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蛋白质互作研究革新:PLA技术如何实现从 “看见” 到 “看透”?

2025-6-5 09:32| 编辑: 归去来兮| 查看: 258| 评论: 0|来源: 小桔灯网

摘要: 咱们就来深入探讨两篇与PPIs研究紧密相关的文章

作者:净姐


在生命科学的研究领域中,蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPIs)宛如细胞活动的 “幕后操纵者”,对细胞的信号传导通路、细胞表型等关键方面起着核心调控作用。若能精准洞察PPIs在空间维度的动态变化,无疑将为解锁信号网络的激活机制以及不同信号通路间的串扰奥秘提供一把 “金钥匙”。今天,咱们就来深入探讨两篇与PPIs研究紧密相关的文章,以及其中大放异彩的邻近连接检测技术(PLA)。 


研究成果亮点剖析 

01

多重分析技术解锁PPIs复杂网络

有研究报道了一种创新方法,巧妙借助顺序邻近连接检测技术,成功实现了对涉及多信号串扰通路中多达47种蛋白质的PPIs进行多重分析[1]。这就好比拥有了一张精密的 “导航图”,能清晰指引我们探索复杂的蛋白质相互作用网络。研究者将此方法与传统免疫荧光技术相结合,应用于表皮生长因子受体突变的非小细胞肺癌的细胞培养物和组织研究中。

通过这一组合拳,不仅能够精准确定PPIs在亚细胞体积中的共定位情况,还能像一位时光记录者,完整重建在酪氨酸激酶抑制剂奥希替尼干扰下,PPIs亚细胞分布的动态变化过程。更为惊艳的是,研究发现编码空间分辨PPIs的图卷积网络,如同一位睿智的 “预言家”,能够准确预测单细胞的药物处理状态。这一成果为深入理解 PPIs 的亚细胞组织模式,进而推动靶向蛋白质互作组的药物设计提供了全新的思路与方向。


02

环形邻近连接检测技术的独特优势

环形邻近连接检测技术(c - PLA)作为PLA家族中的 “后起之秀”,在蛋白质检测领域展现出了卓越的性能[2]。相较于传统PLA,c - PLA在严格性、操作便捷性以及与低亲和力试剂的兼容性方面实现了全方位超越。

在c - PLA的 “工作流程” 中,两个邻近探针如同忠诚的 “卫士”,紧紧结合分析物,为两条游离寡核苷酸搭建起特殊的 “支架”,使其能够连接形成环形DNA分子。这一独特的检测形式如同给检测过程加上了一把 “安全锁”,通过降低随机背景连接事件的发生概率,极大地稳定了抗原 - 邻近探针复合物,显著提高了检测的严格性。同时,环形结构的巧妙形成还赋予了c - PLA更高的选择性,因为未成功环化的DNA可以轻松通过酶促反应被去除。实验对比显示,c - PLA在多种生物标志物的检测中,凭借更高的严格性,极大地提升了检测结果的重现性,在缓冲液和人体血浆检测场景中,其灵敏度也得到了显著增强。

此外,动力学分析表明,在面对低亲和力抗体时,c - PLA的表现明显优于传统PLA,能够有效降低背景信号,进而允许在保持高信噪比的前提下增加邻近探针浓度,让低亲和力试剂在均相检测形式中也能 “大显身手”。这一优势无疑为在缺乏高亲和力试剂的临床蛋白质检测应用中开辟了新的道路。 


PLA 技术深度解析

01

PLA技术原理大揭秘

PLA技术堪称抗体特异性与寡核苷酸信号放大能力的 “完美结晶”。

其核心操作流程如下:首先,来自不同物种的两种抗体如同训练有素的 “侦察兵”,精准识别目标蛋白质上的不同表位。接着,被称为PLA探针的二抗,会迅速与一抗的恒定区紧密结合[3-5]。这些PLA探针各自携带一条独特的DNA短链。当两个目标蛋白质相互靠近(通常距离小于 20nm (也有资料是40nm)或同属一个蛋白质复合物)时,与之相连的PLA探针上的DNA链也随之靠近,在加入特定的DNA寡核苷酸以及相应的底物和酶后,这些DNA链便会启动滚环DNA合成反应,如同链条一般不断延伸扩增。随后,带有荧光标记的互补寡核苷酸探针加入,它们会与扩增后的DNA紧密结合。此时,在荧光显微镜下,便可清晰观察到因高浓度荧光聚集而形成的明亮斑点,这些斑点就如同 “信号灯”,直观地指示出蛋白质之间的相互作用。 


02

PLA技术的显著优势

1.超高灵敏度:

