都说生物是坑，那微生物呢？

风云

前两天去某研究所面试，对方和我谈了一个博士项目，做某微生物病原体PCR检测技术改良（提高敏感性）的，纯实验室，预期2年。
知乎上大家天天在谈生物坑的故事，所以我想问问微生物是不是好一些？2年如果就能博士毕业的话，还是很有吸引力的，问题是这类课题真的可能在2年里完成吗？如果决定做，我应该报以什么样的思想准备和学识准备？希望有经验的大牛来谈谈，谢谢哈~
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补充一下，我在欧洲，学的是兽医，这个研究所是政府旗下的检疫防疫类研究所，所以开这个课题，针对某个微生物导致的兽疫展开的，也算属于防疫领域。我们这个行业读博（欧洲有phd博和非phd博两种，这个课题属于后者），一般纯科研的是三年起，解剖或临床要5-6年，也有个别快的比如食品卫生，2年就做完的也有（因为样品多）。有个学姐养猪养了半年出栏，宰了化验一圈，也算完成了她的博士课题，不过博士论文写了好久。当然这属于特例，而且她的课题是补给工资的。
这个项目说是2年，我听下来感觉也是申请到了2年的资金。2年后如果出不了结果，可能就要中断了。
其实我也不是特别有心为科学奉献的那种，只是一来在欧洲很多职位都要去博士头衔，比如兽医局什么的，没有博士混不开啊……二来我也想了解一下科研工作到底是什么样子的，想通过这个培养一下自己的科学思维方式，开拓开拓视野，所以即使拿不到学位，有这段经历我觉得也会很有意义（？）。我深知自己和知乎各位科学界（坑里）的前辈们有思想境界上的差距，所以更想请教一下，这坑到底跳是不跳。
原文地址：https://www.zhihu.com/question/38722921

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快报摘要 - Wrap Up




科｜技｜突｜破
Science Breakthrough
The Plant Cell：优化Donor供体提升靶向敲入效率实现精准蛋白标签及顺式调控元件插入| 基因编辑
Nat Biotechnology：开发新型碱基编辑器mitoBEs| 基因编辑
NSR：开发不依赖脱氨酶的新型碱基编辑器 | 基因编辑
Bioresource Technol.：利用玉米秸秆水解液使工程化酵母高效生产棕榈油酸 | 合成生物
JAFC：利用组合代谢工程高效合成柠檬烯 | 合成生物
JAFC：新型微生物天然产物高效防控小麦赤霉病 | 微生物
JMC：构建高CO2/O2选择性可食用“塑料”膜被动气调保鲜农产品 | 生物基新材料




01 科｜技｜突｜破
The Plant Cell：优化Donor供体提升靶向敲入效率实现精准蛋白标签及顺式调控元件插入 | 基因编辑
高效和精确的靶向插入具有很大的前景，但在植物基因组编辑中仍然具有挑战性。明尼苏达大学课题组发现，由于CRISPR/SpCas9经常诱导1-核苷酸5'突出的交错切割，通过在修饰供体末端增加1-核苷酸5'突出可以有效控制供体的插入方向及精准性，定向精准敲入效率大幅提升了90%~272%(可达30.1~60.9%)。研究团队将该方法命名为DOTI(定向寘核苷酸介导靶向敲入)，并利用该方法对植物内源蛋白进行了高效原位标记，实现了内源蛋白高效检测；同时，团队也利用该方法进行了育种应用，通过在水稻Xa23启动子区高效敲入顺式调控元件，实现了水稻抗百叶枯病定向育种。该方法通过对修饰供体的再设计，优化了基于化学修饰供体的靶向敲入策略，大幅提高了化学修饰供体在基因组中定向敲入的精准性和方向性，这一优化对干化学修饰供体策略在植物基因组精准编辑领域的应用具有重要意义。
原文链接：
https://academic.oup.com/plcell/advance-articles?login=false

