2014转化医学高峰论坛：关注二代测序在临床研究中的应用

幸福侠侣

十年前，转化医学仍是一个方兴未艾的全新概念，到今天，经过十多年的发展，转化医学已经成为了令人瞩目的研究焦点，过去十年的飞速发展和喜人成果已经为临床领域的实践提供更好的工具。

1992年，美国《科学》杂志首次提出实验室到病床的概念，2003年，美国国立卫生研究院（NIH）院长Zerhouni在《自然》杂志上为转化医学发展画出路线图，为的是能够填补基础研究与临床应用之间的鸿沟，Benchtop to Bedside（从实验桌到病床），旨在将实验室的科研成果转化为有价值的临床应用。在经过了整整10年的发展和探索之后，转化医学这一概念已经广为人知，且深入人心。2013年，著名女星安吉丽娜•茱莉在《纽约时报》上发表了《我的医疗选择》一文，宣布由于自己携带了“错误的基因”BRCA1，使得她罹患乳腺癌的几率为87%，她选择采取预防性双乳切除手术，将这一风险降至5%，这一举动将转化医学的成果带入了全球公众的视线，成为Benchtop to Bedside的一次经典尝试。

为了能更好地顺应这一时代的趋势，2014年5月15日至17日，Thermo Fisher公司LSG基因分析事业部在风景如画的杭州临安中都青山湖畔举办“2014转化医学高峰论坛”。

这次会议邀请了来自澳大利亚、瑞士、美国及国内各地专注于基础和临床研究相结合的专家和学者到会进行专题报告，分享他们各自在转化医学领域的最新成果和前沿进展。内容涉及母婴生殖、肿瘤、遗传病等临床研究领域，以及基础研究和其他转化医学研究的热点问题。

焦点一：探究二代测序在转化医学中的角色

根据仪器信息网报道，本次论坛的焦点之一就是“二代基因测序在临床研究和转化医学中的应用”。毫无疑问,这需要临床医师的积极参与，同时也对他们的专业能力提出了更高的要求。复旦大学附属儿童医院王慧君副研究员在她的演讲中指出，未来的临床医生应该具有一定的遗传和基因检测的知识，临床医师需要和实验室人员紧密配合，形成一个团队，从而使分子基因诊断能够真正指导临床治疗。这也是分子基因诊断未来的发展方向之一。

随着二代基因测序技术的蓬勃发展，基因序列测序速度极大提升、成本大幅下降，使得基因组测序的临床应用成为可能。以Life Technologies的Ion Proton™ 基因测序仪为例，在使用当前的Ion PⅠ™芯片的情况下，只需几千美元即可在一天时间内完成个人全基因组测序。而这一成本有望在Ion PⅡ™推出后缩减至1000美元以下。

目前基因测序在临床上的应用主要有两类，一类是针对普通人的疾病筛查，通过测定已知的与某种疾病相关的基因序列位点，来推断其未来罹患该种疾病的概率。比较典型的例子是无创产前DNA检测；另一类是针对癌症等致命性疾病的伴随诊断，通过测定某些特定的基因序列位点（例如：肺癌的KRAS突变和EGFR突变），在一系列的药物或治疗方案中找到对特定患者最为有效的药物或方案。

本次论坛吸引了近四百位代表参加

相较于这些常见的，具有特定表型的相关目的基因，更大量存在的是那些功能上难以确定的，但可能与某种疾病相关的罕见个性化突变基因。对于数量庞大的此类未知功能基因，科学家们有大量的工作要做，这其中孕育着巨大的商机。今年二月，二代测序被短暂叫停，但不久之后，卫计委开始开放包括二代测序在内的新的技术的临床应用试点，就是要选择一些病种，选择一些有资质的检测单位或医院来开展。虽然是有选择的，有限的。但是待产业慢慢成熟后，可以预期其市场容量将是巨大的。

据悉，全球提供基因检测的机构有近2000家(其中绝大部分在美国)。在中国，有上百个机构已在运营基因检测医疗服务，有的更在资本市场上发酵募资。除了大名鼎鼎的华大基因外，还有贝瑞和康、达安基因、安诺优达等公司。可以应用基因检测技术进行检测的疾病数有1502种，其中1214种已经或正在应用于实际检测，288种在实验室阶段。在美国，每年进行此类检测的就有700多万人次，使得美国女性乳腺癌发病率降低了70％，直肠癌发病率降低了90％。

据初步估计，中国基因检测的市场规模有上万亿元人民币。基因检测正引导着预测医学的发展，并应用于疾病预防、基因诊断、个体化治疗等各个方面，从根本上改变着医疗产业的形态，也将改变整个健康产业的形态。

