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[分享] 网上为什么对基因检测的口碑不好?

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发表于 2024-9-1 08:06 | 显示全部楼层 |阅读模式
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发表于 2024-9-1 08:06 | 显示全部楼层
因为“不准”。
作为这个行业的从业者,我常常收到这样的反馈:为什么你们的报告说我是个胖子,但我实际上很瘦啊?或者:太不准了,不会推荐给朋友的。(当然也会有人觉得“哇,好准”,这里就不多说了。)
那就讲讲为什么不准吧。

基因和环境:
除了单基因遗传病、血缘关系这样100%由基因决定的情况外,大多数时候,你的疾病和你在生活中的某些特点既受遗传基因的影响,也受你的性别、年龄、教育、饮食、运动、情绪、疾病、生活方式、外界环境等等因素的作用。
我们把后面这些统称为环境影响的话,那么大概可以这样表示:


假如整个方块代表你在某一个疾病或者某一个特点(表型),基因和环境的作用分别用一个圈来表示影响的程度。那么这两者加起来等于100%,而基因这个圈圈的大小,就直观反映了遗传度的大小。
有时候,基因的影响程度大,比如你能不能喝酒、会不会乳糖不耐、有没有腋臭、耳垢是干的还是湿的,它们的遗传度就很大。


有时候,基因的影响程度没那么大,而是更多地受你的生活方式的影响,它们的遗传度就小些,比如你的皮肤状态,情绪状态,等等。皮肤是不是水当当这件事,遗传度就只有11%——更多地取决于季节变化、你居住的城市,以及你有没有用大宝。


而有时候,一些表型几乎完全是遗传基因的作用,那么基因对这个表型的影响程度就接近100%,比如你(生物学)上的性别,你是不是爸爸妈妈亲生的孩子,以及某些遗传病。


基因的影响程度越高,检测的结果也就“越准”。比如用基因检测来做亲子鉴定,准确程度是99.999……%,总之很多个9。基因检测也可以用来对某些遗传病、罕见病进行确诊,也是一样的道理。
反过来,遗传度越小,基因检测的结果就越“不准”。所以,即使科学家发现了某些基因可以影响人的智力、身高、责任心、会不会出轨等等等等,这种影响的影响程度相比于后天的作用,通常也是有限的。所以,这些项目的基因检测结果,也就“不准”。

Heritability Vs. SNP heritability
还需要说明的是,遗传度的数据往往是根据家系的资料或者比较同卵双胞胎和异卵双胞胎在表型上的差异后,通过统计方法计算出来的。而当科学家真的去研究具体哪些基因导致了这些差异时,他们往往不能穷尽其中所有的遗传因素。
换而言之,科学家目前只能解释遗传度(heritability)的一小部分。现在常用的一种研究方法是全基因组关联研究(GWAS),通过这种方法,科学家们找到的是对这种表型的影响程度最显著(差异有统计学意义)的多态性位点。
比如,你是不是容易被蚊子咬这件事(别笑,这很严肃),科学家们就做了这样的研究。


他们分析很多、很多人的基因序列,并且通过问卷询问他们是不是招蚊子。分析结果时,他们把不同染色体的基因按照从1号染色体到X号染色体的顺序排列,然后用纵坐标表示对应位点对于结果的影响程度。影响程度越大,点的位置也就越高。远远看去,这有点像纽约曼哈顿鳞次栉比的高楼,所以这种图,就叫曼哈顿图。
看到那跟细细的灰色线了吗,灰线以上,代表这个位点的影响程度,达到了统计学意义(不能说灰线以下就没有影响,只不过在这个样本中科学家们没有找到足够的证据)。
这些“差异显著”的位点是不是能够解释全部的遗传度呢?还不行。根据家系研究得出的结论是,招蚊子的程度的遗传度的64%,但是这项GWAS研究找到的位点,只能解释招蚊子程度的9.1%。这个9.1%被称为SNP heritability。


基因检测公司,就是根据这类研究中找到的位点来计算你是不是容易被蚊子咬。所以你看,对于招蚊子这件事,基因检测实际能告诉你的,是这9.1%。
由于不同公司可能引用了不同文献来源,纳入了不同位点进行计算。所以有时候,就会出现同一个人在不同公司检测的结果不完全一样的情况。无论如何,没有任何一家公司敢说,我测得肯定和你的实际情况一模一样准(如果这么说,一般是骗子)。他们所说的99.9%的准确度,是针对于所检测位点基因型的判断准确程度,而非对于这些基因型的解释。

