如何评价华大推出的BGISEQ-500？

二维码

BGISEQ-500配备双芯片平台，可适配FCL和FCS两种芯片类型，通过不同设置可实现16种测序模式，数据产出通量在8Gb—200Gb之间自由选择,可满足实验室和临床不同应用情景的测序需求，而无需同时购置低中高三种不同通量测序仪。测序读长单端测序和双端测序最长为100bp。FCL芯片通量40-200GB，适用于2个人类全基因组测序；FCS芯片通量在8-40GB，可用于2个临床外显子测序。对于临床使用，可以通过其内置的应用软件直接生成分析报告，从DNA样本到数据分析结果的全过程最快可在24小时内完成。所需样本量为100ng。该发布会还同时展示了个人基因组测序、农业基因组测序、转录组测序等应用的实际测试数据，以及在产前诊断、遗传病检测、肿瘤基因检测等临床应用方面的实例，在准确度和一致性方面均达到甚至超过一线成熟商业测序系统的水平。
在发布会上还公布了价格情况，其测序系统和试剂的价格均要低于国际上其他同类产品，非常具有市场竞争力。据悉，该系统将于今年12月25日开始接受预定，并计划于2016年2月15日实现交付。

转自：测序中国

题主比较关心成本问题
原文地址：https://www.zhihu.com/question/36826420

卡卡

使用过illumina从Miseq到HiseqX的所有测序仪，自认对于illumina测序仪原理神马的较为了解，现在也在用华大的BGISEQ-500测序仪，前面有回答说BGISEQ-500是正面直刚Nextseq500来的，那我就在使用方面做一下评价。

首先，我们有NIPT项目在做。众所周知，各家公司现在都对NIPT周期压缩的很严格，几乎没有多少喘息的余地。BGISEQ-500恰好有一款IVD机型，专门针对临检的，那就比较一下这两个在NIPT的表现。Nextseq500在做NIPT的时候使用的测序策略是SE75（有些公司比如贝瑞是SE36），运行时长为11个小时（其中包括测序过程9个半小时和测序后自动wash一个半小时，测序的9个半小时结束之后其实既可以拆分了），之后拆分1~2个小时，数据分析各家不同，大概是2~4个小时；前期预处理提取建库这些流程应该是比较成熟的了，加起来大概需要两天到两天半的时间，库检和上机的时间大概不到一天。

在说一下BGISEQ-500，还是先说测序仪运行，测序策略是SE35，这是华大给的。测序时间上，单芯片运行1*1的时候33个小时，拆分1~2小时，后续分析5~6小时（双芯片运行大概1小时一个cycle，拆分1~2小时，分析10小时左右），时间上有点长，不过从上机之后，所有过程都可以自动完成（IVD，科研机型不知道，没用过）。预处理提取建库的时间差不多（同样样本量的情况下），不需要库检（仅限NIPT，其余的还是需要做2100和定量的），不过上机前make DNB和loading的过程也需要半天多一点的时间。

就Q30而言，Nextseq500 SE75最后的平均Q30在93%以上，BGISEQ-500SE35也差不多，92%左右。

测序策略上Nextseq500有SE75/PE75/PE150可选，试剂上有中通量和高通量可选；BGISEQ-500有SE50/SE100/PE50/PE100/PE150可选，芯片有FCS和FCL可选。

BGISEQ-500 PE的技术是MDA技术，还是比较巧妙的。测序是边合成边测序，估计是为了规避illumina所以没有提SBS。

总的来说，BGISEQ-500作为国产的二代测序仪还是不错的，最起码借着华大投放的东风使用还是不错的，当然华大人喜欢讲情怀这种事情在一个没在华大待过的人看来还是比较别扭的。
缺点么，就是运行时间长，一个SE35竟然要33个小时，其他的可想而知；再有就是测序质量一般，illumina承诺测序质量都很低70%、75%之类的，主要是放置过多赔付；华大的85%应该是实际值，也可能还有点水分。还有就是上机前试剂还要另外加dNTP和连接酶，让我想起了Hiseq2000的操作。嗯，，，，哦，，，，还有就是，希望华大的同仁能提高一下服务意识，不要总是那种高高在上的赶脚，让人不太舒服。

