中国机构CNS月报（2013年6月）

莺歌燕舞

来源：生物探索
一、导语自然系列期刊在2012年的论文统计显示，发文140篇论文的中国科学院超过日本东京大学排名亚洲机构第一位，这也是Nature Index统计以来中国科研机构首次排名第一，反映出中国顶尖科研机构在数量上领跑亚洲。据生物探索统计，2013年6月份中国科研机构在Nature、Cell和Science三大系列期刊的总发文量是35篇，同比上升了16.7%，而前6个月发文181篇，同比增长了31.2%。
在生物学领域，三大期刊（Cell、Nature和Science）及其子刊，简称CNS，倍受中国研究人员推崇，他们希望凭借CNS在学术界的威望将中国尖端、前沿的研究成果向全世界传达。这些研究动态可谓是中国科研机构的最高水平。作者希望对此进行统计，以便于从发文成果追踪国内科研经费动向，同时，生物医药圈内的研究人员和学生可实时了解中国顶尖研究人员从事研究的的领域和方向。

二、6月份中国机构CNS发文与学术领域热度

（饼状图表示期刊论文百分数）

2013年6月份中国研究机构在三大系列期刊共发表35篇论文，包括Nature系列24篇、Cell 系列8篇和Science系列3篇，其中Nature主刊、Cell主刊和Science主刊的发文量分别是4篇、2篇和2篇。从数据上看，CNS三大主刊中Nature主刊（4篇）是发表中国机构论文的最多的，相比于5月份也是唯一一家发表中国机构论文略有增加的。发文中国机构论文一直处于上位的Nature系列期刊由5月份所占比例不足50%上升到6月份 68%。从地区上看，6月份发表30篇的大陆地区仍然是中国机构发表CNS论文的主体，而港台地区共发表5篇，这是近5个月内发文最多的。
6月份CNS发表的中国机构研究论文中，物理学领域（10篇）排在第1位，而上月排在第一的分子生物学领域下滑至第四位。生物化学领域和细胞生物学领域仍然列于第2位、第3位。从学术热度上看，以基因组学为对象的生物信息学研究持续成为热点，近10个月中国研究机构都有关于基因组测序的CNS论文发表，6月份发表在Nature Genetics的3篇生物信息学论文和Nat Struct Mol Biol的1篇生物信息学论文分别讲到宫颈癌易感基因位点、单倍体谷子基因组变异图谱、鸭子基因组和转录组以及人类肿瘤相关的长非编码RNAs。此外，在上图7个论文分类中，Cell系列刊和Science系列刊同时占有3个，而Nature系列刊却包括7个。

三、6月份城市&地区在CNS的论文和影响因子

（影响因子源自MedSci查询系统，取小数点后一位）

从CNS论文影响因子看，6月份超过100分的城市&地区有北京、上海和台湾，北京以250.7分卫冕排行榜，较上月下降了22.4%，而发文11篇的上海却由5月份的95.9分飙升至231分。从上图可以看出，北京和上海的CNS论文影响因子领跑其它城市&地区。
在6月份，北京（10篇）和上海（11篇）是发表CNS论文较多的，而其它城市&地区发表CNS论文数都不多，发表1篇论文以上的是台湾（4篇）、合肥（3篇）和杭州（2篇），而仅发表1篇论文的城市&地区是广州、武汉、济南、香港、深圳、厦门、大连和长沙。
对城市&地区的CNS影响因子统计，生物探索网站希望向用户提供关于地区研究水平的一项指数，让科研人员在从事各自研究领域的同时选择较高的研究平台和学术氛围。此外，由于论文来自不同的经费项目，因此城市&地区的CNS影响因子能从一个方面反映国家经费的分配比例。