“不准”≠“没用”
我们拿“吸烟有害健康”来做个类比。
吸烟会增加心血管疾病、肺癌等许多疾病的风险,这一点已经被许多研究证实了。但尽管如此,你还是可以举出许多反例:我七舅老爷几十年的老烟枪了,一天四五包烟,照样活到九十九。
拿个体举反例没有任何意义,如果你找10000个抽烟的人,和另10000个除了不吸烟外,其他条件都差不多的人,那么抽烟的人中最终患肺癌的人数,一定多过于对照组。
所以,你抽烟,不代表你会得肺癌,但是如果老婆跟你说,吸烟有害健康,让你别抽了。肯定没错。
基因检测也是一样的。虽然携带了某些基因特征不代表你一定会如何如何。但是从整体看,有同样特征的人,更容易发生某些疾病,或者更可能有什么身体特质。

DTC基因检测公司的两难
实际操作中,基因检测公司也面对着这样的两难:是给用户一个不怎么准确的定性结论,还是告诉所有的科学背景,由他们自行判断?
作为用户,只看结论是简单的,但完全理解整份基因报告则很难,需要一定的专业知识(尽管所有同行们都在通俗性上做了很多努力)以及极大的耐心。如果只告诉用户科学背景而没有结论,恐怕没有用户愿意接受。
所以折中的方案往往是,先告诉用户一个定性的结论:从遗传角度,你更倾向于如何如何。然后再通过补充更多的细节告诉用户,还有哪些环境因素会影响你的结果,或者我们所检测的位点是哪些,对应的研究是什么样的。
为了解释为什么“不准”,各公司也是很拼的。有些公司会告诉你基因影响和环境影响各占多少,有些会告诉你预测模型的准确程度(有时候,准确度只比掷硬币略高一点儿)。同时为了让预测结果越来越准确,各公司也都不停地紧跟前沿科学进展,不断优化算法。
(题外话:如果引用了新文献、纳入了新的位点进行计算评估时,就有可能出现用户结果变化的情况。这时候不要生气,不是他们之前测错了,而是优化了预测模型而导致的。)

“不准”的检测还要不要买?
利益相关,我当然希望更多人来买。
一方面是它真的已经便宜到令人发指的程度,科学家花了几百亿几千亿做科研,而用户只需要花几十块几百块就可以把这些研究结论应用在自己身上。
另一方面,这些信息对自己确实是有帮助的。尽管基因检测的报告不能准确地“预测”你的现状和你的将来,但是你所携带的突变对你确实会真真实实地产生影响(影响的程度有大有小)。所以,如果能够更多关注报告结论背后的科学依据,而非只看结论后关掉,那么你可以知道自己携带了哪些突变,这些突变的意义是什么,你又该通过什么方法来弥补这些突变带来的效应,等等。
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发表于 2024-9-1 08:07 | 显示全部楼层
虽然我是在医院里面上班,但是其实对于基因检测这一块并不了解,产科接触到的大多就是无创DNA或者羊水和胎儿绒毛的检查这一类。后来知道了基因检测这个东西,其实还是在知乎上面看了很多,有推荐的,有吐槽的,各方面好像都各执一词。


如果要说对于基因和疾病的关系,最具有代表性的莫过于乳腺癌遗传基因,5%~10%的乳腺癌患者伴有遗传基因突变,遗传基因中最引人注目的是BRCA1和BRCA2基因。当年性感女星安吉丽娜朱莉,她就是因为检测出了由于母亲给她遗传了突变的BRCA1基因,因此跟普通人相比,她患上乳腺癌和卵巢癌的几率要更高,分别是87%和50%。她决定采取主动,采取预防性的乳腺切除。也因为这个新闻,让更多的人了解到了原来检测基因还能知道自己患有癌症风险的高低。


我的姥爷在我出生之前患肾细胞癌去世,而我的舅舅胃癌,发现的时候已经是晚期,目前已经算是只能尽量延长生命,估计时间也不多了。我也曾经查过一些资料,担心妈妈和我也许会有这方面的遗传风险,也曾经在体检的时候,给爸爸妈妈都做了一系列的肿瘤标志物的检查。
当时我在知乎上看过一些对于现在比较火爆的基因检测的文章,拿给我一个知乎的朋友看,他告诉我说,其实基因检测这个东西,并没有有些人吹嘘得那么神奇,但是也并不是说就那么一无是处,如果觉得价格能接受,自己想测测看还是可以的。