大概说这么多吧，以后想起来了再补充好了，如果有人感兴趣的话。还是很希望华大把测序仪做好的，毕竟一款好用的国产测序仪所有人都喜欢不是。作为一个二代测序从业人员，真心的希望我国的测序事业越来越好。

同花顺

作为一个BGIseq500的销售。良心来回答几个问题。欢迎讨论。
       1，稳定性问题，刚开始出来的V1.0版本不够稳定，但不是跑不起来的地步，只是相对已经成熟了很多年的illumina 平台来说。
        此时此刻（2017-10-21），已经都是V1.5版本，对外没有宣传，稳定性提高很多，单芯片运行稳定性与illumina 不相上下。双芯片运行要略逊一点。
        但是，现在已经V2.0的测序仪已经研发出来，还未量产。今天是2017.10.21。再过几天会有新机型发布会。
       2，成本问题，找科服做个重测序，外显子测序，RNA测序就有体会了。测序单价50到60/G（2017-10-21目前）。这个价格，已经低于X ten了。持平Novaseq了。S4芯片这个点已经发布了，没有关注价格，估计过段时间，诺禾会有一个广告，他的价格基本就是S4的正常价格了！
      3，数据质量，文章也陆续有了些，但不能否认没有高分文章站台。。但是现在已经是2017了，不是你测个denovo就可以发CNS的时候了。即使用Novaseq ，没有合理的生物学问题的发现，解释。你发不出来文章。
     4，仪器投放政策。本人坐标福建，欢迎来洽谈，但是本质上，羊毛出在羊身上，没有免费的午餐。投放，只是租借。但肯定比土豪随手买一台便宜。
     5，目前测序仪的应用开发还不够有特色，还是与illumina 一样，不像picbio，不稳定又如何？价格贵又如何？还不是得乖乖用他家的。
     6，卖国产的东西确实会不自觉产生民族感情。之前没有从事BGIseq 500销售时，觉得华大的这款，不就是在跟风illumina 么。类似的技术，类似的产出，还要拼后续的研发。从事之后，慢慢会发现，虽然第一款测序仪，不是完美的，但是性价比绝对第一。这才是第一款仪器。所以未来绝对是光明的。
        欢迎讨论任何有关测序仪的问题。只要是理性讨论，都欢迎。

队长是我

2017年4月1日，基于华大基因的BGISEQ-500测序平台第一篇关于人全基因组测序的论文发表了。主要结论是：BGISEQ-500二代高通量测序平台的比对与变异检测方面与Illumina的HiSeq 2500表现出较高的一致性。

论文题目：A reference human genome dataset of the BGISEQ-500 sequencer
发表期刊：Giga Science
发表时间：2017年4月1日
影响因子：7.463
合作单位：华大基因、国家食品药品监督管理总局（NIFDC）和国家食品药品监督管理局湖北医疗器械质量监督检验中心
比较平台：BGISEQ-500 VSHiSeq 2500
样本选择：选择的样品是被广泛使用的“瓶中基因组”联盟发布的人类细胞系HG001(NA12878)。
研究方法：本论文发布了BGISEQ-500 PE100、PE50的人类全基因组测序数据，研究人员选取相同数据量的HiSeq 2500 PE150的数据集，采用相同的分析、统计方法，对两个平台的数据质量、比对结果、变异检测等进行了比较。

