本科生物科学想转偏算法的生物信息该怎么做?

奋斗的小鸟

我九月份大三，末流211生物科学专业，一直对计算机比较感兴趣，研究生想做生物信息偏算法的方向，但是我担心这个方向的导师会更想要计算机背景的学生，请问有什么好的建议吗?

原文地址：https://www.zhihu.com/question/660218073

队长是我

利益相关，给协和医学院配过一次服务器。后面基本了解了你们这行需要些啥东西。你们这行其实很像数据科学。
1，要能写代码。主要是Python，R。有些情况也需要Java，Matlab，乃至Perl，scala这种语言。我个人建议你从Python和R开始搞。网上的免费资料已经很好了。
先是敲代码，后面不断自我提升。我举个例子。你能自己编译jdk么？这就是要在工作中去学的。
2，掌握基本的Linux命令。就是能在Linux环境下干活，不要对命令行有恐惧感。实际上你学几个月就会觉得命令行非常爽。我推荐你可以看看北京邮电蒋砚军老师讲的那个Linux。不过那个是可以给你彻底解决Linux问题的那种。你甚至没必要学那么深。
3，杂活。比如pip，conda，乃至后面可能需要的docker。入门，在下推荐自己写的一篇文章：(1 条消息) conda、anaconda、pip、torch、pytorch、tensorflow到底是什么东西？ - 知乎 (zhihu.com)
还有一个很好的就是MIT的著名课程，CS学生缺少的那一门课。系统的给你讲解git bash Travis这些东西。一开始不用学，后面慢慢学。我也是从普通人一步步走上来的。这些东西不是给普通人入门用的（当然如果你能靠这个入门，说明你能力很强，肯定比我强）。
还有一些杂七杂八的工具。比如MobaXterm。这些都是你在学习和工作中，慢慢培养的技能。包括不要在乱七八糟的网站上下这些软件这种知识（里面很可能有后门）都是你慢慢才能学出来的。
4，算法与数据结构。提升你的编程水平。
5，与你们行业相关的书。配着代码的最好。代码要反复去敲。不会了就问大模型。
最重要的：保持开放的心态，不断坚持学习与自我优化。

卡卡

感觉他们说的都太好了，特别是一楼博主，他说的这些建议和内容不止是在你转专业的时候有用，甚至你以后出来工作也会涉及到他说的某些知识，但更多的还是只有在工作中才能学习到的，我们公司招聘的时候很多人都是生信相关专业出来的，但问起问题来就像小白一样，但有生信的基础带起来就很容易，基本上一两个星期就能自己上手了

感恩由您

很简单，把离散数学，数据结构和各种编程语言学学好，自己学有余力了去把清华大学的系统生物学数学原理过一遍，你没有高数线代基础的话会看着很吃力，所以建议你把数学也补修一下，防止后面导师让你做个简单的算法应用，你连抄都不会。
其次，所有市面上现在应用的开的测序数据分析你都要过一遍，别把pipeline不当回事，能把这些流程跑下来实际上已经跟厉害了，结合一下湿实验如鱼得水，实际上不会有哪个wet lab会严辞拒绝你，具体哪些？建议你的学习顺序是，bulk rna ChIPseq ATACseq 甲基化seq WGS ，后面就是单细胞层面的数据分析，会稍微难一些，但先了解原理，然后跟着代码跑就没什么问题，空间转录组学也可以学一学，代码都可以看我主页发过的文章，完整文章复现教程和代码几乎都给出来了(不是打广告，想看就看)
另外你能有这样的想法其实是非常好的，交叉学科挺好的，但需要你学习很多很多的内容，你生物的基础也千万不要落下，后面会为你做课题复现idea雪中送炭的

感恩由您

如果你们学校允许跨学院跨专业选课的话，去学点计算机专业的基础课，比如离散数学、数据结构和算法设计、数据库原理。如果学校有开机器学习、人工智能方向的课的话，学完上述基础课以后也可以选一下。这些课学的知识不见得以后都会用上，但是对想走算法方向的来说很有帮助，也顺便能帮你更好地了解自己是不是真的适合走这个方向。

感恩由您

1、提升编程水平：（我自己是林学，可以划分为生物学大类，我不知道你说的对计算机感兴趣具体是指什么，但是我个人的经验来看周围的同学对计算机感兴趣也就是能折腾折腾重装系统这些，基本很少有人专门去学习编程）。如果没啥编程水平就抓紧时间学习python，https://mp.weixin.qq.com/s/riZRx8YXFXCXc_YW0tpvdQ 我的这个推文里介绍了一些和python相关的电子书，第005本~Bioinformatics Algorithms 这本书介绍的是非常经典的生物信息学算法和python的实现代码，不管将来从事什么方向的算法开发，了解这些算法对你应该都会有帮助。如果你已经有了编程技能，不管学的是那种语言。都可以试着用自己会的编程技能把这些算法实现一下。
2、提升英文水平：最好拿到雅思托福成绩，读研或者读博首选去国外，即使没有去国外的想法也要好好学英文，因为需要看大量的英文材料，包括技术文档，论文等。
3、学数理统计和线性代数：目前我的认知里大量组学数据最终都是转换成数值矩阵，处理这些数值矩阵的算法大部分都是和数理统计相关的。
4、最好现在就联系本校的导师，加入他们的课题组，去参加一些科研项目（不是专门做算法的组也没有关系，有科研项目的经历也是很重要的加分项）。

（暂时只能想到这么多，想到其他方面再来补充）