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[分享] 检测CNV的方法汇总

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发表于 2014-4-26 09:00 | 显示全部楼层 |阅读模式

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CNV(Copy number variation,基因片段拷贝数变异)会影响到基因组的稳定性、基因的功能。

       肿瘤中有相当一部分是因为促进细胞增生的基因的拷贝数增多了,例如:HER2基因的倍增是乳腺癌的重要病因;又如抑制细胞分裂的基因丢失也会导致癌症的发生,例如:TP53基因的丢失。因此CNV在基因组学中很重要。

       在此,把检测CNV的手段做一个汇总。


全基因组测序

全基因组测序是最直接的方法,当一个地方有片段缺失,或者片段增多的时候,测序的覆盖深度会马上显示出片段的增多或缺失
全基因组测序,可以很快地对整个基因组的CNV进行扫描
全基因组测序,仍然是成本最贵的方法,在Illumina推出HiSeq X 10之后,市场服务价大约在2万人民币一个人全基因组测序
下图是用全基因组测序,得到的覆盖深度,哪里有增加,又哪里有缺失,明楚得很

主要服务商:药明康德、诺禾致源


生物芯片

生物芯片是在全基因组之外,通量第二的CNV检测手段
Illumina、Affymetrix、Agilent三家公司都有成熟的全基因组SNP/CNV芯片供应
Affymetrix 的CytoScan HD有约190万CNV位点探针,这些探针较为均匀地分布在整个基因组
Illumina有中华芯片
Agilent有CGH芯片
实验费用:约2000~5000元一个样本
下图是用Affymetrix的SNP 6.0芯片做的全基因组拷贝数变异的实验结果,相比于全基因组测序,其清晰程度差了较多

主要服务商:北京生物芯片公司(博奥),上海生物芯片公司(伯豪)


CNVseq法

适用于一次500~2000个目标位点的检测
原理:
类似Golden Gate
用延伸、连接、多重PCR的方法,把目标区域扩增出来
高通量测序
生物信息分析,看目标片段的数量

主要服务公司:天昊生物


CNVplex法

适用于一次48~480个位点的检测
原理:
类似Golden Gate法
用延伸、连接,得到两侧有四种统一序列的多个位点的模板片段
用带四种荧光的四种统一扩增引物多重PCR的方法,把目标区域扩增出来
毛细管电泳,分析峰的面积

主要服务公司:天昊生物


AccuCopy法

适用于一次12~16个位点的检测
原理:
设计带荧光染料的PCR引物
多重PCR
毛细管电泳分离
测峰面积

主要服务公司:天昊生物


质谱法

Sequenom公司的MassArray质谱分析仪
通过对目标位点的PCR产物进行单碱基延伸,再跑质谱,检测目标片段的量和内参基因的片段的量得出结果
一次反应可以测几十个位点,平均到每个点、每样本是约2元人民币
下图是Sequenom测SNP的原理图,测CNV也是同样原理

主要服务公司:毅新兴业、邃志公司


Taqman法

Taqman是经典的CNV检测方法。
费用:合成一个Taqman探针的费用约1000元人民币,可以做几百个到上千个反应

原理图:

主要服务公司:生工生物公司、英骏公司


来源:陈巍学基因


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