我终于做了一个基因检测

青草

来源：知乎
嗯，如题目，就在前段时间，我做了个基因检测。
一、为什么要做基因检测？

其实主要是个人兴趣。
话说自从前两年商业化的基因检测开始火起来后，就一直在关注这个基因检测的问题，我也想知道下自己的祖源情况是什么，毕竟在讨论了这么久的O3系，我是什么情况，还是个问号呢。


看到各家写着各种有意思的介绍，也是蛮感兴趣的，比如，我的易感疾病有哪些，自己的祖源分析情况如何。 当然了，我不会迷信这东西，毕竟我就是做基因的，基因这个道道，自己心理多少还是有谱的。

前两年啊，那个价格实在是高，我当时看的报价不少都是999，这四舍五入一个亿啊。所以冲动了好几次，但是都在最后放弃了。反正都这么大的人了，基因组也比较稳定了，早点晚点都可以检测。
果然，前段时间，基因检测开始大降价了，价格不到500软妹币，可以接受，于是果断入手个WeGene基因检测试剂盒，然后开始了自己的基因检测之旅。

当然，一定有人问，你不是做基因的么，自己给自己检测不是挺方便的吗？

嗯，话是这么说的，可是，地主家也没余粮啊。


科研的经费那可是要严格的花，我要是用研究所的经费给自己做个基因检测，那是贪污国家公款，社会主义的羊毛可不容易薅！
当然，也有一种思路，就是做把自己当做对照。毕竟科学研究需要case-control研究，尤其是人的研究，比如研究药物是否有效，那么就要有两组人，一组是服用药物的，一组是服用安慰剂的，以此来排除安慰剂效应等。
然而，很不幸的是，我们研究的课题里，我连个对照都不配做……
既没有长寿到不需要续的地步，又没有短命到作对照的份上；既没有得病做case，又没有和患者处于对应的条件组（年龄，性别，地域），于是，做对照都不配。

所以，想测？自己掏腰包吧。

于是，就趁着现在价格可以hold住，给自己做了个检测。

二、样本收集

买的是WeGene的试剂盒，这家当初做的很火，算是市场里的龙头水平。价格也不贵，499.

顺丰寄过来一个小盒子，还蛮精致的。


打开盒子一瞅，这装置不错。
收集的是唾液DNA，然后把唾液沿着漏斗流进去即可，然后拧上那个盖子，释放里面的保存液。非常简单，全程2分钟搞定。


不得不感慨商业带来的巨大改变。
我们目前实验里提取DNA是以血液为样本，然后往往会用传统的办法来获取DNA，这个提取过程还是蛮耗时的。
而现在的商业化处理简化了很多步骤，的确非常便捷。

封装，寄出去，盒子里附赠了顺丰的快递单，所以不用自己出资喽。


接下来就是漫长的等待了。
期间倒是不断地发邮件提醒进度：
三、我的基因揭秘

其实基因检测比我想象的要快，这不，大概十来天左右，我就拿到了我的检测报告。
报告大概是分为以下内容，


首先是最好玩的祖源分析，这个是目前解读的最完善的一个。自从1987年美国遗传学家Rebecca Cann等于在《Nature》上发表了文章《Mitocondrial DNA and Human Evolution》，奠定了“非洲夏娃学说”，开启了分子人类学时代，从此，人类迁徙研究进入了快车道。而相应的，祖源分析也成为大热。

下面瞅瞅我的基因结果：
首先，果然如我的身份证所言，汉族。




这个没毛病，毕竟我们那地方啊，处于雁门关外的晋北地区，一向都是民族混合区域，比如幽云十六州就在那一块，宋朝时期好像还是辽国地盘，不过不是契丹人，没法和乔峰做朋友了。


接下来嘛，就是一些具体特征的解读了，比如遗传特征，运动基因，营养代谢等。
这东西，多少属于privacy，所以就不太多透露了。
挑几个好玩的东西来分享一下。
比如这个好玩的研究


我们知道同样是喝酒，有的人喝多少也脸不红，有的人喝几口脸就像熟透了的柿子，而出现这种情况的原因主要是和体内的一种叫做乙醛脱氢酶(ALDH2)的酶有关，这个酶负责酒精的代谢，属于研究的比较清晰的内容。
而我恰好在这个酶上有这个常见的突变：


不过还好是杂合，一半的一半。
比如来自这篇文章的描述（ref1）：

The ALDH2 gene has a common polymorphism, rs671 G→A, in East Asians, resulting in a Gly-to-Lys amino acid substitution in exon 12 of the ALDH2 that decreases the activity of alcohol-metabolizing enzymes. People who possess the AG or AA genotype tend to drink less due to alcohol flush responses

rs671是ALDH2基因上的一个常见突变，会导致其12外显子上的一个甘氨酸转换为赖氨酸，从而降低了酒精代谢酶的活性。而有这个突变的人，容易喝酒脸红。
有意思的是，这个突变可以说是东亚人（中日韩）的特征。



韩中日三国人脸重叠图

下面是来自千人基因组的结果，我们可以看到，只有东亚（EAS）拥有高比例的这个突变，而其他群体则基本上没有这个突变。


而即便在东亚群体里也有差异。
比例最高的是南方汉族（CHS），达到了27%，而日本人紧随其后（JPT），接下来是北方汉族（CHB），以及越南人（KHV，越族），而比较有意思的是，傣族反而很少（CDX）。

