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[分享] pcr结果主要分析什么?

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发表于 2024-9-25 22:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
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发表于 2024-9-25 22:57 | 显示全部楼层



PCR是分子生物学的核心技术,功能强大。可在体外高效快速地对不同来源的特定DNA或RNA序列进行酶扩增。标准的PCR反应由目标DNA、一组目标DNA序列旁侧的合成寡核苷酸引物、一种热稳定DNA聚合酶(通常是Taq聚合酶)以及核苷酸组成。在热循环仪中,每个扩增循环分三个阶段:首先,双链DNA(dsDNA)变性成为两个单链DNA;其次,引物退火与目标DNA序列结合;最后,   DNA聚合酶从引物开始延伸DNA进而产生一条由一条新链和一条母链组成的新双链DNA。而循环中新产生的每条DNA链都会成为下一个循环中的模版,因此只需20个循环DNA就可以增加100万倍。  
逆转录酶 PCR (RT-PCR)如果感兴趣可以到默克www.sigmaaldrich.cn看具体内容。。

RT-PCR,或称逆转录PCR,由标准PCR技术衍变而来,可对从极少样品中提取出的特定信使RNA进行扩增。免去了传统克隆技术中冗长的信使RNA提纯过程。在逆转录PCR中,除使用标准PCR反应物外,还可使用逆转录酶和RNA样品。其中逆转录酶在反应被加热到37摄氏度时可从RNA样品中合成一条互补配对的cDNA拷贝。然后,这条cDNA链与引物退火配对合成第一条链。之后按标准PCR的流程生成双链DNA。逆转录PCR经常与实时定量PCR(qPCR)结合,广泛应用于细胞及组织转录水平的定量分析。

热启动PCR
热启动PCR技术用于在热激活执行前抑制反应中热启动Taq聚合酶活性或阻止经修饰脱氧核糖核酸的聚合。控制热启动聚合酶的活性的方法多样,包括化学修饰、抗体介导及适配体介导。
利用终点PCR对较长目标准确扩增

终点PCR通常在反应完成后用于探测目标是否存在及其相对丰度。由于附加了具备“校正”功能的元素,标准PCR能合成序列的长度最高为5000个碱基对。而兼具长度及准确度  (LA)的PCR结合第二种具有3’  5’  外切酶功能的热稳定聚合酶可修复末端核苷酸错参,所以不仅能够扩增长达40000个碱基对的DNA目标链,还极大地提高了其准确性。
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发表于 2024-9-25 22:58 | 显示全部楼层
PCR全称聚合酶链式反应,英文Polymerase Chain Reaction,根据实验类型的不同分析的目标也不同。常规的PCR实验是针对某一特定的核酸片段,进行复制、剪切、延伸,使目标片段呈指数型增长。
PCR结果分析什么:
1. 引物与探针的合格度,因设计的引物与探针不同,目标片段的扩增效率与自结合程度不同,通过观察PCR扩增结果,可以分析设计的引物与探针是否达标。
2.疾病诊断,对于某些商品化PCR检测试剂盒,则是通过对某种疾病或核酸型特定的核酸片段进行扩增分析,以判断样本内是否有该疾病或该样本的某一基因型,前者如新冠检测试剂盒、乙肝检测试剂盒,后者如叶酸基因型判断以指导用药。
3.单纯就结果分析这个步骤,一看扩增曲线(一般在QPCR仪)是否有指数增长,是否达到阈值线以判断阴性/阳性,二看培养产物,检测ds DNA,看一共培养出多少目标片段,三可以看片段长度和纯度,比如用层析法之类的老方法看出来的条带。

如果说还有其他的问题,也可以再留言探讨。

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发表于 2024-9-25 22:58 | 显示全部楼层
1、如果有标准曲线,按照标准曲线计算。
2、一般都是相对量,则用delta delta CT方法来计算。
3、举例如下:对照组基因A的CT值为20, 内参(比如βactin)CT值15。实验组基因A CT值18,内参CT值14。
4、首先算加样量:delta CT=15-14=1。2的1次方是2。也就是说实验组的加样量是对照组的2倍。基因A: delta CT=20-18=2。2的2次方是4。也就是说基因A的量在实验组是对照组的4倍。但是由于加样量是2倍,所以4处以2=2,最后的相对量是2倍。
5、需要注意的是:必须确定扩增的特异性,只有相同目标的CT值才能相减(扩增效率有可能不同),2的某次方只是理论值,实际扩增效率低于2,最好不用Syber Green。
我这里建了实验相关圈子,另准备1000份相关仪器选购指南,欢迎评论领取~
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发表于 2024-9-25 22:59 | 显示全部楼层
PCR的结果是扩增出目的基因,主要可用于下面几个分析:
1.将PCR产物用于测序,测序结果经过比对(NCBI)确定其物种身份。
2.有些引物为特异性引物,对于一些形态上或(和)分子上难以分辨相似物种,使用这种引物PCR的结果可以作为物种鉴定的一种依据,主要依靠该引物针对相似的几个物种的PCR产物大小不同而区分。
3.另外一些实验,例如克隆,利用PCR进行检测是否转入了目的基因。
这是本人所认知的PCR应用
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发表于 2024-9-25 23:00 | 显示全部楼层
我是本科学生,我们做过实时定量pcr的实验(SYBR green染料),目的是检出样品里是否含有特定的异物。当pcr软件有了结果后,我们会关注,每孔反应孔的阈值(表示是否含有特定异物),熔解曲线(表示反应体系是否被污染,如引入了别的DNA,或引物自身拧成双链)
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