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[分享] 别让你的Western Blot图片拖了你的后腿

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发表于 2024-10-13 13:53 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在这个“照骗”比照片多的时代,热衷于处理图片的可不仅仅是爱美的女生,还有一批虽然实验结果不如意仍然想要发论文的科研人员。但科学研究岂容弄虚作假,为此各大期刊对于实验数据图像的要求越来越严格,不少论文就是因为Western Blot图片不符合要求导致论文被拒,有些甚至连重新提交的机会都没有。那到底什么样的图片才是合格的呢?
   让我们先看看大名鼎鼎的《Nature》是怎么规定的。



从图上我们可以看出,《Nature》允许对图片进行裁剪,但是剪切必须要在图注中进行说明,同时《Nature》也提到了一些期刊要求必须在文章增补信息中提供完整的blots图片。裁剪后的Blots图像必须有一定的宽度“上下各6个条带的宽度”(不要过窄,以掩盖一些必要信息)。高对比度的blots图片是不允许的,因为这会掩盖一些附加条带信息。投稿者应尽量曝光出带有灰色背景的图片,若高对比度blots不可避免,也应在增补信息中提供多次曝光的图片(以说明没有掩盖其他信息)。
   如果只是《Nature》一家这么要求,大不了转投其他同样级别的期刊好了,你也许会有这种想法,那让我们看看其他知名期刊是怎么规定的。



(Journal of Cell Science)



(Journal of Biological Chemistry)



(The Journal of Experimental Medicine)
虽然具体要求可能有些不同,但这几家期刊都强调了一点,那就是图像的对比度不能过高,必须保留背景信息。既然如此,那到底合格的Western Blot数据长啥样呢?各期刊也给出了自己的例子。



(Journal of Cell Science,Best Practices: gels, blots and images in JCS figures)



(The Journal of Experimental Medicine,Gel Image Guide 2016)



(Journal of Biological Chemistry, Good practices for preparing publication-quality figures)
    如何避免缺乏背景细节的数据呢?首先要保证您的成像系统及方法具备足够的动态范围(bit depth)。8bit深度的拍摄效果看上去图片背景很干净,同时也意味着丢失了许多背景信息,所以想要尽可能的保留背景信息的话,一定要采用16bit深度来拍摄。这里稍微科普下8bit和16bit的差距了,对于灰度图像,每个像素用一个字节(8bit)表示,一幅图像可以有256级灰度;若每个像素用两个字节(16bit)表示,一幅图像可以有65536级灰度。为了保留更多实验细节,16bit 的TIF图像更为常见。16bit的TIF图片在降低对比度后可以显示出均一、细腻的灰色背景,而8bit的TIF图片降低对比度后可以发现有很多背景信息丢失,而且图片颗粒感很强!图片质量很差!根本无法显示成像对象的细节信息。所以,千万不要以为某些8bit数据能给您带来更好的结果体验(背景干净,条带清晰),也许它会因为缺乏背景信息而被当作虚假数据导致你的文章被拒。

原文地址:https://zhuanlan.zhihu.com/p/59401657
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