之所以网上有那么多对于基因检测的负面评价,我觉得跟某些过度宣传和夸大的吹嘘有很大关系,比如可以检测出一个人的出轨风险,难道测出自己的伴侣出轨风险高,就去怀疑对方出轨吗?毕竟人不是动物,除了生理冲动还有伦理道德的约束,还有后天教育和性格的差异,所以这点我也觉得很扯。
我们所做得这一类消费级基因检测,跟医院里进行的基因检测相比,更像是一个全面的体检和预防提醒,同时还带有一些趣味,让你更了解自己的身体,同时在今后的生活中知道自己有什么需要重点注意的方面,而我们应该清楚的意识到:基因检测并不是精准医疗,不要抱有“做了我就知道怎么治病”,甚至“做了我就能知道自己买哪个牌子的护肤品”这么神奇的想法,不然会觉得很失望。
基因检测的内容中,我个人觉得生活疾病检测外,对于癌症,遗传疾病,精神疾病方面的检测,也是比较有意义的一些方面,所以我在购买的时候,着重看的就是这方面的检测。对于一些比较虚无的东西,什么天赋什么单身基因啦,我觉得咱们还是看看就行了。当然最主要还是看个人意愿,自己想选择什么样的产品,想知道关于哪些方面的内容。


我看了知乎上的很多推荐,基本上都有提到采用WES专业级全外显子组测序这种检测方法,因为这种方法检测的基因产品,除了可以直接发现相关的遗传变异,能够获取个人基因的原始数据也是一个方面的优势。本来以为这种检测用的还是血液,就好像做亲子鉴定似的,后来自己做的时候看到才发现,检测步骤操作起来非常简单,只需用里面的小棉签刷刷刷就可以完成了。
完成采样后可以直接密封好寄回,然后就可以等着自己的报告出来啦!
虽然平时我自己也有健康体检的习惯,但是真正儿八经的看看自己有没有基因突变的癌症风险,皮肤状态的检测,以及这么多慢性疾病的风险还真是第一次了解那么清楚,而作为天底下最为关注减肥和护肤的女性群体一员,我觉得这点非常有意思:


皮肤年轻度(这个结果让我心中小小臭美了一下),肤质,美白能力,皮肤光老化,晒黑风险,晒伤风险,色素沉着风险,皱纹形成风险,皮肤保湿能力,糖基化风险,氧化应激风险等等,今后护肤心里面也更有底了,因为我基本上不相信美容院里面那一套,相比之下还是这个报告觉得更靠谱一些,毕竟人家连参考文献都给你列出来了。


