除了质量的测量外,另一种质谱法是利用分析物的碎片段进行质量测量,称为「串联式质谱法」。顾名思义,「串联式质谱仪,tandem mass spectrometer,或简写为 MS/MS」是由两个以上的质谱分析器在空间上或时间上联结在一起,所组成的质谱仪器,当分析物经过离子源游离后,第一段质量分析器可以从混合物中选择欲研究的离子作为「母离子,parent ion」,经过分离后进入一个碰撞室,以外力(碰撞气体、光子、电子等)使该母离子进行诱导碰撞解离(CID),并产生碎片离子,最后由第二段质量分析器进行碎片离子的质量分析。这些碎片资讯可以用来分析胜肽序列、醣、核酸等生物分子的结构鉴定。