最重要的的东西。通过这个先发散后抽象的思维过程，我们能够思考清楚多问题。所以真正的思维导图应该是杂乱无章的，反映了思维的过程。
  

2. the Brain
有很多人可能习惯使用思维导图软件，在这里推荐the brain。目前市场上几乎所有的思维导图软件都不能展现出思维的这种网络结构，它们一般只能够表达树状的拓扑结构。the brain最大特点是多中心节点，一个节点不仅有子节点和父节点，还有一个跳跃（jump）的节点，这样这个脑图就完全能够模拟人思维过程。如果有一个时间跨度比较大的项目，我会运用the Brain做思维导图，因为易于保存；一般情况下，我还是习惯在纸上进行绘制，酣畅淋漓的感觉使得思维更加的流畅。



5、Adobe Illustrator(AI)

一篇好的论文包括精美的示意图。一般论文作图使用Microsoft Visio或者Adobe Illustrator。AI较前者的最大优势在于它绘制出的全部是矢量图。矢量图最大的特点就是和分辨率无关，无论怎们放缩，都不会失真。Adobe Illustrator的安装较复杂，而且软件也较大，不方便或者不喜欢的朋友可以使用网页版的AI。登陆https://uzer.me/ 选择AI应用，网页端的体验感也相当的好。下面是我用AI做出的流程图



6、图表绘制工具

漂亮的图表和流程图一样不可或缺，他使你的论文更加有说服力。这里我推荐matplotlib。它是python绘图包中应用最广泛、功能最强大的工具包，很多其他可视化包都是在matplotlib的基础上进行开发的。掌握了它，基本上能够会出所有你想绘制的图标。进入matplotlib官网的gallery，你可以看到很多的examples，想要画什么样的图，就直接找到相应的示例，然后复制代码进行调整即可。



7、overleaf

最后介绍一款云端的latex编辑工具。overleaf能够帮助你省去很多的latex配置时间，而且它还支持实时的编译和预览以及期刊投稿。



这七款工具就介绍到这里了。它们的使用仁者见仁，智者见智，大家完全可以有自己的使用方式，重要的是，要真正理解这些工具背后的逻辑和思维方式，做一个无招胜有招的装备精粮派。

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