目前做了蛋白质组学分析（有GO、KEGG和互作等），想问一下等蛋白结果出来之后我后续应该再补什么实验？

wolf

目前做了蛋白质组学分析（有GO、KEGG和互作等），想问一下等蛋白结果出来之后我后续应该再补什么实验？
原文地址：https://www.zhihu.com/question/639592997

检验医师

在完成了蛋白质组学分析，包括GO、KEGG功能注释以及蛋白互作网络等之后，根据您的研究目标和所得到的蛋白结果，您可能需要进一步补充一些实验来验证或深入探讨您的发现。以下是一些建议的实验：

• Western Blot：针对特定的蛋白质进行Western Blot实验，可以验证蛋白质组学结果的准确性，并检测这些蛋白质在样本中的表达水平。
  
• 免疫组化（IHC）或免疫荧光（IF）：利用组织或细胞样本，通过IHC或IF技术可以观察目标蛋白质在组织或细胞内的定位和分布情况，有助于理解蛋白质的功能。
  
• 定量PCR（qPCR）：针对目标蛋白质的编码基因进行qPCR实验，可以验证蛋白质表达水平的变化是否与mRNA水平的变化一致，从而进一步了解基因表达的调控机制。
  
• 蛋白质互作验证：利用免疫共沉淀（Co-IP）或双分子荧光互补（BiFC）等技术，验证蛋白质组学中发现的蛋白质互作关系，以确认这些互作是否真实存在，并进一步研究其生物学意义。
  
• 功能验证实验：根据KEGG等通路分析结果，设计特定的功能验证实验，如细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭等实验，以探究目标蛋白质在特定生物学过程中的作用。
  
• 动物模型实验：利用动物模型进行体内实验，可以进一步验证蛋白质组学结果在体内环境中的准确性和可靠性，并探究目标蛋白质在疾病发生发展中的作用。
  
• 代谢组学分析：结合代谢组学分析，可以研究蛋白质变化对代谢通路的影响，从而更全面地了解生物体在特定条件下的代谢状态。
  
• 转录组学分析：通过转录组学分析，可以研究蛋白质变化与基因表达之间的关系，进一步揭示基因调控网络和生物学过程。
  

在选择后续实验时，需要根据您的研究目标和现有数据来确定优先级和可行性。同时，与实验室同事或合作伙伴进行讨论和交流，可能会为您提供更多的灵感和建议。可以看下这两篇文献：
Science丨黄波团队新突破：肝脏储存能量，糖比脂肪更受青睐！
代谢组学专题丨一文带您了解最全代谢组学研究思路！

同花顺

不确定你的课题是啥，目前的组学结果已经有了，你可以从中筛选几个蛋白进行验证。筛选的标准就是GO、KEGG和互作中的功能蛋白，再结合你课题所研究的疾病或者信号通路，筛选几个靶蛋白进行验证。
验证也很简单，wb验证靶蛋白表达变化，基因敲除验证一下细胞/动物活性功能变化，涉及到药物的话做一些酶活性分析，分子对接等等。

大力水手

蛋白质组学分析提供了大量关于蛋白质表达、功能和相互作用的信息。完成GO（基因本体论）、KEGG（京都基因和基因组百科全书）分析和蛋白质相互作用网络分析之后，你可以根据研究目的和分析结果来确定后续实验。这些实验可以帮助验证蛋白质组学数据的生物学意义，探究特定蛋白质的功能，或者进一步研究蛋白质之间的相互作用。以下是一些建议的后续实验：
1. 验证实验
西方印迹（Western blot）：用于验证特定蛋白质的表达水平，特别是那些在蛋白质组学分析中被发现有显著变化的蛋白质。
实时定量PCR（qPCR）：用于验证蛋白质组学结果在mRNA水平上的表达情况，有助于理解转录层面的调控。
2. 功能性实验
基因敲除或敲降实验：利用CRISPR/Cas9、siRNA或shRNA技术对特定蛋白质编码基因进行敲除或敲降，观察细胞表型的变化或蛋白质功能的丧失，以验证其生物学功能。
过表达实验：将特定蛋白质在细胞中过表达，研究其对细胞功能和表型的影响。
3. 相互作用验证
免疫共沉淀（Co-IP）：验证蛋白质组数据中预测的蛋白质-蛋白质相互作用。
双杂交系统：在酵母或其他系统中进一步验证蛋白质相互作用。
近端点依赖性荧光共振能量转移（FRET） 或 双分子荧光互补（BiFC）：用于在活细胞中观察和验证蛋白质间的相互作用。
4. 定位和动态研究
免疫荧光：观察特定蛋白质在细胞内的定位。
活细胞成像：研究蛋白质在细胞内的动态分布和迁移。
5. 生物信息学深入分析
网络分析：利用蛋白质组学数据构建的相互作用网络，进行深入的拓扑分析，识别关键节点和模块，揭示蛋白质相互作用的生物学含义。
整合分析：将蛋白质组数据与转录组、代谢组等其他组学数据整合分析，以获得系统生物学层面的洞见。
选择哪些后续实验取决于你的具体研究目标、分析结果和资源。每一步实验都应旨在深化对蛋白质功能和相互作用网络的理解，从而揭示细胞和生物体的复杂生物学

清风寡欲

目的呢？兄弟，关键是你课题研究目的是什么？
而且这种问题你应该去和老板沟通才对。

继续前进

根据研究目的而定，看题主的目的应该是机制研究方向，一般需要对选定的目标蛋白进行验证，验证实验可选方法有：1）Western Blot（免疫印迹法）；2）ELISA（酶联免疫吸附剂测定）；3）qPCR（实时荧光定量PCR）：对基因表达进行定量检测；4）PRM：靶向蛋白检测；5）免疫荧光测定。其中qPCR比较简单，到验证率较差，免疫荧光较贵，有抗体的话WB和ELISA比较合适，如果需要验证的蛋白比较多的话建议选PRM。
可以看看这篇推文https://mp.weixin.qq.com/s/PSkan_xM_D6F86_w7ImeBg
可能对机制研究文章有个全面的认识