PLA技术拥有超乎寻常的 “敏锐嗅觉”,能够精准检测到低丰度蛋白质之间的相互作用,其检测限可达飞摩尔至纳摩尔级别,即使是极其微弱的信号也难以逃过它的 “法眼”。 

2.细胞原位分析:

该技术如同一位 “微观世界的观察者”,能够在不破坏细胞原有结构和状态的情况下,原位保留蛋白质的天然构象以及亚细胞定位信息,让我们能够直接观察到细胞内真实发生的蛋白质相互作用场景,这对于研究组织样本和活细胞内的生命活动机制具有不可估量的价值。 

3.强大兼容性:

PLA技术对样品的要求相对宽松,无需复杂的蛋白质纯化步骤或繁琐的样品制备流程,并且能够与免疫荧光、流式细胞术、ELISA以及蛋白质印迹等多种经典技术灵活结合,实现优势互补,为科研人员提供了更为丰富的研究手段。 


03

PLA技术的广泛应用领域

1.肿瘤研究领域:

在淋巴瘤研究中,PLA技术能够清晰揭示癌蛋白MYC与BCL - 2之间的神秘互动,助力我们深入理解肿瘤细胞的存活与凋亡抵抗机制;在肺癌研究中,通过分析EGFR通路相关蛋白的相互作用网络,为开发更有效的靶向治疗药物提供关键线索。 

2.药物靶点验证:

科研人员可以借助PLA技术,检测药物处理前后蛋白质相互作用的微妙变化,从而准确评估抑制剂的治疗效果。例如,观察奥希替尼对肺癌细胞蛋白质互作网络的影响,为优化临床治疗方案提供科学依据。 

3.罕见病机制探索:

结合单分子技术,PLA技术能够深入挖掘罕见基因突变引发的蛋白质互作异常,为攻克罕见病难题贡献力量。


研究展望

随着生命科学研究的不断深入,对蛋白质相互作用的精准解析需求愈发迫切。PLA技术及其衍生的c - PLA等新技术,凭借独特的优势,已在多个研究领域崭露头角。未来,我们期待PLA技术能够在更多复杂生物体系中得到应用,进一步拓展我们对生命奥秘的认知边界。同时,随着技术的不断革新与完善,有望开发出更为高效、灵敏且便捷的检测方法,为蛋白质组学、细胞生物学以及临床诊断等领域带来更多突破与惊喜。相信在科研人员的不懈努力下,PLA技术必将在生命科学的舞台上绽放更加绚烂的光彩,为解决人类健康问题提供更为强大的技术支撑。 


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参考文献:

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[1] Cai S, Hu T, Venkataraman A, Rivera Moctezuma FG, Ozturk E, Zhang N, Wang M, Zvidzai T, Das S, Pillai A, Schneider F, Ramalingam SS, Oh YT, Sun SY, Coskun AF. Spatially resolved subcellular protein-protein interactomics in drug-perturbed lung-cancer cultures and tissues. Nat Biomed Eng. 2024 Oct 30. doi: 10.1038/s41551-024-01271-x. Epub ahead of print. PMID: 39478233.

[2]Jalili R, Horecka J, Swartz JR, Davis RW, Persson HHJ. Streamlined circular proximity ligation assay provides high stringency and compatibility with low-affinity antibodies. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Jan 30;115(5):E925-E933. doi: 10.1073/pnas.1718283115. Epub 2018 Jan 16. PMID: 29339495; PMCID: PMC5798375.

[3] Söderberg O, Gullberg M, Jarvius M, Ridderstråle K, Leuchowius KJ, Jarvius J, Wester K, Hydbring P, Bahram F, Larsson LG, Landegren U. Direct observation of individual endogenous protein complexes in situ by proximity ligation. Nat Methods. 2006 Dec;3(12):995-1000. doi: 10.1038/nmeth947. Epub 2006 Oct 29. PMID: 17072308.

[4] Larsson C, Koch J, Nygren A, Janssen G, Raap AK, Landegren U, Nilsson M. In situ genotyping individual DNA molecules by target-primed rolling-circle amplification of padlock probes. Nat Methods. 2004 Dec;1(3):227-32. doi: 10.1038/nmeth723. Epub 2004 Nov 18. PMID: 15782198.

[5] Klaesson A, Grannas K, Ebai T, Heldin J, Koos B, Leino M, Raykova D, Oelrich J, Arngården L, Söderberg O, Landegren U. Improved efficiency of in situ protein analysis by proximity ligation using UnFold probes. Sci Rep. 2018 Mar 29;8(1):5400. doi: 10.1038/s41598-018-23582-1. PMID: 29599435; PMCID: PMC5876389.

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