Nat Biotechnology：开发新型碱基编辑器mitoBEs | 基因编辑
线粒体是细胞核外存储遗传信息的另一细胞器，然而敲低线粒体基因组不能治疗纯合的线粒体突变，也不能主动改变线粒体基因组的碱基构成。北京大学魏文胜团队开发了一种名为mitoBEs的全新线粒体单碱基编辑工具，该工具不依赖于DddA系统。mitoBEs不仅能够高效地实现A->G或C->T的单碱基编辑，还具备选择性地编辑特定链的能力，这是DddA系统所不具备的。此外，通过全基因组测序，mitoBEs在线粒体和细胞核中都没有检测到严重的脱靶编辑，证明其具有高度特异性和安全性。
原文链接：
https://doi.org/10.1038/s41587-023-01791-y

NSR：开发不依赖脱氨酶的新型碱基编辑器 | 基因编辑
碱基编辑器（BE）极大地促进了基础研究、基因治疗、动植物育种改良等领域的进展。辉大基因杨辉团队研究综合利用蛋白质工程、流式细胞术、小鼠胚胎显微注射、深度测序等技术手段，开发出了不依赖任何脱氨酶的新型DNA碱基编辑器——基于工程化的糖基化酶的鸟嘌呤碱基编辑器（gGBE）。研究人员对gGBE进行了一系列的工程化改造、蛋白质进化、突变筛选及验证，实现了高效的鸟嘌呤碱基编辑。值得一提的是，本研究提出了基于工程化的糖基化酶的一类碱基编辑器开发的新策略，为进一步丰富碱基编辑工具包、对基础研究领域疾病模型的建立及基因治疗领域等都有着非常重要的意义。
原文链接：
https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwad143/7165770

Bioresource Technol.：利用玉米秸秆水解液使工程化酵母高效生产棕榈油酸 | 合成生物
棕榈油酸（POA）具有多种生物功能，广泛应用于营养和制药行业，但其产量及成本限制了广泛应用，开发一种可持续和经济的POA生产途径迫在眉睫。北京化工大学刘军锋团队通过改造酿酒酵母菌，利用玉米秸秆水解物作为碳源，高效生产棕榈油酸的技术，为可持续生产棕榈油酸（POA）提供了可行的途径。研究人员构建了一株能够合成POA的工程酵母菌株并优化发酵条件，使其能够有效利用玉米秸秆水解液作为碳源。与纯葡萄糖相比，玉米秸秆水解液能够提高POA的产量。通过调节C/N比和添加赖氨酸等氨基酸，可以进一步提高POA的滴度和含量。通过采用两阶段培养策略，可以增加脂肪酸合成途径中关键酶的基因表达，从而提高POA的合成效率。在优化条件下，在5L生物反应器中获得了57.5%（v/v）的POA含量和6.56 g/L的POA滴度。本研究为可持续生产POA或其衍生物提供了一种新途径，也为玉米秸秆等农业废弃物的资源化利用提供了新思路。
原文链接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0960852423006375

JAFC：利用组合代谢工程高效合成柠檬烯 | 合成生物
柠檬烯具有抗肿瘤、抗病毒、抗炎、抗菌等生物活性，在食品添加剂、医药产品、香料/化妆品成分及环保型农药等方面应用广泛。江南大学团队通过组合代谢工程提高了柠檬烯的生物合成效率，通过分批补料优化发酵工艺，最终使柠檬烯产量2.63g/L，是目前酿酒酵母中报道的最高滴度。团队通过基因整合优化，代谢流调整，调整关键限制因素前体供应，调整胞质和线粒体双重合成等手段来构建高效产柠檬烯的酿酒酵母菌株。研究表明，与细胞质相比，线粒体具有前体乙酰辅酶A供应充足和ATP含量丰富的优点，可能是更合适的提高柠檬烯产量位点，同时线粒体可作为萜类化合物合成的第二调控位点。细胞质和线粒体代谢双重调控也为萜类化合物的合成提供了一个策略平台。
原文链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37189018/

