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[技术] 教你秒懂 “MSI”基因分型图谱

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发表于 2017-8-26 23:53 | 显示全部楼层 |阅读模式

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卫星是一种短串联重复序列,由于微卫星的重复序列在DNA复制过程中固有不稳定性。在正常细胞中DNA错配修复系统可以快速修正这种错误,但是肿瘤组织中常见错配修复基因缺陷,引起重复单位插入或缺失导至微卫星长度改变,从而表现为MSI,即微卫星不稳定性(microsatellite instablility), 已有研究表明,MSI与肿瘤的发生密切相关。
临床已将MSI作为结直肠癌(CRC)预后和制定辅助治疗方案的重要分子标志物,主要应用于Lynch综合征(错配修复基因胚系突变)的筛查、II期结直肠癌患者的用药指导和预后预测、转移性结直肠癌患者PD-1免疫治疗获益的预测。MSI状态可通过聚合酶链式反应(PCR)方法检测。通过检测6个单核苷酸位点(NR-27、NR-24、NR-21、BAT-25、BAT-26、MONO-27)以及 PentaC和PentaD 2个对照位点、1个Amel性别位点(用以识别潜在的样品混杂及污染)共检测9个位点来保证检测结果的准确性,属于国内领先技术。MSI分级标准见下表。
以阅微基因MSI检测结果为例,大阅哥为您介绍MSI-H、MSI-L、MSS图谱分析方法。
通常MSI的检测样品包含一对肿瘤组织和正常组织(通常是血液或癌旁组织),通过提取样本DNA→多重荧光PCR扩增→毛细管电泳检测→Genemapper软件分析等一系列流程后,将得到肿瘤组织和癌旁组织(对照组织)的MSI分型图谱,如示例图所示:
图1 MSI-H图谱(6个位点突变)
图1所示为MSI-H的检测结果,可以很清晰的发现,相比于正常组织,在肿瘤组织的NR-27、NR-24、NR-21、BAT-25、BAT-26、MONO-27六个单核苷酸位点均多出了一个五指峰,因此判定为高度微卫星不稳定(≥2个位点不稳定)状态,即MSI-H。

图2 MSI-L图谱(1个位点突变)
图2所示为MSI-L的检测结果,发现肿瘤组织中MONO-27的单核苷酸位点出现了两个五指峰,正常组织中该位点为单个五指峰,仅出现一个位点突变,判定为MSI-L。
图3 MSS图谱(没有位点突变)
图3所示为MSS的检测结果,肿瘤组织和正常组织中各检测位点峰型和数目一致,无位点发生突变,判定为MSS。


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