焦点二：Ion Torrent系列产品备受关注

除了对学术观点的讨论外，Ion Torrent旗下一系列产品在转化医学研究中的出色表现也成为此次会议的一大焦点。来自澳大利亚西澳大学的Richard Allcock在肿瘤研究领域与参会的学者分享他利用Ion Torrent 半导体芯片测序仪从样本到结果整套Ampliseq exome全外显子的工作流程。与其他测序平台相比，Ion Torrent 测序仪的快速、简捷和灵活的通量令在座许多业内专家深有共鸣，也为更多同道学者带来启发。来自药明康德公司的孙乐乐博士也与大家分享了他在Clia认证实验室中利用AmpliSeq定制panel进行肿瘤基因检测服务，这为国内的LDT模式提供了选择。来自瑞金医院的林玲教授则通过自己在非小细胞肺癌诊断中的实例，分享EGFR基因测序诊断试剂盒（立菲达安，JV kit）在3500Dx基因分析仪中应用的灵敏度、准确性以及避免假阳性的经验，她的研究说明，选择合适的基因检测方法对避免肺癌病人过度用药、提高患者生活质量、以及改善预后有非常重要的意义。

还有一些产品给与会者留下了深刻印象，例如， Ion ChefTM采用直观的触摸屏界面，并简化了模板制备和芯片上样流程，在单个系统中实现全自动化操作；Ion ReporterTM软件包涵一整套完整生物信息学工具，他们能简化Ion半导体测序数据的分析、注释和存档；Ion ProtonTM依旧表现不俗，配备了Ion PITM芯片的Ion ProtonTM系统是市面上唯一一款能在2-4小时内完成外显子组和转录组测序的台式测序系统，运行快速，操作流程简单，数据质量高；Ion Torrent PGMTM测序仪则是为小型基因组，目标基因突变检测和基因表达以及ChIP-seq量身打造的台式测序仪，配合Ion Torrent的革新性的半导体芯片，使整个平台具有极高的扩展性和快速完成测序的性能。而基于Ion Torrent平台的超高多重PCR技术AmpliSeq基因检测试剂盒，尤其AmpliSeq Custom Panel可根据客户需求对试剂盒进行定制，令研究者可根据自己所研究的疾病选择相关的基因，在www.AmpliSeq.com上设计及定制panel。这一系列的Ion Torrent产品能够满足各种通量、样本的测序需求，甚至可以进行个人化的定制，为研究提供完善且可靠的服务。

同时，去年Life全新推出的QuantStudioTM 3D数字PCR仪也备受关注。数字PCR（Digital PCR-dPCR）技术是一种新的核酸检测和定量方法，与传统定量PCR（qPCR）技术不同，数字PCR采用绝对定量的方式，不依赖于标准曲线和参照样本，直接检测目标序列的拷贝数。由于这种检测方式具有比传统qPCR更加出色的灵敏度和特异性、精确性，dPCR迅速得到广泛的应用，这项技术在极微量核酸样本检测、复杂背景下稀有突变检测和表达量微小差异鉴定方面变现出的优势已被普遍认可，而其在基因表达研究、microRNA研究、基因组拷贝数鉴定、癌症标志物稀有突变检测、致病微生物鉴定、转基因成分鉴定、NGS测序文库精确定量和结果验证等诸多方面具有的广阔应用前景已经受到越来越多的关注。

附：论坛主办方赛默飞世尔科技简介

赛默飞世尔科技是科学服务领域的世界领导者。公司年销售额170亿美元，在50个国家拥有员工约50,000人，赛默飞世尔科技进入中国已超过30年。赛默飞的使命是帮助客户使世界更健康、更清洁、更安全。赛默飞的产品和服务帮助客户加速生命科学领域的研究、解决在分析领域所遇到的复杂问题与挑战，促进医疗诊断发展、提高实验室生产力。公司旗下包括以下四个首要品牌：Thermo Scientific、Life Technologies、Fisher Scientific和Unity™ Lab Services。

赛默飞在中国的总部设于上海，并在北京、广州、香港等10多个城市和地区设立了分公司和办事处。为了满足中国市场的需求，现有8家工厂分别在上海、北京和苏州运营。赛默飞在北京和上海共设立了6个应用开发中心，将世界级的前沿技术和产品带给国内客户，并提供应用开发与培训等多项服务；位于上海的中国创新中心结合国内市场的需求和国外先进技术，研发适合中国的技术和产品。赛默飞拥有遍布全国的维修服务网点和特别成立的中国技术培训团队，在全国有2000 多名员工直接服务客户。

生命科学研究、遗传分析和应用科学是赛默飞世尔科技的重要业务领域。旗下产品涵盖科学研究领域的各类试剂耗材和大型分析仪器：细胞培养类（Gibco®）；细胞分析仪器和试剂（Molecular Probes®）；蛋白研究（Novex®）；核酸分析仪器（Applied Biosystems®测序仪和定量PCR仪, Ion TorrentTM测序仪）；其他试剂和耗材（Invitrogen、Ambion®、Fermentas、Pierce等品牌）；以及便利的桌面小型仪器（PCR仪、核酸定量Qubit®、细胞转染Neon®、细胞成像EVOS®、蛋白电泳NuPage®、iBind®、iBlot®等）。此外，赛默飞还提供引物合成、测序等服务项目。

来源：生物探索