新型冠状病毒可以通过以下几种方法检测
核酸检测法
基因测序
在未知病毒爆发时,对病毒进行全基因组测序可以帮助人们了解病毒的遗传信息,指导核酸检测产品的设计,并对病毒进行追踪和溯源。测序技术可直接解读出核酸碱基的排列顺序,DNA是ATGC、RNA则为AUGC的顺序,新冠病毒接近3万个碱基,比人类少多了,人基因组差不多是30亿。研究人士创新性地开发了纳米孔靶向测序检测方法,不仅能够检测出COVID-19,还能同时检测出其他常见的呼吸道病毒。
测序技术的最大优势在于高敏感性、高准确性,但由于仪器成本较高,依赖于专业人员对序列的解读,且检测时间较长,目前还不适用于大规模检测。
荧光定量PCR
实时荧光定量PCR是一种在DNA扩增反应中,以荧光化学物质测每次聚合酶链式反应(PCR)循环后产物总量的方法。通过内参或者外参法对待测样品中的特定DNA序列进行定量分析的方法。
新型冠状病毒疫情爆发以后,早期诊断成为控制疫情的关键,而荧光PCR技术成为首选的初筛检测手段。Taqman探针法是实时荧光PCR中应用最广泛的技术。TaqMan 探针的两端分别修饰了荧光基团和淬灭基团,由于荧光共振能量转移效应,荧光呈淬灭状态。在被Taq 酶切断后,荧光基团和淬灭基团远离,荧光基团重新发出荧光。靶标序列每扩增一次都会产生荧光信号,信号和靶标数量呈正比。通过测定荧光达到一定阈值所需循环数(Ct 值)来实现靶标定量检测。每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子产生。荧光定量PCR仪能够监测出荧光到达预先设定阈值的循环数(Ct值)与病毒核酸浓度有关,病毒核酸浓度越高,Ct值越小。由于其优异的灵敏度和特异性,荧光定量PCR方法是目前应用最广泛的COVID-19检测方法。
ddPCR
如果样本采集的操作不当、核酸在抽提过程中的损失以及体内病毒含量过低等都会导至荧光 PCR 方法出现假阴性的情况,导至漏检。ddPCR是利用微滴化技术将反应体系分成数万个液滴进行定量PCR 扩增,反应完成后利用微滴分析仪读取每个微滴的荧光信号,从而实现模板DNA的绝对定量。其本质是将定量PCR 的一次检测变成数万次检测。
ddPCR 技术具有绝对定量和高灵敏度的优势,其检测下限远低于荧光定量PCR 方法,降低了假阴性风险,大大提高了COVID-19检测的准确性。但ddPCR 依赖于昂贵的仪器,成本较高,因此普及度不高。
LAMP等温扩增技术
在65℃左右,DNA利用4条特异性引物(2条外引物和2条内引物)依靠一种链置换DNA聚合酶,使链置换DNA的合成不停地自我循环。环介导扩增过程中由于DNA产物量巨大,随之产生的沉淀物也很多,因此可以通过肉眼判定靶基因是否存在。
CRISPR
炙手可热的CRISPR技术,不仅是一种强大的基因编辑工具,也是有效的核酸检测平台。靶向基因组茫茫DNA序列中的特定序列,Cas13是一种依赖于RNA靶向的RNA核酸酶,专一的切割RNA,不切割DNA。世界上许多最常见或致命的人类病原体都是RNA病毒(例如埃博拉病毒、艾滋病病毒,流感病毒、SARS病毒等)此次在武汉爆发的新型冠状病毒,同样是RNA病毒,通过让被切割的RNA形成条带,形成视觉可见的结果,清晰直观展示病毒检测结果。