而对于疾病遗传风险、膳食敏感、药物指南、营养需求、污染敏感等,我觉得也是很多人也非常关心的一个话题,尤其是有优生优育打算的女性。
目前市面上一些比较成熟的基因检测产品,已经不仅仅是出个报告就拉倒了,而是在基因检测、报告生成后,仍然会有后续的一系列服务,比如CircleDNA会有专业的遗传、营养以及运动咨询师团队为消费者提供一对一的咨询服务,并给出针对性的健康指导与预防建议。
平心而论,通过亲身体验,觉得基因检测没有我们想象的“一测知人生”那么神奇,但是也绝对并非很多人吐槽的那样根本就是个骗局,毕竟我们做这个,也不是为了抓药治病的目的,而是相当于提前预警。如果要说得通俗点,相当于给自己做了一份关于自己的高科技研究,把自己的方方面面了解得更清楚一些,以后需要多注意的一些疾病方面,需要多关注哪一些的问题,这些方面对于我们的健康还是有很大意义的。
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发表于 2024-9-1 08:07 | 显示全部楼层
利益相关放在前面:
本人供职于国内生物公司,公司的子公司提供基因检测相关服务,但本人工作内容与基因检测并无重叠,但是为了避免不必要的负面影响,本回答匿名。
首先声明我没有必要写水文,我在公司是做科研服务的,和基因诊断没有业务重叠;其次知乎聚集了大量生物专业人才,写水文分分钟被揭穿。当然你如果看到这里还觉得下面的文字一定是水文的话,请默默的关闭页面谢谢。
------分割线------先回答问题------
基因检测口碑不好简单说是三点因素导致的:
1. 基因检测是一个新生事物,很多条件手段都不成熟,尤其是对数据的解读距离“精准医疗”四个字还差得远,目前通过基因检测能够获取的结果还远远达不到人们心中高大上的预期;
2. 基因检测市场是受资本驱动的,不少企业受利益驱使,吃相难看,卖东西基本靠忽悠,以至于整个行业的口碑都受影响;
3. 基因检测公司夸大宣传,把骨感的现实吹的太丰满,懂的人觉得水分太大,不懂的人购买产品之后心理落差太大(不过夸大宣传在哪个行业都有,君不见多少化妆品公司大卖的精华素都有“干细胞修复”功能,怎么不见你们黑..)。
------分割线------我要开黑了------
本来我是不想回答这个问题的,但看到上面对于“尊贵指数”的计算,以及“每个位点的『实验室成本』大概是几块钱到十几块钱”的言论,真是让人想起之前朋友圈盛传的“iphone成本只要1000元”。
计算成本只把试剂和外包服务的价格算进去实在不厚道,测序仪多少钱,数据分析的超级计算机多少钱,运行这些仪器是实验室多少钱,房租物业水电多少钱,做实验和分析数据的人力资源多少钱,毕竟开公司不是高校,没有科研经费拿来买仪器,也没有一个月几百块就给你拼命干活的研究生。
此外有答案提到了国内公司普遍没有数据积累,所有数据都是公开获取的数据库。那么从数据库和文章中获取这些数据也是需要人力的,至少要雇几个相关专业的硕士吧。那么知乎上相关专业的硕士们,这样一个每天查文献的工作,给多少钱你愿意做呢?
对于新生事物一堆冷嘲热讽,知道的人明白你黑的是无良公司,不知道的人怕是要把整个基因诊断产业跟某些毫无科学根据骗人钱财的灰色产业归为一类了吧,这样真的大丈夫?
------分割线------最后是一点人生的经验------
基因检测现在不是不可以做,但是这个产业的确是鱼龙混杂,鱼目混珠的公司太多,对于有一定知识基础的人,我建议只考虑以下两类产品:
1. 只检测几个位点,价格不超过500元的产品 这类产品价格不贵,而且基本上针对的位点都是研究比较成熟的,对特定的疾病类型还是有一定的指导意义的(当然儿童天赋什么的就算了吧..);
2. 使用高通量外显子测序技术(推荐),或者极高通量的SNP芯片技术的检测产品 选择这类产品除了可以拿到解读的报告外,更为关键的是可以获取关于个人基因组的原始数据,即使一些公司不提供终身数据解读,未来也一定会出现专业做数据解读的公司,数据在手没准什么时候就用得上l。
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发表于 2024-9-1 08:08 | 显示全部楼层
一个人的精力总是有限的,K神说的有两家公司我是闻所未闻,暴露了孤陋寡闻了,,,,天狮泰济生和精皮士,今天着重查了这两家公司,真真是惊倒了,特别想写一篇题为“骗钱非骗钱,乃是智商税~”的文章,但是我胆子小怕被追杀,等哪天有俩后台翅膀硬了再出来骂人好了啦~
