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[分享] 姿势不对,实验白费!qPCR 十跑九跪的原因找到了

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发表于 2024-10-29 15:47 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在师姐的指导下,我重做了实验,格外注意了加样的操作,结果真的拿到了满意的曲线图!这周组会终于有数据可以汇报啦!

大家总说 qPCR 实验是一门玄学,经常埋头苦干一整天,结果就是不理想,其实不然,很多时候是仅仅是一些很小的细节没有注意到,就会整盘皆输。那么如何才能游刃有余地进行 qPCR 实验?怎么优化操作来减小实验失败的概率呢?我们为大家准备了一套有关 qPCR 实验准备操作全过程的经验包,满满的小 tips,保证实用!

友情提示:通读全文可极限避雷!文末附实用数据计算表格模板,文末还有礼包等你领取!

一、前期保姆式准备,实验期间有备无患!

1. 实验仪器:移液枪、qPCR 仪要定期校准(较准周期一般是 1 年),保证仪器准确性。

2. 引物:引物设计后进行有效性验证,选取扩增效率在 90%~110% 之间,且融解曲线单峰的引物,保证其高效的扩增效率和特异性。



3. 内参:如何选择、如何验证?

选择:
(1)通过已发表文章查找相同物种的内参,在实验体系上进行测试;
(2)选择常见的内参,在实验体系上进行测试;
(3)内部控制基因(Internal Control Genes,ICG)库中查找内参。

验证:
(1)尽可能选用多个内参同时进行实验;
(2)通过在不同样本处理上的表达差异检测情况,来选择合适的内参,选择差异不显著的内参作为后续实验内参;

4. 样品 cDNA :cDNA 模板需要稀释吗?应该稀释多少倍进行定量?

没有具体的稀释参考倍数,理论上 cDNA 每稀释 10 倍 CT 值变大 3.3,可以根据这个规律进行合适的稀释。可以使用 cDNA 原液、10 倍稀释液、100 倍稀释液等梯度稀释模板进行定量实验,根据规律选择 CT 值落在 18~28 范围内的稀释倍数。






注:当使用 cDNA 原液进行检测的时候,使用量不能超过 qPCR 反应体系的 1/10,因为 cDNA 中包含很多抑制 qPCR 的组分,过大体积会抑制反应的进行。

二、提前排版 + 预混,准确加样不糊涂!

举个例子:

1. 实验目的:比较未处理(对照组)和经处理后(处理组)的样本中某基因的表达变化。

2. 实验分组与排板设计:
对照组和处理组除目的基因检测还需引入内参NTC(无模板阴性对照,用于排除实验体系中是否存在污染),每个处理做三个复孔,排板如下:



3. 实验体系(以 Vazyme #Q712 推荐加样体系为例):



4. 体系配置方案:

(1)采取大体积配置试剂预混 Mix 溶液,可以增加复孔的重复度,减小误差。
Mix 1 两管:qPCR Mix + 引物 [内参(含 NTC)/ 目的基因(含NTC)]
Mix 2 两管:水 + cDNA 模板(对照组 / 处理组)



(2)处理组、对照组每孔加样体积:10.8 µl(Mix1)+ 9.2 µl(Mix 2)
        NTC每孔加样体积:10.8 µl(Mix 1)+ 9.2 µl(ddH2O)
注:
① 一般会多配一些样品,这样保证最后每个孔都能有同等体积的液体;
② 预混后要涡旋离心,使其混匀;     
③ Q712 为通用型试剂,无需在不同仪器上调整 ROX 的浓度。若所用试剂为非 ROX 预混型试剂,且仪器需要 ROX 进行校正(如 ABI stepone),需要在加样时注意添加 ROX。

5. 加样小 tips:

① 加样环境:qPCR 实验反应灵敏度高,所以配置预混液的过程应均在超净工作台中进行,防止污染;
② 配置条件:预混试剂在冰上操作,并避免强光直射,减少体系配置过程中导致模板降解、酶活降低以及荧光淬灭的可能;
③ 加样顺序:先加大体积,再加小体积液体;先加 NTC,再加模板。减小操作误差和污染风险;
④ 加样方式:
➣ 小体积加样可以采取移液器二档吸液一档出液(也就是说按到底吸液,出液的时候不要按到底),若不进行枪头更换,下个孔就是一档吸一档打,这样可以提高加样精确度和复孔的重复度;
➣ 如果离心管已有液体了,再加小体积的时候,把枪伸到液面下打,可以避免液体在枪头内残留;
➣ 吸液体的时候枪头不要没入液面下太深,并选低吸附枪头,减少枪头吸附引起的误差。

三、机器程序检查全面,不放过任何细节!

以诺唯赞 Q712 反应程序、ABI Q3 仪器进行设置为例:



1. 上机前检查:
✔ 注意管材中有无气泡,若存在气泡需轻轻弹去,然后瞬时离心;
✔ 不要在管口对准的管盖部分做标记,影响荧光信号采集。

2. 上机程序设置检查:
✔ 检查程序设置的温度、时间、循环次数、检查反应体积是否填写正确,以及是否设置荧光采集,否则会出现无扩增曲线的情况;
✔ 仪器类型不同,融解曲线采集程序不一定相同,使用仪器默认融解曲线采集程序即可。

四、数据无脑计算表格,照着来就老 OK 了!



原文地址:https://zhuanlan.zhihu.com/p/572580941
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