四、6月份中国机构发文CNS的走势

（数据统计源自NCBI网站Pubmed）

在2013年1月至6月之间中国机构发文CNS的统计结果中，数据表明：Nature及其子刊发表的中国研究论文数量处于高位，总计112篇，本月排在近6个月的第2位；相反，Science及其子刊发表的中国研究论文数量处于低位，总计22篇，其中3月最高达到7篇。
Nature系列期刊的数量最多，它覆盖的学术类别和影响因子也较多，这是中国研究论文发表在Nature系列刊最多的原因之一；另一原因可能是，Nature系列期刊对中国机构的研究成果认可度高，从自然出版集团在上海设立《自然-通讯》编辑部一事可以看出，它对中国机构研究成果的重视。

五、6月份CNS发文机构论文量统计[td]

研究机构	CNS论文
	6月份发文量	近5年总数	总数
中国科学院上海生命科学研究院	4	72	100
清华大学	3	70	85
北京大学	2	44	53
中国科学院古脊椎动物与古人类研究所	2	11	41
上海交通大学	3	36	40
中国科技大学	3	28	35
香港大学	1	27	33
厦门大学	1	19	24
国立台湾大学	1	10	22
国立阳明大学	1	10	20
中国农业大学	1	13	19
浙江大学	2	15	17
国立清华大学	1	6	16
中国科学院大连化学物理研究所	1	11	15
中国科学院动物研究所	1	11	14
中国科学院上海有机化学研究所	1	9	11
中国农业科学院	1	10	10
中央研究院原子与分子科学研究所	1	6	10
华中科技大学同济医学院	1	7	9
同济大学	1	4	5
汕头大学医学院	1	2	4
中南大学	1	2	2
华南师范大学	1	1	1
南方科技大学	1	1	1
山东师范大学	1	1	1

（数据源于NCBI网站Pubmed）

从6月份中国机构CNS论文榜单上看，排名前三的分别是中国科学院上海生命科学研究院、清华大学和北京大学。在本月发文量上，超过1篇的研究机构是中国科学院上海生命科学研究院（4篇）、清华大学（3篇）、上海交通大学（3篇）、中国科技大学（3篇）、北京大学（2篇）、复旦大学（2篇）、中国科学院古脊椎动物与古人类研究所（2篇）和浙江大学（2篇）。其中发文4篇的中国科学院上海生命科学研究院是中国机构5月CNS发文最多的研究机构，而5月份上海交通大学以3篇论文量成为当月发文最多的研究机构。
在6月份CNS论文的统计数据中，除中国科学院古脊椎动物与古人类研究所、国立台湾大学和国立清华大学三家机构以外，绝大多数中国机构近5年发表的CNS论文总数不低于其CNS论文总数的一半，这表明近5年来中国机构发文CNS的速度和数量增加较快。6月份，华南师范大学、南方科技大学和山东师范大学都是首次发文CNS，除首次发文CNS的研究机构外，中国农业科学院和中南大学的CNS论文全都在近5年内。

六、6月份CNS论文通讯作者的项目数和经费[td]

研究机构	通讯作者	项目金额/万	项目数/个
中国科学院遗传与发育生物学研究所	李家洋	2177	16
中国科学技术大学	侯建国	2045	15
北京大学	王恩哥	2020	15
中国科学技术大学	田志刚	1909	15
中国科学院上海生命科学研究院	韩斌	1240	4
中国农业大学	李宁	985	11
中科院上海生物化学与细胞生物学研究所	徐国良	937	16
中国科学院上海生命科学研究院	罗振革	840	3
华中科技大学	马丁	734	12
清华大学	柴继杰	510	2
中国科学技术大学	吴缅	473	5
清华大学	吴嘉炜	470	3
复旦大学	夏永姚	409	5
中国科学技术大学	董振超	394	3
中国农业科学院作物科学研究所	刁现民	278	5
中国科学院上海有机化学研究所	唐功利	274	5
上海交通大学	范先群	234	5
中国科学院动物研究所	韩春生	174	4
浙江大学医学院	谢幸	150	6
厦门大学	李勇	115	2
中国科学院上海生命科学研究院	张雷	110	2
中国科学院古脊椎动物与古人类研究所	倪喜军	110	3
中国科学院上海生命科学研究院	赵允	107	2
中国科学院动物研究所	汤富酬	80	1
北京大学	李新征	80	1
吉林大学	胡继繁	70	1
中国科学技术大学	杨小鲁	40	1
复旦大学	陈东戎	30	1
同济大学	刘小乐	20	1