1、天狮泰济生应该走的是高端私人医院路线,环境好,妹纸靓,多收你点钱怎么啦,简直是天经地义人神共嗯啊,对于这一点我一向没有什么疑议,花钱买舒心,花钱卖服务一向是那些有钱人资本家富二代的权利,但是你打着科学的幌子去欺负人家脑子不够用就不好了呀~不是说好了众生平等的嘛~看看这高大上的价格,您是不是觉得特别配得上您尊贵的身份捏??看看他们的网页,是不是特土豪特亲切?ur 没想到天狮是中国民营企业五百强真是小女子孤陋寡闻了,哦!还是天津市高新技术企业,好啦,啥也不说了人家只是卖的贵了一点,有钱人的命当然要更值钱一些是吧,多交点税也没什么,呵呵呵呵。。。。。。。。。
2、精皮士
不多说,赛先生的一篇文章就可以知道杭州精皮士的前世今生了~~~
世纪佳缘推“基因配对”,科学还是忽悠?_赛先生_光明网
关于基因的概念精皮士都玩儿过了,单身基因、基因配对、儿童天赋基因、乳腺癌基因。。。。怎么说呢,感觉真是荡秋千,忽悠忽悠的~
对于大众来说,先尝试一下较为便宜的基因检测产品,了解一下到底什么是基因检测,基因哎,DNA哎,遗传物质哎,很严肃的事情,可不是闹着玩儿的!!!不学学怎么行呢,等着被忽悠呢。然后等到真正有需要了,比如遗传病筛查、癌症诊断、无创产前等,再找一些更加专业的机构来做一次检测吧~所以说K神说得对消费者的市场教育很重要,一些有良心能做大底子硬的企业自然会担起这个重任,快点拨点经费搞宣传教育吧,别让一些个人把水搞太混啊。。。熟话说,易污染,难治理啊。。。。。造谣一日,辟谣千年啊。。。。
对于我来说,之前在美国的时候做过23 and me 99刀的检测,前段时间也体验了基因猫的平民检测包,相对来说,我喜欢平民化的东西,因为本身也就一小底层。。。23 and me的SNP位点够多了,我更期待基因测序的价格能快点儿降下来,1000软妹币我就考虑去做一套外显子全测序,不管能解读多少,数据就存在那儿好啦,啥时候有发现啥时候给我发个email更新一下就行啦~一次付费,终身服务,多爽!
哎,我发现谁也没提到人种问题啊,所有的人99.6%的序列都是一样的,剩下那一点就决定了How special and who you are,这一点里面不同的人种突变概率确切的说SNP分型是不同的哟,所以你看各大公司争先恐后的炒作大数据的概念,其实,我觉得这些数据哪是公司研究出来的啊,都是一些高校院所的基础研究发表的文章,小公司拿来用用罢了,至于怎么用的我不是学生物信息的不太懂哎。至于以后积累到什么程度,就看你能不能活下去并且活的好了,像23 and me,3000个帕金森病人卖了6000万美金,已经是是业界楷模了。。。。。。。。。。。。。。。。
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发表于 2024-9-1 08:08 | 显示全部楼层
好吧我其实就是想随便找个地方把我的微信公众号内容发一遍而已……转自我的微信公众号『如何选择一款尊贵的基因检测』。这个……既然已经使用『尊贵』这个词了,那相信题主能够多多少少从这个冗长的答案里寻找到一些口碑不好的缘由。。。
丑话说在前头:转载请跟我商量,抄袭的话那只能祝您生殖细胞来源于嵌合体胚胎了
# 介于有人表示读了半天没读到正文,我把答major revision的问题放到后面了 #
========= 正文分割线 【一本正经地胡说八道隆重开始了】==========
我决定,今天要对『基因检测』行业进行惨无人道地一派胡言泼脏水——尤其是让大家别在迷恋23andMe这种拉低基因检测尊贵程度的产品,并真诚地向大家推荐几款尊贵到你意想不到,尊贵到你骨子里,哦不DNA里的基因检测。为了便于泼脏水,我创造了一个概念,叫做基因检测的『兄贵』哦不『尊贵指数』。总的来说,尊贵指数就是指检测产品价格与通量(检测了多少个基因组位点)的比值。为了稍微减少运费和必要成本对『尊贵指数』的影响(尤其是通量比较低——用人话说就是检测的位点比较少的情况),设计了计算时公式如下(默认双向包顺丰、耗材包含二三十块的国产采集管):
尊贵指数 = (产品价格 - 往返运费46元 - 包装和耗材费用30元) / 检测位点数
嗯,这个公式看上去真是非常合理非常细心非常尊贵啊。
再说说我们的调研对象。其实如我刚才所说,『基因检测』是有很多个维度的。对于针对片段测序的检测,作为一个生物博士,作为行业的吐槽分子,我不隐瞒自己的观点,但是我今天,不讲 #总理铿锵脸# (好吧稍微讲了点,在补充材料1)。而市场上2C端最常见的基因检测,其实都属于『SNP分型』检测(啥叫SNP分型请看补充材料2)。于是乎我就在老板出差不在没法盯着我干啥的情况下,搜罗了一些比较有名的基于SNP分型的基因检测产品,进行尊贵指数的计算。搞了个表,总结产品、检测的位点数还有售价,妄图搞个大新闻(位点数获取方法详见补充材料3)。