原文摘要：
Background: BGISEQ-500 is a new desktop sequencer developed by BGI. Using DNA nanoball and combinational probe anchor synthesis developed from Complete Genomics™ sequencing technologies, it generates short reads at a large scale. Findings: Here, we present the first human whole-genome sequencing dataset of BGISEQ-500. The dataset was generated by sequencing the widely used cell line HG001 (NA12878) in two sequencing runs of paired-end 50 bp (PE50) and two sequencing runs of paired-end 100 bp (PE100). We also include examples of the raw images from the sequencer for reference. Finally, we identified variations using this dataset, estimated the accuracy of the variations, and compared to that of the variations identified from similar amounts of publicly available HiSeq2500 data. Conclusions: We found similar single nucleotide polymorphism (SNP) detection accuracy for the BGISEQ-500 PE100 data (false positive rate [FPR] = 0.00020%, sensitivity = 96.20%) compared to the PE150 HiSeq2500 data (FPR = 0.00017%, sensitivity = 96.60%) better SNP detection accuracy than the PE50 data (FPR = 0.0006%, sensitivity = 94.15%). But for insertions and deletions (indels), we found lower accuracy for BGISEQ-500 data (FPR = 0.00069% and 0.00067% for PE100 and PE50 respectively, sensitivity = 88.52% and 70.93%) than the HiSeq2500 data (FPR = 0.00032%, sensitivity = 96.28%). Our dataset can serve as the reference dataset, providing basic information not just for future development, but also for all research and applications based on the new sequencing platform.

华大基因毕竟也是SCI发表大户，很懂得通过国际同行评议来验证产品质量。这已经比很多会营销的商家靠谱多了，不是吗？

当然会发现还有不少问题，比如原文提到的在基因插入和删除检测上华大测序仪的准确度更低。期待国产测序仪不断改进和创新，追赶Illumina这样的国际巨头。

Ref:
喜报！WGS首篇，BGISEQ-500平台第三篇文章发表！_搜狐科技_搜狐网
A reference human genome dataset of the BGISEQ-500...

大力水手

之前是cPAL，现在是cPAS，这个S就是合成。（参见
http://omicsomics.blogspot.hk/2015/10/this-weekend-brought-formal-launch-of.html，不知道理解对不对）很好奇怎么绕过I家的边合成边测序专利。

大力水手

10.28 已经标明了禁止转载，竟然还被『生物探索』这个公众号无耻抄袭了，没有注明出处。这个，能不能有点节操啊伙计们
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泻药。有错误或者偷懒的地方（看心情）慢慢更
一句话：bgiseq500是远超预期的、有真正实战意义的国产测序仪（估计到广告法没有加上第一或者唯一之类的词但是其实大家懂的），是一款里程碑式的产品。
先照例对老东家来一发吐槽。bgiseq500的官网
BGISEQ500。不加www无法解析，排版疑似ppt内完成然后截图上传成网页，jpg的边界超过div边框以至于文字被切掉一半，分辨率尴尬，jpg保存时质量值低到无法忍受（包括logo）（简直就是qq截图啊是不是啊就承认吧，哦好吧不是，全网页从头到尾就一张图截图截不出来），所有文字无法复制、被搜索……
哎呀跑题了，还是说说BGISEQ-500这款测序仪本身吧。

• 定位：BGISeq-500（内部开发代号Zebra）从命名上就很微妙，看起来直接竞争对手就是illumina 家的NextSeq 500。之前也有两款国产测序仪，中科紫鑫BIGIS-I和华因康PSTAR-II，在这个贴里我觉得还是不要拿出来被嘲讽以及恶心老东家了。
  

主要参数：
通量：BGISeq-500: 8-200G，NextSeq 500：25G-120G
读长：BGISeq-500: 50SE/50PE/100SE/100PE，NextSeq 500：75SE/75PE/150PE
质量：BGISeq-500: Q30 bases > 85%，NextSeq 500：Q30 bases > 75%/80% （嘿嘿）
运行时间：BGISeq-500: ~24h，NextSeq 500：12-30h
可以说是，两家500全方位正面刚！NextSeq 500的主要目标客户就是医院、检验所级别的中小型规模应用场景，有别于Hiseq定位于测序工厂，Miseq定位于实验室高精度快速的科研用途。通量可上可下，可以做人类全基因组测序，也可以做Nifty。从官方数据上看，两家500各领风骚，各有千秋。BGISeq-500 在通量上更灵活（FCL、FCS两种芯片高低通量搭配），而Illumina家再读长上更有优势。Illumina家的测序质量经过市场检验，虽然BGISeq官方给出Q30以上的碱基达到85%，但并未根据读长、PE/SE模式给出具体数据，所以看到真正的raw data之前，我对测序质量暂且不进行评论。运行时间相当，都在一天左右，对于要求快速产出的医学检验有非常大的吸引力。