（数据源于NSFC）

对于6月份中国机构发文CNS的29位通讯作者（统计量不完全），国家自然科学基金项目提供了详细的项目金额和数量。中国科学院遗传与发育生物学研究所的李家洋研究员以2177万元高举榜首，项目数为16个；中国科学技术大学的侯建国教授和北京大学的王恩哥教授以2045万和2020万分列第二、三名，他们的项目数都是15个。
排名前10的通讯作者分别来自北京（4位）、上海（3位）、合肥（2位）和武汉（1位）。其中，北京地区4位通讯作者位于项目金额榜前十位之内，这反映出北京位列6月份CNS中国机构影响因子之首的经费基础。

七、受关注的权威看法上海生物信息技术研究中心李亦学：科研数据难共享阻碍国内生物科技发展

上海生物信息技术研究中心主任李亦学的“科研数据共享之梦”已做了13年。但在近日举行的首届金桥产业技术创新会议上，当记者向他问及相关进展时，听到的却是一声叹息。
13年前，“大数据”尚未被任何字典收录，而今却被公认是全球生命科学研究的核心工具。李亦学告诉记者，科研数据难以共享已成为国内生命科学研究的一大障碍；而在大数据时代，其负面效应还可能被继续放大。
李亦学透露，国内一批院士和重量级专家正在起草一份报告，建议国家借鉴美国、欧洲、日本等的做法，建立国家级生命科学数据库，从而打破共享瓶颈。作为该调研报告的参与人，李亦学表示，在技术上，共享“不存在任何障碍”，国家应尽早落子布局。
——一辈子的难题，几个月解决
在生命科学领域引入大数据工具，将给研究带来极大便利。科学家用传统方法可能要花一辈子才能解决的难题，大数据可能只要几个月就能找到答案。
一个典型案例是“腓骨肌萎缩症（CMT）”的研究。这是一种常见的遗传性神经系统疾病，患者最初会感到四肢无力，随后逐步恶化，最终可能终身离不开轮椅。
CMT早就被认为与基因突变有关，但全球科学家寻找致病基因花了20多年，始终不得要领。不过就在两三年前，美国一个小组对一位CMT病人连同他的10多位亲属进行全基因组测序，随后对所获得的数百GB的数据进行了“简单的比对分析”，很快就精确定位了那条致病基因和发生突变的位点。
李亦学表示，能够获得和整合数据，然后再进行快速和精准的分析，已成为生命科学研究的关键。目前，中国已成为世界领先的不断产生生物学与生物医学大数据的国家。然而，中国生命科学的数据共享却与发达国家差距巨大。他判断说，国内课题组之间的数据共享一直是一个“小概率事件”。
李亦学13年前回国，曾经的理想是建立具有国家权威的公益性的生命科学数据中心，推动国内的生命科学研究数据共享。但迄今进展不大，这让他无比遗憾。
——只给看论文，无法看数据
美国是生命科学大数据产出和应用的领先者，不仅数据量和分析技术领先，而且在数据共享方面也是如此。
李亦学告诉记者，美国国立生物技术信息中心（NCBI）存储了分子生物学、生物化学、遗传学领域的海量数据，一大批计算机专家和生物学家维护着这个庞大的数据库和自动分析系统。这个平台对支撑起美国在生命科学领域的地位至关重要。NCBI的数据是科学家无偿提供的。根据规定，美国科学家要想拿到政府经费，必须在申请课题时就承诺在课题完成后，将详细的研究数据提供给NCBI；如果违背承诺，这名研究者将被列入黑名单，可能再也无法得到资助。这是NCBI获得大量数据的根本保证。
李亦学说，国内的政府科研项目一直没有强制性的数据公开和共享要求。生命科学的数据零散地掌握在各个科研单位和研究小组内部，对国家的科研投入来说，这是一种巨大的浪费。
据了解，在我国，这样的现象时有发生：国家向某个重大研究课题投入巨资，支持其从基因组层面研究若干重要的遗传疾病。最终，虽然该研究发表了一系列高水平论文，但却从未将详细数据公开。
李亦学认为，这样的研究本可以整体提升中国相关领域学术水平，但“只给看论文、无法看数据”的做法，极大限制了国家级课题的带动效应。
——科研数据要当成战略资源
最近，国内一批院士和重量级专家正联名起草一份调研报告，希望能在国内也建立一个类似NCBI的国家级生命科学数据库。这份报告将在今年完成并提交。
最让专家们揪心的，不仅是数据不共享将给国家创新体系带来损失，更在于“如果有一天，NCBI不再与中国科学家共享数据，我们怎么办？”
NCBI向全球免费提供数据。李亦学说，目前，所有的访问量中，来自中国科学家的占了相当大的份额。一旦NCBI向中国关上大门，一些院士的判断是：“中国生命科学研究可能倒退20年。”
在大数据时代，数据就如石油一般，是国家的战略资源。李亦学认为，正因为如此，必须由国家出面，建立科研数据共享的机制和环境。而目前，哪怕政府对所资助的课题提出数据共享的强制性要求，科学家也不知道该去哪儿共享。
在生命科学领域，国际学术界有一个不成文的规定：要想在顶级刊物发表论文，科学家必须共享其实验数据，而且大都必须将数据递交到NCBI的数据库体系。李亦学说，因此，在NCBI的数据库，由中国科学家提供的数据占了不小比例。这种“国内数据、国外整合”的做法不合理，但也表明在国内推动数据共享存在可操作性。
根据调研，在我国建立国家级的公益性生命科学数据平台也许需要数亿元的年度预算，以建立一个海量科学数据存储和计算服务的软硬件架构，以及维持一支高水平的研发和服务团队。但一旦建立起来，这个平台的回报以及潜在的社会经济效益，“无论怎样估计都不会过分”。
饶毅：我不认为郎咸平是“学术骗子”

