【回顾2015】血液中的游离者研究盘点

千姿百态

外周血游离DNA检测既可以用于预测胎儿常见染色体病变，又能用于癌症患者的早期筛查和治疗效果检测。因其无创性、易取样等特点，逐渐受到了人们的青睐。测序君盘点了2015年已发表的外周血游离DNA检测的相关文献，供大家查阅。

无创产前检测

1. 《Ultrasound Obstetrics and Gynecology》：此为华大基因主导完成的无创产前基因检测临床应用评估项目。该项目针对2012年初至2013年中旬期间，中国内地508家医疗机构近14.7万例基于全基因组测序的无创产前基因检测临床应用进行评估。

Noninvasive Prenatal Testing for Trisomy 21, 18 and 13 - Clinical Experience from 146,958 Pregnancies. Zhang H, et al.Ultrasound Obstet Gynecol. 2015 Jan 19.

2. 《The New England Journal of Medicine》刊登了三篇文章，阐明了NIPT筛查的表现和风险。

贝勒医学院和香港中文大学的研究表明，NIPT假阳性结果的风险相当可观。如果孕妇不进行诊断确认，很可能导至不可逆转的妊娠终止。研究人员警告说，尽管新检测有着高的敏感性和特异性，但只能用于筛查，而不能替代确认性的染色体核型分析。

华盛顿大学团队深入分析了NIPT可能产生假阳性结果的原因之一，那就是母亲基因组中存在拷贝数变异。与贝勒和香港的研究一样，作者认为，尽管与传统的孕早期筛查相比，NIPT表现良好，但后续的诊断检测仍然很关键。

尽管NIPT的实施仍然需要谨慎，但加州大学旧金山分校、哥伦比亚大学和Ariosa的研究人员参与的大型临床研究证明，对于高风险和低风险的妊娠，它优于传统的孕早期21三体筛查。其结果已在去年的ACMG年会上展示，但现在才正式发表。不过，研究人员也表示，虽然这些结果支持NIPT在各类妇女中的使用，但还需要进一步的成本效用分析。

Accurate Description of DNA-Based Noninvasive Prenatal Screening. Cheung SW,et al.N Engl J Med. 2015 Apr 1.

Copy-Number Variation and False Positive Prenatal Aneuploidy Screening Results. Snyder MW,et al. N Engl JMed. 2015 Apr 1.

Cell-free DNA Analysis for Noninvasive Examination of Trisomy. Norton ME, et al.N Engl J Med. 2015 Apr 1.

3. 《NEJM》：研究人员评估了307位无创检测结果为阳性并转诊到侵入性诊断的受检者。这些结果来自全球顶级无创产前基因检测提供商Sequenom、华大基因、Illumina、Natera、Ariosa Diagnostics和Integrated Genetics，对全球最具实力的多家单位提供的无创产前基因检测产品进行平行比较。

Accurate Description of DNA-Based Noninvasive Prenatal Screening

Cell-free DNA Analysis for Noninvasive Examination of Trisomy

癌症检测

1. 《JAMA Oncology》：比利时鲁汶大学研究人员发现，在开展的4000例无创产前检测中，3例产生了异常的基因组结果，后被证实是母体肿瘤。研究人员认为无创产前检测可以实现怀孕期间母体肿瘤的准确检测和治疗。

Presymptomatic Identification of Cancers in Pregnant Women During Noninvasive PrenatalTesting. JAMA Oncol. Published online June 05, 2015.doi:10.1001/jamaoncol.2015.1883

2. 《JAMA》：Illumina的科学家与医生们合作，对125426例无创产前检测(NIPT)进行回顾性分析。在该研究中，科学家们发现10位孕妇在筛查后得到阳性结果，但这些非整倍体的染色体并非来源于胎儿DNA。研究人员认为这些异常的NIPT检测结果可能与母体患癌症有关。

Noninvasive Prenatal Testing and Incidental Detection of Occult Maternal Malignancies. Bianchi DW,et al.JAMA. 2015 Jul 14.

3. 《PNAS》：香港中文大学的研究团队利用高通量测序技术从单碱基水平、全基因组范围内对肝病患者的血浆游离DNA 进行研究。研究结果显示，在肝癌患者的血浆中存在异常的短的和长的游离DNA分子。

Lengthening and shortening of plasma DNA in hepatocellular carcinoma patients. Jiang P,et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Feb 2.