  • 良心插入:所谓『通量高低』指的是不同的检测技术手段。如果是用PCR(精皮士)、Sanger测序或者质谱测序进行分型,那等于是『一个位点一个位点』地检测,会标为低通量。这样每个位点的『实验室成本』大概是几块钱(最便宜的PCR)到十几块钱(最贵的Sanger测序)。如果商家设计了测序芯片(官网介绍、新闻搜索),一次性检测完所有位点,则标为高通量。显然,通量越高,每个位点的相对检测成本就会越低(当然并不意味着越不尊贵)。对于高通量的策略,一张测序芯片可检测的位点从几百到百万不等,然而其成本差不多都是几百块到一千出头,所以其实放在一起比较也没那么不妥。高通量产品和低通量产品,理论上是最好不要放在一起比较的——毕竟低通量本身成本就高,很容易被我们误以为『很尊贵』。对于低通量产品,每个位点的实验室成本大概十来块,算上宣传、渠道人工等等各种成本,尊贵指数在100以上,那真心就是很尊贵了。而对于高通量产品,尊贵指数达到1都已经是相当尊贵了。

呦西,万事俱备了,我们以售价为横轴,闪亮登场的的『尊贵指数』为纵轴,通量为大小来搞个散点图,看看哪些产品比较贵,以及哪些真正天生尊贵。


看到没有!看到没有!天狮、360基因的VIP套餐、联合基因以及优普迪U23,比你们贵到不知哪里去了!而我本以为天狮、联合基因和优普迪,可以凭借其直销模式的高贵出身,直接霸占尊贵榜头筹啊!!但毕竟像天狮和联合基因都自甘堕落,与屌丝出身的、来自美帝的、用心险恶的23andMe一样使用了高通量芯片,以至于很可惜的没办法在贵的同时彻底保持其尊贵特性啊!!我们还是重点看看单位成本非常接近的低通量产品吧。完全没有预料到达安基因的产品可以出位啊!远远超越了直销的低通量产品U23啊!达安基因不愧为公认的业界领头羊!良心满满的上市公司!科班出身不负众望!用『一个SNP就能搞定一种儿童天赋』这样的黑科技,靠九个位点、售价三千六的产品A+动力,直接比你们不知道尊贵到哪里去了!不知道尊贵到哪里去了!尊贵到哪里去了!哪里去了!去了!了!!!
而其他这么多产品,真是既不贵也不尊贵,没法忍了。为了照顾这些不争气的产品,不让他们挤在左可怜的下角,我们还是稍微对售价和尊贵指数都取个log,矮子里面拔些将军吧。否则不生个娃的话,还不能选择一款尊贵的基因检测产品了吗??