学术圈媒体近日讨论过多的是郎咸平的学历和工作经历真假性，大家都在不停地扔出各种论据来证明郎咸平到底是不是学术界的骗子，而北京大学终身讲席教授、前任生命科学学院院长饶毅对此却有自己的看法。
有良知的媒体在介入有关科学和技术的问题、并特意激起公开讨论以前，也不妨核实事实，而且媒体和媒体人的基本底线应该是不反复播散已经证明是骗子的观点。
需要说明的是，我不认为郎咸平是“学术骗子”。以前， “说话大帅”郎咸平在电视上公开宣称广西大学生精子下降与转基因应用有关。在转基因和相关的分子生物学方面，郎咸平毫无学术背景， 而且发表言论的时候显示在这方面他不学无术，不可能与“学术”有关，我不认为郎咸平在此问题上是“学术”骗子，因为这样称呼他是涂黑“学术”两字，所以必需省略。
“电视说话大帅”郎咸平对转基因的说法，绝大多数是简单的造谣，少数是稍微绕了圈的谣言。
对于其他一些人，包括方舟子提到的人反转基因的人，包括极端的人，只要他们确实相信他们所说的，也就不是骗子，只能说是偏执、或者不懂，或者其他。
对于一般有疑问的人，需要更多了解，包括请做转基因的科学家出来说明实情。
在此问题上，我愿起的作用是为辛辛苦苦在中国做转基因的科学家做外围工作，稍微弱化像郎咸平一样的造谣或无理智者的滥炸。
不能因为一些没有原则、没有标准 、不能区分言论自由和低级趣味的电视台继续用造谣的“电视说话大帅”，就不敢反击他们歪曲转基因的科学、技术及其相关的科学家、技术人员。