JAFC：新型微生物天然产物高效防控小麦赤霉病 | 微生物
赤霉病不仅造成小麦产量和品质的降低，还会产生呕吐毒素等真菌毒素，对人畜健康产生巨大威胁，开发有效防控小麦赤霉病且对环境友好的新型生物源农药至关重要。中国农科院植保所在昆虫病原线虫共生细菌的发酵培养物中鉴定到了对小麦赤霉病有高效防控作用的微生物天然产物—Fabclavine-29 (Fcl-29)，田间试验表明抗菌天然产物Fcl-29对小麦赤霉病的防效较高且稳定，具备开发为新型生物源农药的潜力。该成果为防治小麦赤霉病等作物真菌病害提供了新的资源，也为新型生物源农药的开发奠定了基础，有望推动小麦赤霉病的绿色、高效防控。
原文链接：
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jafc.2c09012

JMC：构建高CO2/O2选择性可食用“塑料”膜被动气调保鲜农产品 | 生物基新材料
应用塑料薄膜包装保鲜是延长生鲜农产品货架期的常用方法。但传统石油基塑料的滥用已经导致了全球性的污染危机。南京农业大学胡冰教授课题组研究构建了蛋白质-多糖可食用薄膜，具有卓越的CO2/O2选择性，机械性能可媲美传统的石油基塑料膜，被动气调包装生鲜农产品，显著地延长货架期，保持营养健康品质。本研究为构建具有高强度和韧性，高气体选择性的可食用薄膜，替代传统的石油基塑料膜，包装保鲜易腐产品提供了一种便捷、高效和可持续的新策略。相关成果已经申请了国内、国际发明专利。
原文链接：
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2023/ta/d3ta00446e#!
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卡卡

实验微生物材料鄙视链：酵母菌是大哥，菌挡杀菌佛挡杀佛。大肠杆菌二哥，除了大哥和噬菌体基本不怕，原核生物中的大哥大。链霉菌，菌中弟中弟，特别怕二哥。支原体：原核生物中弟中弟中弟细胞，各种细胞：经常被支原体欺负，体外只要他称弟弟，没人敢叫他哥。实验室里面癌细胞，弱小可怜无助，细胞壁都没有，低渗秒死，跟原生质体有的一拼。链霉：我可以在低渗液里游泳。大肠：我短期可以在甘油里游泳。酵母：老子可以在低浓度乙醇里游泳，可以大肠杆菌堆里游泳。癌细胞：快给我换培养基，我快死了！随便一点菌都能欺负它，养的好好的传代多了可能就死，离心快了死，冻融多了死，冻存快了死，自己把自己饿死，自己拉太多把自己毒死，接瘤也接不上的例子多的去。癌细胞在体内是大爹，主要还是个体隔绝了外来病原体的影响。癌细胞毕竟和体细胞很相似，免疫系统虽然有杀伤癌细胞的职责，但是做到哪个程度还是个问题。

大力水手

我靠妖，竟然有人不拿微生物当生物
课题速度快肯定是真的，但是so what？我做bioinformatics，比微生物更快。现在一年半了，正在准备第三、四篇paper，然而老板突然要求8篇毕业
所以呢？

队长是我

2年是不可能的。大部分project你优化一个protocol就半年一年的过去了。
博士最短的至今在欧洲，三年毕业。
至于微生物是不是坑，我觉得是看个人喜好。没有任何一个科目是坑，只有选错了科目的人觉得这个科目是坑。

感恩由您

@Meow Demi泻药
我为什么又被艾特了生物相关问题？我不懂额啊，放过老太吧！
我泛泛谈论一下，博士毕业和就业时两码事。
即便你2年毕业，你就业情况如何？
2年博士毕业，这是很可疑的。即便是学校的学制，也不意味着题主就能够在2年内毕业，而且2年制的意思很可能是，学校只提供2年的资助。我可能说的会有不准确，欢迎指正。