如何评价三款问世的国产测序仪（华大BGISEQ500，中科紫鑫BIGIS，华因康PSTAR-II）？

风云

众所周知，我前东家华大基因发布了受关注已久的基于SBS策略的自主研发测序仪BGISEQ500，据称可实现PE100测序，但具体参数恐怕要等ICG10时才公布。与此同时中科紫鑫也声称完成BIGIS-I系统的开发（读长200~1000bp，通量5~400Mbp，技术蓝本为454），华因康宣布PSTAR-II测序仪问世并获得CFDA批文（读长10～30bp，通量0.3~2Gbp，技术蓝本我不大清楚）

此三款测序仪优劣各自如何，能胜任的项目及目标市场大概如何（动植物科技服务、人重测序、唐筛、meta，etc）？对比与illumina和life家的各层次的测序仪（好吧勉强加上cg家的通量 #以及体积# 巨无霸revolocity），是否具有实战优势（不考虑CFDA突然发文说三甲医院及其服务项目只许用国产仪器这种狗血剧情），还是象征意义大于实践意义？

当然，最好有见过其真实数据的人出来吐吐槽，毕竟官方数据还是官方数据
原文地址：https://www.zhihu.com/question/36657633

队长是我

我在发布会现场，来自问自答吧。。。回去慢慢补充
bgiseq500从数据上看实在是远超预期了
已经在一个新帖里写了比较详细的答案，我觉得并没有必要与我提到的其他两款率先公布的国产测序仪做什么比较了。。。直接与illumina 的NextSeq 500做了比较，请移步
如何评价华大推出的BGISEQ-500？ - 夜神K2 的回答 围观指正

卡卡

　　中科紫鑫从2014年初开始说要开展试用活动，之后高调宣传，又是开“推介会”，又是举办“中国基因测序技术产业发展高峰论坛”，建立“中国基因测序技术与产业促进联盟”（哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈），见：中国基因测序技术产业发展高峰论坛成功举办。但实际的试用工作，目前来看（2015年底）没有任何消息。

　　这不禁让人怀疑他们的测序仪到底能不能用，研发到了什么程度。该公司号称他们的测序仪读长能到1000bp，我觉得非常可疑，从他们发表的那篇所谓的文献里看，最大读长只能稳定在500bp左右，而且发文章嘛（虽然文章发表在一个只能呵呵的期刊上），肯定是要拿最漂亮的数据出来的，所以实际读长肯定还要低，估计不会超过400bp。通量更是短板，号称最多能产出400Mb/run，实际情况则不得而知，只能让人自行想象。另外，测序仪的试剂是由谁供应，是否稳定，测序仪的软件做的怎么样，是否有一些成型的应用，这些都不得而知。

　　外人所看到的中科紫鑫是一个只会把“做中国人自己的测序仪”挂在嘴边的公司，简直是逗B，“中国人自己的”能怎么样样？现在的市场和科研都是高度全球化的，喊这种狭隘的口号能骗到谁？还宣传阴谋论，说如果中国人都用米帝的测序仪，米帝得到了中国人的数据，将会对中国产生不利，云云。搞笑，米国鬼子一直提倡分享数据，人家把自己的数据都公开出来了，怎么就不怕你对人家使坏呢？再说，测序原理是外国人的（纯山寨454），CCD是外国人的，可能还有其他核心部件是外国人的，你怎么还用呢？

　　今天看到新闻，任鲁风已经辞去了基因组所的工作，“专心致志的做BIGIS基因测序系统的市场和推广工作”，见：中科紫鑫首席科学家任鲁风博士为您揭秘国产基因测序仪BIGIS研发经历。不知道谁来研发这台测序仪，看起来任鲁风是要专心卖仪器了。但他的仪器到底能不能用？谁都不知道。

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　　我觉得还是有人不知道紫鑫药业炮制惊天骗局 被证监会立案稽查这件事情的，不明白的人可以去了解一下，然后自行想象这样的公司能做出些什么事来，以及他们涉及测序仪的目的是什么。

长长的路

对比一下:
GS FLX Titanium （454）: 通量700M，读长700～1000bp. 特点：高精度，昂贵，衰落中。
Illumina HiSeq 2500: 通量1T，读长2x250bp。更先进的HiSeq 4000等一系列测序仪已经上市了。Illumina的特点：昂贵，笨重，强大，缓慢。
Ion Proton™：通量10G, 读长200bp. 特点：便宜，轻巧，快速，商业模式（卖服务和试剂）。
PacBio RS II : 通量500M~1G, 读长5k~40k. 特点：读长，测序无碱基偏好性; 但通量是硬伤。
显然易见，就功能上讲，这些国产测序仪完全不能与主流测序仪相抗衡。但测序仪也不能简单的以通量作为唯一的评价标准。比如说，对于医院和中小型研究所来说，大型的Illumina HiSeq完全没有竞争力。相反，低通量、快速又廉价的Ion Proton是个更好的选择。再比如说，人类单基因疾病筛查和诊断并不需要太长的读长，PacBio RS II在这里就没有竞争力。因此，无论Illumina，Ion Proton还是PacBio， 都开发了各种大型测序仪和小型测序仪，在各个方面展开白刃战。那么，国产测序仪有没有可能在成本和灵活性上高出外国测序仪呢？
首先说中科紫鑫的BIGIS-I系统。百度搜索映入眼帘的是
中科紫鑫|做中国人自己的测序仪!，十足的民族主义范。中科紫鑫自己声称“达到并部分超越国际主流设备技术指标”， 可惜的是，链终止法是早已过时的东西，454在国外已经停产了。我可不信中科紫鑫拿外国淘汰的技术可以作出好东西。而且BIGIS的读长根本达不到1000bp, 勉强达到了500bp。所以说，他们宣传的东西根本不可信。参见
http://www.cas.cn/ky/kyjz/201109/P020110922544469154734.pdf关于华因康的测序仪，没有找到任何技术资料。不过读长10～30bp, 真没有太多用处。产品介绍页面介绍产品重要性能参数时，赫然写着”短信通知和远程桌面功能“，”造型简单时尚搭配更加合理的人机界面颇具科技感“，你卖手机的啊？
BGI测序仪，东家，不评价。
我以为，如果中国真的想做好测序仪，在外国人的屁股后面跟着跑是毫无用处的，中国需要弯道超车。比如说，纳米孔测序发展一直不顺, 但仍然是有较大潜力的，比如
DNA sequencing improved by slowing down，中国可以在这方面增加些投资。

长长的路

长度30bp的东西没有卵用。
454战斗力只有五，没通量没有卵用。那个1k的长度对于基因组复杂区域然并卵。
华大的那个可以期待下，不过需要和illumina刚正面还是有些困难的。毕竟illumina的上游实验方案、下游软件成熟而丰富，但华大那个好像是4-read的，软件需要重新撸。

卡卡

作为本行业的个体户，唯一让人有那么一点欲望去购买的，就是华大的机器。
====2017年11月30日更新======