当然了，有了这个突变，事实还意味着在心血管疾病方面的风险，比如有研究也发现，该突变会增加。

ALDH2 rs671 polymorphism may be associated with increase risks of CHD (odds ratios [OR]=1.36, 95% confidence interval [CI]=1.06–1.75, p=0.017) （ref2）

也有这个让我upset的内容：


我本身是从老年性疾病的角度去研究长寿，阿尔茨海默病是我研究的重点内容之一，所以打开检测结果，一眼就看到了自己熟悉的内容。
比如，下面这个是提高风险的重要原因之一，该基因本身是编码颗粒蛋白前体的，


在之前的研究中发现该基因上的突变可以导致痴呆发病率提高，也就是我获得的患病风险。

rs5848(T;T) found a 3.2-fold increased risk vs C-allele carriers (95% CI: 1.50-6.73,
p=0.003) for ubiquitin- and TAR DNA-binding protein 43 -positive frontotemporal
dementia （ref 3）

不过这个突变在人群中本身也是不低的。


总体上这个位点的祖先型T比例还是不小的，大概占到了三分之一，当然纯合TT和杂合CT的风险肯定不大一样，我是纯合的TT，可以预测，我的父母肯定都含有T，也就是都有类似的风险，所以可能以后还要给二老也检测一下。

不过有意思的是，我最关注的APOE脂蛋白这个阿尔茨海默病的首要风险因子，我竟然是获得了不好不坏的结果


这个基因常见有3种分型：ε2、ε3和ε4，其中ε4基因型人群为阿尔茨海默症高风险人群，而ε2基因型人群则被认为是低风险人群。


所以，这还不是最坏的结果。
网站给的建议是：

1.拒绝主动吸烟及被动吸烟，避免暴露于烟草环境。
2.鼓励多参与社会日常活动，包括脑力和体力活动，改善情绪，平和心境，减少焦虑感。
3.经常性地挑战一下记忆力和智力。棋牌桌游，用这些游戏刺激大脑，让思维运转起来。 多动脑，时刻保持学习的热情和好奇心。
4.注意避免高危因素，如避免头外伤、避免病毒感染、注意心脑血管健康。

嗯，基本上是主流的对于阿尔茨海默病的预防措施。

当然了，要是老糊涂了，甩对方一张报告，看，这是基因问题嘛，皆大欢喜。

其他的还有类似不少内容，我基本上一一查询了下，蛮好玩的。
基本上的结果是，检测出突变，然后把突变和数据库报道进行对比，最后得出一些特征。
网站上还有一些第三方发起的解读


这个是一些用户根据数据进行的解读，准确度可能稍有欠缺，但趣味性更强且有效弥补报告本身涉及的广度不够的问题，有兴趣的可以移步去看一下，其中也有不少精彩的新研究。

最后，检测的结果，WeGene也提供了原始数据，包括两部分，一部分是核心数据60万个SNP位点，另一部分是imputation后的拓展数据，大概有1000万个点左右


下面是我的部分数据


这样我可以直接处理我的数据了（此处不建议非专业人士这么做哈）。
这是对我检测结果的处理


总体上，我感觉这次小实验可以说是物有所值，不仅看到了自己的祖源情况，还看到了身体上携带的一些突变。这样我可以做一定些针对性的防护，比如面对可能存在的心血管病风险，我就继续降低我的血脂喽。

1 Zhang, S-Y., et al. "Meta-analysis of association
between ALDH2 rs671 polymorphism and essential hypertension in Asian
populations." Herz 40.2 (2015): 203-208
2 Wang, Qi, et al. "ALDH2 rs671
Polymorphism and coronary heart disease risk among Asian populations: a
meta-analysis and meta-regression." DNA and cell biology 32.7
(2013): 393-399.
3 Rademakers R, Eriksen J L, Baker M, et al.
Common variation in the miR-659 binding-site of GRN is a major risk factor for
TDP43-positive frontotemporal dementia[J]. Human molecular genetics, 2008,
17(23): 3631-3642.

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部分问题
1，关于基因检测公司？
国内基因检测目前基本上是两超多强，各自经营自己的一亩三分地（测序领域，中国绝对是世界第一）。
比如：华大和诺禾主要是做科研领域的研究；
安诺优达之类的主要方向是医学检测（比如遗传产检和疾病检测）。
上面的检测都是很贵的，也更有针对性。

而普通人做的、没有特别针对性的（科研/医疗），就这一两家，不是这家就是那家，改天我再试试另一家的产品。
国际上做同类的是23 and me，不过这公司之前被FDA要求不允许做疾病检测，只能做祖源检测，貌似现在又重新开放了。
2，基因检测有啥用？
我觉得WeGene网站上这段话我很认同，这也是我认可的基因检测的意义所在：

人类疾病的发生是基因、环境共同作用的结果。很多不良环境因素（如空气、水质及农药的污染）和不良生活习惯（如抽烟、过量饮酒）都会使人体更容易产生疾病。人们可以通过基因检测来了解个体在不同疾病上的发生倾向，并进行相应的生活调整或干预，以期降低风险、延缓疾病发生。必须说明，人体的各种性状和疾病是基因和环境共同作用的结果，基因只对性状产生部分作用，基因是否表达也受到内外环境的较大影响。

基本上，人人都可以检测出风险来，但是风险几率不等于必然（开车有出车祸风险不等于开车就会出车祸），如果风险特别高，可以今后留意下呗。

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