ummmm……不过貌似不管怎么搞,几个国外的高通量产品以及逻辑相近的WeGene,包含了一坨坨位点和祖源分析,都是彻底尊贵不起来了……其他的产品取了log以后纷纷看起来尊贵多了呢!博奥颐和的女性多发肿瘤检测和定位相近的达安B+守护,远远甩开其他家的同类产品(比如也是跟乳腺癌搅搅搅但却颇为不尊贵的精皮士女性乳腺癌检测和华大的知因保)。素以『廉价务实』著称的精皮士,也用力甩开『接地气』这个让人无缘尊贵的包袱,推出了针对儿童、男士、女士的中产阶级次等尊贵套餐,奋力追赶行业领袖!!这些产品,光荣并坚决地和天狮、联合基因和优普迪这些天生尊贵的角色,站在了同一梯队!颇为令人欣慰啊!刨去带有祖源分析的屌丝产品不谈,令人同样欣慰的是,原本只卖1999的最不尊贵的360基础套餐已经下架,摇身一变成为三万多的360基因VIP套装,也算是有所追求奋起直追啊。老东家的知因保和微醺,以及老东家熟人单飞搞的基因猫和WeGene,真心都带有老东家不懂产品扶不上墙的色彩,唉……这样不尊贵,如何能好意思说自己是行业领军呢……
生怕高通量组选手感到不公平,所以还是把图分开画一下吧。本来这是一张帕金森手绘风格的图呢,结果怕发到知乎上风格太犀利吓到大家,所以还是来个温柔的ggplot吧。



最后,有了这么多尊贵的产品,『口碑不好』的谣言瞬间粉碎!去选择一款适合自己尊贵身份的基因检测吧。愿尊贵甲基化了你的DNA。
=========== 胡扯了这么多我整个人都甲基化了 ===========
【一本正经地胡说八道完,来个结尾吧】
呐,还是说点实在的话吧。前几天,WeGene的新货上了色魔张大妈(读起来好像哪里不对?),一天之内众测申请破千,貌似是要开启2C基因检测的好时代了。他们家售价也从1699直接拍脑袋拍到999,甚至比23andMe搞得更便宜了(当然也得感谢23andMe拿到了FDA的妥协而突然涨价了一倍到199美刀),简直是一副炫耀融资任性烧钱的姿态。999这个数,但在业界内行看来是要引起小型地震的(大概是华大公寓门口卡车经过的级别)——即便这不是我们在基因检测产品里能看到的最便宜的,但确实是最不『尊贵』的。当年360基因从两千块直接涨价到两万块,我是吓坏了的,进而是惋惜的——那时我刚好写了一篇360基因检测的评测,甚至不知道在那个节骨眼上该不该发出去。我知道360基因的这个举动,并没有什么非要义正言辞地批判的,毕竟市场如此,大家光是活着就已经竭尽全力了。于是我依然非常天真地希望,消费级的基因检测产品,至少能少点搅屎棍——不管是鬼畜的定价上,恐吓的推销模式上,还是像『天赋』一样满是槽点的产品设计上。我也非常真诚地希望,有良心的产品可以赚,有良心的商家可以活,同时,谎可以不说。就这样吧。
=========== 补充阅读材料 Supplementary Note =============
1. 针对『片段测序』的基因检测:就是不只测某个点是啥而要知道某短序列从头到尾都是啥。覆盖度从高到低,包括基因组测序,外显子组测序(只测基因组中编码蛋白质的部分——用人话说就是『比较有用又读得懂』的部分),捕获片段测序(比如说乳腺癌检测里常见的BRCA两个基因的外显子全长测序,无创唐筛也是针对某个片段拷贝数变化的比较特殊的一种)。
2. SNP分型的通俗但不确切的解释:其实我们每个人基因组里绝大部分的序列都一样,有区别的、又在人群中又一定比例的只有很少的位点(每个人大概有三四百万个,对比于全基因组30亿碱基),于是这些位点被我们称之为SNP。为了找到个体差异,定位到个体中这些不一样的点并获得其基因型,就是SNP分型。有些SNP的某种基因型已被证实与性状、疾病有关,于是对个体的基因型进行分型,就可以对性状、疾病风险进行预测。具体更科学的解读请自行维基。
3. 关于位点数目的获取:像23andMe、华大的两款产品、达安A+、B+这些产品是直接公布了检测的位点数的。对于不公开检测的位点数的,获取的办法如下:1)数。去模拟报告或者产品网页上数位点数,比如Hi基因、精皮士;2)搜。有些新闻里报道过产品检测的位点数,比如基因猫、WeGene;3)爆料。比如优普迪的U23、360基因,直接有卖家或团队成员告之。4)模式匹配。像博奥的女性多发肿瘤检测,官网没有检测位点信息,但之前知因上有过活动,貌似是相同产品,数据就直接拿来用了。5)小道消息。比如联合基因和据说其实一样的天狮……可能会不准确,但是其实你懂的,计算尊贵指数,数量级没有差别的话,其实是没什么影响的。

