基因组测序可以为肿瘤诊疗提供丰富的信息

千姿百态

如前一篇文章《基因投错票，导致肿瘤？》中所说：各种各样的肿瘤，其主要病因是因为基因突变积累到一定的程度之后，量变到质变，引发癌症。

       现在基因组测序已在技术上达到有足够的通量、速度、准确性，并且在经济上也达到了1~2万元人民币测一个样本的水平。那让我们来看一下，基因组测序若应用于肿瘤临床诊断，可为我们带来什么样的有用信息。

先说基因突变的类型：
基因片段大段地丢失(Copy number deletion)
基因片段倍增(Copy number amplification）
染色体易位（translocation, fusion gene）
小片段的插入、或缺失（indel）
单个碱基的突变（SNP）

基因片段大段丢失
检测方法：
全基因组测序
原理：
由于其覆盖的均一性很好，所以有大段DNA丢失时，可以轻易地发现一个区域的覆盖度下降了，进尔找到基因缺失
实例：
PTEN基因是重要的抑制细胞分裂的基因，位于10号染色体长臂23.3的位置，如果这一区段发生缺失，PTEN基因就随之被丢失。PTEN基因的抑癌功能也就随之被丢失
PTEN表达水平与赫赛汀（Herceptin）的治疗效果相关，PTEN表达水平高，则赫赛汀的治疗效果较好，反之，测治疗效果较差

基因片段大段倍增
检测方法：
全基因组测序
原理：
由于其覆盖的均一性很好，所以大段DNA倍增，或丢失时，可以很明显地发现一段区域内的覆盖率的增加。
实例：
HER2基因，如果倍增到6个拷贝以上，发生乳腺癌的可能性就会大大增加
如果基因组检测发现乳腺癌中HER2的拷贝数高，则赫赛汀是有效的靶向药物

染色体易位
检测手段：
全基因组测序
转录组测序
原理：
染色体易位后，就会出现DNA的断点、和新的融合点，全基因测序可以方便地发现这些断点和融合点
如果易位导致产生新的融合基因，转录组测序还会发现原本属于两个不同基因的片段，现在连在一起了。对于肿瘤来说，往往是融合基因高表达，推动了细胞的分裂、增殖
实例：
EML4-ALK融合基因，是导致肺癌的一个重要病因
针对有EML4-ALK融合基因的患者，用克唑替尼（Crizotinib）治疗，大部分有良好疗效

小片段的插入、缺失（Indel）
检测手段：
全基因组测序
外显子组测序
Cancer Panel
原理：
各种测序方法对Indel都是很敏感的
基因发生小片段的插入、或缺失后，极大地可能会发生移码错误，绝大多数的情况下，突变后的基因完全丧失其原来的生理功能
实例：
在大多数的肿瘤细胞中，都会发现TP53的突变，其中插入、缺失令TP53突变失活的占相当的比例。

点突变（SNP）
检测手段：
全基因组测序
外显子组测序
转录组测序
Cancer Panel
原理：
各种测序方法对SNP都是很敏感的
基因发生点突变后，相当部分会使蛋白失去原有的活性，但也有少部分会使新蛋白的功能得到特别的增强
实例：
BRAF基因的V600E突变，能使BRAF原来偶然开放的活性变成持续性活性，导致细胞增生，在一定的条例下就会转变成癌症
用维罗非尼（vemurafenib）抑制BRAF的激酶活性，可以有效治疗BRAF V600E突变型的肿瘤

       基因组水平的测序，为更全面地分析肿瘤的突变情况提供了一个强大的解决手段，并进尔为临床用药、放疗等方法的选择提供了科学依据。

       国家开始允许基因组检测的临床试点，是对基因组检测的一个好事。基因组检测正逐步开始为大众的健康提供服务。