4. 《PNAS》：香港中文大学卢煜明教授的最新研究报道了一种新的非侵入式检测方法，通过全基因组甲基测序绘制DNA组织图谱，从而利用血浆DNA检测，鉴别其中的基因组突变组织来源，这种方法未来也许可以用于癌症诊断检测，无创产前诊断，以及移植后的监测。

Plasma DNA tissue mapping by genome-wide methylation sequencing for noninvasive prenatal, cancer, and transplantation assessments

5. 《Nature Communications》：约翰霍普金斯大学Kimmel癌症中心科学家的研究人员从101例II期胰腺癌患者中收集了肿瘤标本和正常的DNA。研究小组发现，至少三分之一患者的肿瘤有基因突变。研究人员认为，与标准的影像学检查方法相比，血液检测的结果可以早半年预测到癌症的复发。

Clinical implications of genomic alterations in the tumour and circulation of pancreatic cancer patients. Sausen M, et al. Nat Commun. 2015 Jul 7.

6. 《Nature》：德克萨斯大学MD安德森癌症中心的科学家们从胰腺癌患者血液中分离出富含GPC1的循环外泌体——GPC1+ crExos，并对其进行了监测。研究表明，存在于癌症外泌体上的GPC1基因编码蛋白，或许可以作为一种潜在非侵入性诊断和筛查工具的组成部分，用来检测有可能尚处于适合手术治疗阶段的早期胰腺癌。

Glypican-1 identifies cancer exosomes and detects early pancreatic cancer. Melo SA,et al. Nature. 2015 Jun 24.

7. 《Nature Communications》：约翰•霍普金斯大学研究人员以6名肺癌前期病变患者为对象，采集其肺部病变组织、血液和唾液为样本，发现游离DNA能够侵入周围组织，导至肺腺癌的癌变，有机会成为常见且致命癌症的病变标记物。

Targeted sequencing reveals clonal genetic changes in the progression of early lung neoplasms and paired circulating DNA

8. 《Nature Communications》：剑桥大学的研究人员首次发现，流入血液中的肿瘤DNA，可用于实时跟踪肿瘤的发展以及对治疗的响应。血液样本中的DNA与活检相匹配，反映了当肿瘤发展和响应治疗时出现了相同的模式和遗传变化时机。

Multifocal clonalevolution characterized using circulating tumour DNA in a case of metastaticbreast cancer

9. 《PNAS》：美国约翰·霍普金斯大学的研究人员对35例中枢神经系统肿瘤患者进行分析，希望从手术收集的原发肿瘤组织中确定体细胞突变。通过进一步分析，研究人员发现能否在脑脊髓液中检测到肿瘤游离DNA与肿瘤生长位置有关。

Detection of tumor-derived DNA in cerebrospinal fluid of patients with primary tumors of the brain and spinal cord. Wang Y,et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Jul 20.

10. 《Nature Communications》：西班牙和美国的一个研究小组发现，对于那些患有脑肿瘤或脑转移瘤的个体，其脑脊液中可检测到循环肿瘤DNA（ctDNA），这让脑脊液的液体活检成为可能。

Cerebrospinalfluid-derived circulating tumour DNA better represents the genomic alterations of brain tumours than plasma

11. 《Science》：麻省总医院，哈佛大学的研究人员发现了前列腺癌细胞对一种常见的癌症治疗方法产生抗性的原因，研究人员完成了前列腺癌单个循环肿瘤细胞的RNA测序，其中找到了非经典Wnt信号所起的关键作用。

RNA-Seq of single prostate CTCs implicates noncanonical Wnt signaling in antiandrogen resistance

12. 《Cancer Cell》：研究人员分析了肿瘤相关血小板的RNA图谱，可区别健康人与其他六种癌症患者的血液样本，并可定位原发癌症的发生部位，此外RNA图谱还可确定肿瘤携带的突变基因，因而可指导制定最佳的癌症治疗策略。

Tumor RNA in platelets maydiagnose and classify cancer, identify treatment strategies
来源：测序中国