抗体检测为什么质谱的方法不常见？

莺歌燕舞

来源：知乎
本人生物医学专业，在和化学系的同学交流时了解到“质谱通用型极强而且同一时间可以测定很多东西而且还能半定量而且速度还快”。但是对我而言质谱的方法不如沉淀反应荧光免疫测定等常见，甚至在生物实验中都不太常用，这是什么原因？（当然也有我孤陋寡闻的因素）
谢谢！

原文地址：https://www.zhihu.com/question/375227821

同花顺

这不是巧了么，我在质谱数据分析这个领域还是有些经验，不少质谱数据分析软件在国内是由我来support的，所以我可能认识了最多国内做质谱的学校和科研单位。对你这个问题有些我的体会。
1.贵，平台能做好质谱得有人，人才也算比较缺，以我在业内的了解，真正懂质谱，也懂数据分析算法的人不多，要能招来这些人维护平台也很贵。有质谱的单位虽然不算少，用于抗体测序的高分辨质谱也不算特别多，另外能用好的单位，全国数一数也就那么些。仪器贵啊，要用上ethcd碎裂才能准确区分I/L，等等。
2. 要看你抗体检测什么，目的是啥，有些WB能做的，确实可以不用质谱来做。什么方法都有它的适用性和特点。
3.在抗体生产过程中液相检测方法用的多，质谱也会用于一部分表征工作，质谱仪器厂商也在推进往标准中写入质谱方法。所以这里也有点怎么突破行业技术垄断的问题。
有什么关于质谱分析的技术问题，可以跟我交流。

同花顺

一、质谱没那么玄乎。“同时测定很多东西”和“速度快”是相对的。前者，很多仪器都能多组分检测，但很少有不变更检测条件，即可将所有需要的组分一下子解析出来的便宜事。后者，样品前处理消耗的时间才是重点，即便做水都需要前处理，上机十分钟，前处理则可能五六小时，只谈上机时间是仪器经销商经常干的事情。
二、质谱没那么便宜。仪器设备也存在鄙视链，而且越发盛行，早就固化了“不买进口质谱都不好意思说咱实验室有质谱”的潜意识。一般情况，有单四极就想串接，TOF、IT、FT也不是不能想，各种开脑洞般层出不穷的联用仪也不能缺，以及必须达成的实验室环境。这些玩意的价钱不少专业网站都能了解到。而做个免疫沉淀反应撑死了才花多少钱？
三、生物化学虽然含有化学两个字，但其思考问题和解决问题的方式方法，绝对和化学区别很大。
四、随着相关的应用越来越丰富，生化实验室配质谱的已经不少了，而且增加得厉害。

清风寡欲

1.因为蛋白类的药物非常容易被吸附
2.因为碎片离子太杂了
3.因为碎片离子太杂了，所以特异性也不好（随便一个离子对通道都有好多峰）
4.因为分子太大了，所以分子太少了，所以灵敏度问题也很大

华得森生物

首先说结论：需求不同决定了工具不同而不是相反。
对于表征和选择抗体的需求来说，沉淀免疫荧光等方法简便适用，应付动辄几十上百kDa的抗体分子游刃有余，对照实验容易设计，自然是平时吃饭的家伙。
而化学系同学如果对质谱的了解只是泛泛自然会说出问题描述中的话，然而除了其他回答说的仪器昂贵的因素，高精度质谱对蛋白质分子的行为分析是受限于互斥的一对因素，即精度和分子大小的。对分子间相互作用的研究常常局限于十几kDa的范围，对于抗体分析是不适用的。
至于质谱本身的检测通量实际上取决于前置的分离系统和质谱源，检测器端的数据采集时间可以忽略不计。质谱技术的发展确实完全改变了tag中的蛋白质组学，蛋白质在经过酶切之后用质谱结合生物信息学工具可以方便的获取组学信息，否则在前质谱时代蛋白质组学面对的是下图shit一样的电泳。



E. coli蛋白质组双向电泳

长长的路

因为现在的生物研究完全就不想知道具体发生了什么事情，绝大部分根本就不会去考虑生物过程的化学本质。当你把所谓的信号通路、表达的上下调抽象出来，而不是实实在在的当成一个化学反应或者化学过程(包括扩散、相分配等广义上的)来看，实际上根本就是拒绝认知的态度。而当你实际上需要对这些东西进行本质上的了解，那质谱就是几乎跑不了的重要工具了，至于能干嘛，我就随便举几个例子。
第一个文献：Nat. Chem. Biol. 2012, 8, 486
Adenanthin targets peroxiredoxin I and II to induce differentiation of leukemic cells找了个化合物，细胞上活性很好，然后你想知道为啥，怎么找？？
这玩意的套路就是合了个Biotin探针，这种也是很常见的了，然后去做了个亲和分离，用亲和素树脂跟探针从细胞裂解液里面做个配体垂钓，然后这货运气好的很，银染完了干净得很，然后现在问题来了，就问你怎么知道那个银染的条带是啥？？


扣下来打质谱呗。酶切成肽段然后用质谱测肽段的序列，简单来说就是在质谱内用CID或者ETD打碎肽段，然后可以测到分子量，大部分氨基酸分子量不一样，用质量可以拼出序列里有的氨基酸，然后用不同的碎片拼出整个肽段的序列，拿去数据库里面搜，然后搜出来。
常规的药理如果不做具体结合的蛋白和抑制的原理只需要对着常规通路来一顿WB，具体结合的是啥，结合了干嘛这些都没人关心的，质谱当然就没用了。
再来一个：Anal. Chem. 2016, 88, 9495
Understanding the Impact of Methionine Oxidation on the Biological Functions of IgG1 Antibodies Using Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry其中一个例子，IgG重链的两个甲硫氨酸氧化会影响其与 FcRn的结合，用氢氘交换质谱研究了两个翻译后修饰(甲硫氨酸氧化)对Fc片段构象的影响及构象的变化对结合的影响。
最后一个：Angew. Chem. Int. Ed. 2016, 55, 10909
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/anie.201605011一个EGFR抑制剂的研究，用质谱确定了化合物与蛋白的结合比例，然后用碎片确定结合的位置(共价结合，CID打断肽段还是更多)


例子还有很多，反正只要涉及到对于蛋白或者其他生物大分子(糖，核酸，脂质等)的反应研究，也就是真正的分子机制，质谱虽说不是唯一工具，但至少是常用工具。生物发生的一切行为都是化学反应或者广义的化学过程，不从这种角度去看基本也就是图一乐。