• 技术：联合探针铆钉聚合技术（cPAS，cPAL是CG家的SBL技术，L=>S是不是意味着改成SBS？但貌似又不完全是，官方貌似完全没有使用过SBS这个词）以及惊艳的DNA纳米球技术（DNB）
  

官方公布的两个核心技术就是cPAS和DNB。之前猜测BGISeq-500是基于边合成边测序（SBS）技术的（BGI向helicos购买了专利，可能与SBS有关？），然而现在公布的是cPAS，把CG家赖以生存的边连接边测序技术cPAL改了一个字到cPAS，是不是就算是SBS了呢？很玄妙。如果不是SBS而依然是SBL，怎么能做到100的读长而且运行时间这么短，我也很好奇，希望各位大神解毒。不排除前东家只是刻意在回避SBS这个词，即便是用了SBS，BGI应该也应该准备了足够对策（BGI近期的专利收购、illumina家的专利漏洞、我朝的专利壁垒什么的）。
DNA Nano Ball纳米球技术，依然来自CG，但是头一次现场看到解释真是非常惊艳！非常惊艳！非常惊艳！！一坨坨DNA落在纳米格里面，克服了illumina家扩增中造成的CG偏好性偏差之类的，看起来是非常美的技术。芯片密度达到光波衍射的极限，工业技术上也非常令人佩服。具体的不太懂，配一张美图（分辨率不在地，毕竟我是在『截图』画质的基础上又截了个图）。



不过这个技术带来的另一个让人好奇的地方就是，怎么实现PE（双端测序）。每个孔里只有一种分子只出一种光信号，貌似是没法直接输出成对reads的。于是我非常浅薄地猜测，PE是在建库过程中实现的，大概方案可能类似与『 后口动物胚层反转』（请有生物学基础的同学脑补）。即是一个文库的需要测序的两端，通过连接连在一起（类似于illumina家的mate pair。中间可能放几个碱基做间隔），然后再一次测通。这样有一些问题：比较重要的是，一对paired-end reads的测序质量会有显著差异（如果动用了SBS的话，3'端测序质量是回显著下降的）；如果要有特殊用途，像illumina家短文库读通的reads（比如文库长度250bp而两端各测150bp，其中大约有50bp重叠区域被测了两次，相当于直接构建了一条长度250bp的read）不可实现。BGISeq-500的PE实现方式想象图（帕金森画技请欣赏）（有其他答案补充说是MDA技术，会放到BGISeq-500官网，MAD==Multiple displacement amplification？常用于单细胞测序的多重置换扩增？有待确认）：

• 价位：大概是良心机器（咳咳需售后维护），猜测是无比良心的试剂，不管是BGISeq真牛比，还是不那么牛但能倒逼无良的illumina家降价，总之大家肯定是有福了。
  

官方声称仪器成本比同行低三分之一（不知道是仪器售价还是成本还是运行起来以后的成本），个人基因组（没有说深度？默认30x好了）价格（还是成本？）6699，甚至低于x ten的8000左右。后续维护成本不知道如何（嘿嘿毕竟是第一台机器，不稳定什么的应该是预期以内的事情），但实际成本一定会大杀无节操的、对试剂任性定价的illumina的嚣张气焰。
总之，老东家威武。希望你大大以后出国见客户，可以带着高铁，核电，以及测序仪。