基于ccfDNA超甲基化的癌症检测新技术

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图. MCTA-Seq技术示意图

来自北京大学、首都医科大学的研究人员报告称，他们开发出了一种称作为MCTA-Seq（methylated CpG tandems amplification and sequencing）的新方法，可在全基因组范围检测肝癌循环游离DNA中的超甲基化CpG岛。这一重要的研究成果发布在10月30日的《细胞研究》（Cell Research）杂志上。

北京大学生命科学学院的汤富酬( Fuchou Tang)研究员、黄岩谊(Yanyi Huang)研究员以及首都医科大学彭吉润(Jirun Peng)教授是这篇论文的共同通讯作者。

异常的DNA甲基化改变，包括CpG岛(CGIs)超甲基化及广泛低甲基化，是包括肝细胞癌（HCC）在内的几乎所有人类癌症类型的标志性特征。检测循环游离DNA( circulating cell-free DNA，ccfDNA)中超甲基化的CpG岛成为了诊断、预测和监测癌症一种有前景的非侵袭性方法。

然而由于ccfDNA高度碎片化，且癌症相关的ccfDNA只占总ccfDNA的小部分，在技术上面临着极大的挑战。尽管新一代测序(NGS)技术在DNA甲基化组分析方面取得了快速的发展，当前尚未有报道开发出ccfDNA超甲基化的全基因组检测方法。尽管许多的全基因组方法，例如Infinium methylation array和简化代表性重亚硫酸盐测序(RRBS)技术已成功用于分析细胞和组织样本。但由于需要相对大量的DNA，且大小选择步骤不适合于严重碎片化的ccfDNA，阻碍了这些技术应用于检测ccfDNA。

肝癌是全球最常见的一种致命恶性肿瘤。尽管早期HCC对治疗措施有反应，当前的HCC肿瘤标记物如血清甲胎蛋白(AFP)缺乏足够的敏感性及癌症检测特异性。

在这篇新文章中，作者们描述MCTA-Seq方法可以同时检测出ccfDNA中成千上万超甲基化的CpG岛。只需7.5 pg的基因组DNA，即2.5个拷贝的单倍体基因，这一高度敏感的技术就可以起作用。他们分析了来自肝癌患者和对照受试者的一组组织和血浆样本(n = 151)，在血液中发现了数十个高效的、检测小HCC的标记物。在这些标记物中，有4个(RGS10, ST8SIA6, RUNX2 and VIM)具有癌症检测特异性，归类于新一组的另外15个标记物在正常肝组织中超甲基化。

结合建立的两个对应的分类器，研究人员以94%的敏感性和89%的特异性检测出了肝癌患者(n = 36)和包括肝硬化肝患者(n = 17)及正常个体(n = 38)在内的对照受试者的血浆样本。值得注意的是，他们成功鉴别出了所有15个甲胎蛋白阴性的HCC患者。比较匹配的血浆和组织样本表明，癌症及癌旁组织导至了血浆中甲基化标记物升高。

作者们表示，这一MCTA-Seq技术将推动开发ccfDNA甲基化生物标记物，改善临床癌症检测。

参考文献：Genome-scale detection of hypermethylated CpG islands in circulating cell-free DNA of hepatocellular carcinoma patients

文章原题：北大、首都医科大联合开发癌症检测新技术

来源：生物通  作者：何嫱