=========== 对major revision的意见的回应 =============
其实我发在知乎的才是比较早构思而且比较客观的版本。受篇幅、专业术语密度所限,我发在微信的文章删掉了很多内容(比如分开高低通量来评测),也将很多该花笔墨说明白的东西放在了最后的supplementary note(比如高低通量的成本差异、不同通量芯片的成本问题、自主设计位点和无法解释的所谓冗余位点的问题等等),而估计没多少人愿意好好把我的补充材料读完,所以会对正文很多过于暴力的处理方法产生一些抵触或者误解。所以既然发在知乎呢,就肯定可以多花点笔墨,正经的补充和自我吐槽都会插在原文里。那篇发出去的几个major revision的意见以及回应包括
1. Q:样本不够广泛,尤其是外国有很多与23andMe类似的高通量产品,没有放进去,弄得好像倾向性很明显。
A:说得对,我开始比较懒,于是我根据建议加了一些外国的产品。当然了,加入了外国的产品,国内外的尊贵指数差异分化就更明显了。
2. Q:高低通量的产品不宜一起比较,而且芯片通量跨度本身就比较大,所以没有对通量做加权处理的话貌似有失公允。
A:是的,其实我开始是高低通量分开比较的。但对于测序芯片,检测的位点从几百到百万不等,然而其成本差不多都是几百块到一千出头——是差不了一个数量级的,那何不做点多位点的、更有价值的产品呢?基因猫也是定制芯片,测100个位点,卖300块钱;360基因是定制芯片,测3000个位点,卖过2000也卖过三万;天狮和联合基因也是定制芯片,测五六百个位点,卖三四万。这么说理论上基因猫的单位成本应该最高才对啊?事实这么明显,你们纠结这么点儿鸡毛蒜皮的理由,是干啥呢你说。
3. Q:通量越高的产品其实冗余越高,是否要排除?
A:嗯,我开始做这篇的时候,由于23andMe和WeGene两家比较特殊,所以都是有所有位点和自主设计位点两个版本的,但是考虑到微信受众和篇幅,解释起来挺恶心的,所以还是在知乎再补完这部分吧。23andMe家采用的是illumina家的半自主设计芯片,大概是55万个固定位点外加大概5万个自行设计的位点。WeGene也声称采用差不多的芯片设计模式。55万的固定位点中,很多位点是依照千人基因组计划和人类单倍型计划HapMap发现的SNP在人群中的频率而设计的,现阶段只有很少一部分才能用来对我们关心的性状、疾病进行解释(5万自行设计的位点其实足以远远cover我们现阶段能够解释利用的位点)。因此在原本除去冗余的版本中,只计算了这两家5万个位点。可是啊现在又让我加了Ancestry和Geno 2.0,也不知道这两家所谓冗余是多少,于是就干脆又不做单独的去冗余的版本了。其实由于产品之间定价、通量差异太大,其实这一个数量级的差异,根本就是,丝毫没有影响。
4. Q:客户只关心能解读、应用多少东西,并不关注有多少位点,而23andMe绝大部分位点都根本没有解读条目。
A:怎么说呢,也对也不对。一方面除非故意捣乱,否则位点数和潜在的可用信息一定是正相关的。另一方面,毕竟我们现在能解释的部分很少,测了许多现在无法解释的位点,不代表未来就没有用——而且很多家都承诺终身解读——没有承诺的,大多是因为他们只测了目前就可以解读的位点,并没有什么好更新的。这部分赠与自己未来的、有待发掘的价值,还是指望市场教育慢慢来吧。另外一点,说个实话,光是一个祖源分析,就能吃掉几万个位点,却只看到一个条目的解读——而且,算法还远比那些一两个位点的难搞太多。正是因为如此,我们才很少在国内看到这些『价效比』很低的分析。『祖源分析』算是很能反映产品诚意和技术实力的东西,所以我个人非常不倾向把这部分的位点拿掉——而且比起一个位点解读一种儿童天赋的玩意儿,那真心是良心到家了。那些暂时无法解读的东西,可以用来做未来的『健康大数据分析』(正如23andMe的各种健康调查,甚至是莱温斯基的裙子是蓝黑还是白金的调查,具体怎么做请自行维基GWAS),并可能在未来提供更多的解读——自己做GWAS或者卖给科研机构或药厂。PS,友善地提示VC们一声,只有在收集数据时包含这么多暂时的『无用信息』的产品,才有『大数据挖掘』价值。只测那些人类已经解释过的位点,还声称要做大数据,还是让他们洗洗睡吧。
5. Q:不要迷信『性价比』,不要迷信『参数』,也要看到背后的成本和服务价值。
A:这个论点非常政治正确,我绝对同意,而且绝对有话要说。举个例子,抱歉不是SNP分型产品的例子而是外显子测序的例子。同样是乳腺癌相关的两个基因BRCA1和BRCA2,美帝知名公司Myriad Genetics敢卖2000刀,而有同样服务的华大只敢卖2000块。实验室成本相同的产品,为什么呢?不是说(只)因为华大更有节操、中国的成本更低。Myriad可不是只测目前GWAS出来的在人群里反复出现的这几十个位点,而是整条BRCA1和BRCA2基因的外显子测了几万份了——那真是,见得多了,BRCA上哪一种突变人家没见过?而且这些数据都是不公开的,都是他们家私有的,正是有这种数据基础,他们才能有一个非常有力的模型,来预测各种突变的风险——直接告诉你哪里有个SNP你在某岁之前患病几率是百87%什么的。另外,Myriad找安吉丽娜做公关要花多少钱(可不像国内哪个公司都能随随便便拿人家来站台),专利官司打了多少年,这都是成本。正是因为这些,人家卖2000刀也照样有人买。也正是因为这样,才有开源项目收集BRCA突变信息来试图打破Myriad的垄断,而最近安诺优的陈重建也声称要建乳腺癌基因筛查的风险评估模型。大家能这么拼命和『堆砌成本』,因为看到了其『背后的价值』。而只测几个几十个已知位点的,哪有什么模型可建?又敢问哪个位点是这些公司自己通过家系研究或者GWAS或者模型研究出来的?不都是公开的东西拿来直接用吗?测了一个SNP位点就能告诉说孩子有弹钢琴的天赋,你到是说说这个SNP背后的所谓服务价值是什么?送我一台钢琴吗?你花了什么成本,好意思把一个实验室成本十块的、对别人研究出来的位点的检测,以400块卖给我呢?所以,别当大家都是傻子,讲不出来自己的产品有什么比别人不知道高到哪里去了的成本、比别人强到不知道哪里去了的『价值』,我们还是乖乖地看『参数』吧。
6. Q:低价就是烧钱,明明这个行业还是蓝海为什么要陷入价格厮杀呢?
A:咱们卖的那个玩意儿,他顶多就值这么点钱。根本不是价格战的问题,是特力A的问题。现在有比微醺体验更舒服的2C产品么?微醺的开发者说:收这么低的价钱,是因为我们做的不够好。其他人自我陶醉去吧。
7. Q:是不是倾向性太明显了?
A:没错,我就得爱喷,真相不是科普出来的,都是骂出来的。我开始的初衷是黑一下天狮、联合基因这种传销货色。可是人生真是不可预料……好好整理了一下市面上常见的产品算了一下,才发现竟然有一个位点卖四百块的东西,我真是叹为观止了——做出图来之前根本就想!象!不!到!特么的还是行业里非常知名的公司,还被大家说是推出了很有时代意义的2c产品。我在收集数据时,还发现有此公司为了推自己的产品,借记者之口说『哎呀我们家女性两癌检测才卖一千多你看华大那个卖四千,你说这行业多没标准啊真是可怜了我们这些良心商家』。自己好意思把一个位点卖好几百,好意思那SNP分型的产品和别人外显子测序产品比,还好意思说『行业缺乏标准』,真是呵呵一脸。正如同我讨厌『基因』的概念,我现在也无比厌恶『基因检测』的概念——什么都叫基因检测——测无创唐筛叫基因检测;测一个位点检测小屁孩儿的脑洞天赋也叫基因检测,测了全基因组也叫基因检测;测了几个SNP位点叫乳腺癌基因检测,测了21个跟乳腺癌基因有关基因的全外显子也叫乳腺癌基因检测。然后,行业知名的公司们不但不做市场教育,还拿这些大众听不懂的东西骗人,真是棒。其他的,你们爱咋理解咋理解吧。反正我就是一个喷子,没法平静地忍受很多价值观不兼容的事情。
总之,暂时就是这样,有什么问题再说。
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