立即注册找回密码

QQ登录

只需一步,快速开始

微信登录

微信扫一扫,快速登录

手机动态码快速登录

手机号快速注册登录

搜索

图文播报

查看: 3408|回复: 0

[产业观察] 新一代测序离临床应用还有多远?

[复制链接]
发表于 2013-8-27 07:30 | 显示全部楼层 |阅读模式

登陆有奖并可浏览互动!

您需要 登录 才可以下载或查看,没有账号?立即注册 微信登录 手机动态码快速登录

×


新一代测序开启了未来个性化治疗的大门。两年前,华盛顿大学研究白血病的Lukas Wartman博士被诊断出患上了他正在研究的疾病。病情迅速恶化,没有任何方法能治好他。随后,他的同事对他的癌症基因组进行了测序,发现了问题基因,更幸运的是,找到了对症的药物。如今,Wartman博士的病情正在好转。这个美好的故事不仅让科研人员欢欣鼓舞,也为更多正面临痛苦的患者带来希望。

随着新一代测序变得更快速、更廉价、也更可靠,它有望带来疾病的重要线索,让医生挑选更精准的药物。然而,面对临床应用,新一代测序真的准备好了吗?Wellcome Trust 人类遗传学中心的Danny Ulahannan给出了否定的答案。他们在British Journal of Cancer杂志上发表了他们的看法。

在目前的癌症研究中,基因组测序、外显子组测序、基因表达谱分析、RNA测序、甲基化组分析等方法被广泛使用,以找到致病突变及其他线索。然而,与大多数组成型基因组不同,癌症是异质性、生物多样性的,且具有复杂的遗传变异。

癌症NGS面临以下几个方面的挑战。首先,样本质量不好,且数量有限。几乎所有的肿瘤样本都在一定程度上污染了正常组织;而且许多样本是以FFPE形式保存的,包含片段化、交联的DNA。其次,癌症基因组的分析相当复杂。研究人员已在癌症中发现了大量复杂的遗传变异,这意味着不能总是依赖标准的人类参考序列,基因可能以多个拷贝存在,染色体规模(结构)变化很频繁,而表观基因组的变化也很常见。作者认为,NGS在检测低频突变和鉴定结构及拷贝数变异上还有待改进。

同时,癌症异质性也是需要考虑的因素。癌症往往不是包括单个优势克隆,而可能含有多个亚克隆。目前还不清楚亚克隆对于肿瘤生长是否重要,但它们可能包含了临床上重要的变化,如赋予耐药性的突变。作者认为,单个活检样本也许并不能代表癌症的遗传组成。这可能会导致不适当疗法的选择。

许多癌症基因组是高度重排的,存在大量、大规模的突变,如易位、倒位、融合和拷贝数的变化。这些因素让肿瘤的NGS分析更加困难。而非人类的基因组序列也可能存在于肿瘤内,如致癌病毒或感染。

此外,生物信息学工具也有待改进。目前,大部分处理NGS数据的生物信息学工具都是为正常基因组而设计的,其应用程序背后的假设对肿瘤样本无效,因此往往会产生不准确的组装结果。而癌症基因组的分析需要医生和生物信息学家之间密切合作,以优化数据处理,确保所产生的数据是临床上可用的。

其他专家也同意这一看法。纪念斯隆-凯特琳癌症中心的Michael Berger认为,必须开发出更好的算法,才能可靠准确地检测异质性肿瘤中的突变。


楼主热帖
回复

使用道具 举报

发表回复

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册 微信登录 手机动态码快速登录

本版积分规则

关闭

官方推荐 上一条 /3 下一条

快速回复 返回列表 客服中心 搜索 官方QQ群 洽谈合作
快速回复返回顶部 返回列表